iCONICS

Adresse postale
47 boulevard de l'Hôpital 75013 Paris
Structure(s) :
INSERM
Unité :
Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, UMR 7225-UMR_S 1127
Website
iCONICS
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
3
Téléchargements :
Non renseigné

ComaSoft/ComaWeb

Description

Logiciel de traitement IRM multimodale pour la caractérisation des lésions chez les patients dans le coma et l’aide au diagnostic ; application web associée.

Conditions d'accès

Demande d’ouverture de compte et conditions sur le site web.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
3 708

RGCCA/SGCCA

Description

RGCCA (Regularized Generalized Canonical Correlation Analysis – Psychometrika 2011, 76(2):257–284) et son extension parcimonieuse (SGCCA – Biostatistics 2014, 15(3):569–83) sont des méthodes multivariées reposant sur la modélisation des relations entre blocs de variables ou groupes d’individus, et permettant l’analyse intégrative de données hétérogènes et de grandes dimensions.

Conditions d'accès

RGCCA est disponible dans le dépôt CRAN (Comprehensive R Archive Network).

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biotechnologie
  • Biologie
  • Informatique
Description des expertises

L'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), situé sur le site de l’Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, constitue un pôle majeur de recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux, où 650 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau, et les développements de traitements pour des maladies comme Alzheimer, Parkinson, la sclérose en plaques, ou l'épilepsie.

La plate-forme iCONICS développe et met en œuvre une expertise, des méthodes et des outils afin de répondre aux besoins de la recherche biomédicale en neurosciences : de l'annotation sémantique et la structuration informatique des informations, à la mise à disposition d’outils facilitant l’analyse et la visualisation des données à haut-débit, jusqu’à l’analyse statistique et intégrative de ces données.

L’expertise de la plate-forme iCONICS couvre ainsi les volets suivants :

  • standardisation, contrôle, annotation et référencement de données (« data management »)
  • développement et déploiement de bases de données et applicatifs pour la gestion et l’exploitation de données cliniques, omiques et imagerie
  • analyses de puces à ADN (génotypage, transcriptomique, méthylation)
  • analyses de données de séquençage à haut-débit (NGS) : variants (panels de gènes – capture, amplicons –, « whole-exome »), expression (ARN codants ou non codants – RNA-seq, single-cell, miR-seq), épigénomique (ouverture de la chromatine – ATAC-seq –, interactions protéines-ADN – ChIP-seq –, marques de méthylation – Bisulfite-seq)
  • analyses biostatistiques : support généraliste (tests, modèles, croisements de données), intégration de données hétérogènes et de grandes dimensions (typiquement données génétiques, omiques, cliniques et neuro-imagerie)
  • développement et mise à disposition de logiciels spécialisés avec interfaces graphiques (e.g. filtrage de données d’exomes, visualisation de données transcriptomiques)

Au-delà des maladies et modèles relatifs au système nerveux central, iCONICS propose son soutien à tout projet de recherche biomédicale visant à mieux comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents aux pathologies humaines, depuis le dessin des études jusqu’au traitement, la visualisation et l’interprétation des résultats.

 

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
  • Chip-seq
  • Petits et longs ARN non-codants
  • Profils de méthylation
  • Accessibilité de la chromatine
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Intégration de données hétérogènes
  • Ontologies
  • Web sémantique
  • Bioimagerie
  • Microscopie
  • Imagerie médicale
  • Analyse et modélisation multi-échelle
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • Phylogénétiques
  • Génotypage
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
18 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Biostatistique avec R

Description

Apprendre à se servir du logiciel R dans le contexte de l’analyse de données biologiques tout en consolidant ses connaissances de base en biostatistique

Conditions d'accès

Personnel IHU-A-ICM, gratuit

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Initiation à la programmation en R

Description

Se familiariser avec R dans le but d’utiliser ce logiciel pour faire des modèles linéaires

Conditions d'accès

Personnel IHU-A-ICM, gratuit

Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
5 %
Régionaux
30 %
Locaux
65%
Description de la répartition :

x

Projets propres de la plateforme
(5)
  • Base de données de gestion d'identifiants de sujets (études cliniques)
  • Outil graphique de filtrage de variants génomiques préalablement identifiés
  • Interface interactive pour l'exploration de données transcriptomiques
  • Pipeline d’analyse de données de bisulfite-sequencing (épigénomique)
  • Méthodologie et interfaçage d’analyse intégrative de données multimodales (omiques, cliniques, imagerie)
Collaborations
Projets d'ANR
(1)
  • 1 projet RHU sélectionné (iMAP)
Projets européens et internationaux

x

Projets avec des industriels
(4)

1

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Co-organisation de la matinale "La suite Elasctic dans le secteur de la sante" – 3 octobre 208 – ICM, Paris.

Publications internes

Variable selection for generalized canonical correlation analysis.
Tenenhaus A, Philippe C, Guillemot V, Le Cao KA, Grill J, Frouin V.
Biostatistics. 2014 Jul;15(3):569-83.


Regularized generalized canonical correlation analysis for multiblock or multigroup data analysis.
Tenenhaus A, Tenenhaus M.
European Journal of Operational Research. 2014 Oct;238(2):391-403.

Publications externes

SORBS1 gene, a new candidate for diabetic nephropathy: results from a multi-stage genome-wide association study in patients with type 1 diabetes.
Germain M, Pezzolesi MG, Sandholm N, McKnight AJ, Susztak K, Lajer M, Forsblom C, Marre M, Parving HH, Rossing P, Toppila I, Skupien J, Roussel R, Ko YA, Ledo N, Folkersen L, Civelek M, Maxwell AP, Tregouet DA, Groop PH, Tarnow L, Hadjadj S.
Diabetologia. 2015 Mar;58(3):543-8.


Human CalDAG-GEFI gene (RASGRP2) mutation affects platelet function and causes severe bleeding.
Canault M, Ghalloussi D, Grosdidier C, Guinier M, Perret C, Chelghoum N, Germain M, Raslova H, Peiretti F, Morange PE, Saut N, Pillois X, Nurden AT, Cambien F, Pierres A, van den Berg TK, Kuijpers TW, Alessi MC, Tregouet DA.
J Exp Med. 2014 Jun 30;211(7):1349-62.


EIF2AK4 mutations cause pulmonary veno-occlusive disease, a recessive form of pulmonary hypertension.
Eyries M, Montani D, Girerd B, Perret C, Leroy A, Lonjou C, Chelghoum N, Coulet F, Bonnet D, Dorfmüller P, Fadel E, Sitbon O, Simonneau G, Tregouët DA, Humbert M, Soubrier F.
Nat Genet. 2014 Jan;46(1):65-9.


Familial aggregation of metabolic syndrome indicators in Portuguese families.
Santos DM, Katzmarzyk PT, Trégouet DA, Gomes TN, Santos FK, Maia JA.
Biomed Res Int. 2013;2013:314823.


Familial resemblance of physical activity levels in the Portuguese population.
Maia J, Gomes TN, Trégouët DA, Katzmarzyk PT.
J Sci Med Sport. 2014 Jul;17(4):381-6.


A novel channelopathy in pulmonary arterial hypertension.
Ma L, Roman-Campos D, Austin ED, Eyries M, Sampson KS, Soubrier F, Germain M, Trégouët DA, Borczuk A, Rosenzweig EB, Girerd B, Montani D, Humbert M, Loyd JE, Kass RS, Chung WK.
N Engl J Med. 2013 Jul 25;369(4):351-61.


Merkel cell polyomavirus infection occurs during early childhood and is transmitted between siblings.
Martel-Jantin C, Pedergnana V, Nicol JT, Leblond V, Trégouët DA, Tortevoye P, Plancoulaine S, Coursaget P, Touzé A, Abel L, Gessain A.
J Clin Virol. 2013 Sep;58(1):288-91.


Small platelet microparticle levels are increased in pulmonary arterial hypertension.
Nadaud S, Poirier O, Girerd B, Blanc C, Montani D, Eyries M, Imbert-Bismut F, Pacheco A, Vigne J, Tregouet DA, Humbert M, Soubrier F.
Eur J Clin Invest. 2013 Jan;43(1):64-71.


Characteristics of the default mode functional connectivity in normal ageing and Alzheimer’s disease using resting state fMRI with a combined approach of entropy-based and graph theoretical measurements.
Toussaint PJ, Maiz S, Coynel D, Doyon J, Messé A, de Souza LC, Sarazin M, Perlbarg V, Habert MO, Benali H.
Neuroimage. 2014 Nov 1;101:778-86


Age-related changes in functional network connectivity associated with high levels of verbal fluency performance.
Marsolais Y, Perlbarg V, Benali H, Joanette Y.
Cortex. 2014 Sep;58:123-38.


Deafferentation in thalamic and pontine areas in severe traumatic brain injury.
Laouchedi M, Galanaud D, Delmaire C, Fernandez-Vidal S, Messé A, Mesmoudi S, Oulebsir Boumghar F, Pélégrini-Issac M, Puybasset L, Benali H, Perlbarg V.
J Neuroradiol. 2014 Jul 2. pii: S0150-9861(14)00180-1.


Brain networks disconnection in early multiple sclerosis cognitive deficits: an anatomofunctional study.
Louapre C, Perlbarg V, García-Lorenzo D, Urbanski M, Benali H, Assouad R, Galanaud D, Freeman L, Bodini B, Papeix C, Tourbah A, Lubetzki C, Lehéricy S, Stankoff B.
Hum Brain Mapp. 2014 Sep;35(9):4706-17.


Combining spatial independent component analysis with regression to identify the subcortical components of resting-state FMRI functional networks.
Malherbe C, Messé A, Bardinet E, Pélégrini-Issac M, Perlbarg V, Marrelec G, Worbe Y, Yelnik J, Lehéricy S, Benali H.
Brain Connect. 2014 Apr;4(3):181-92


White matter changes in comatose survivors of anoxic ischemic encephalopathy and traumatic brain injury: comparative diffusion-tensor imaging study.
van der Eerden AW, Khalilzadeh O, Perlbarg V, Dinkel J, Sanchez P, Vos PE, Luyt CE, Stevens RD, Menjot de Champfleur N, Delmaire C, Tollard E, Gupta R, Dormont D, Laureys S, Benali H, Vanhaudenhuyse A, Galanaud D, Puybasset L; NICER (Neuro Imaging for Coma Emergence and Recovery) Consortium.
Radiology. 2014 Feb;270(2):506-16.


Long-term white matter changes after severe traumatic brain injury: a 5-year prospective cohort.
Dinkel J, Drier A, Khalilzadeh O, Perlbarg V, Czernecki V, Gupta R, Gomas F, Sanchez P, Dormont D, Galanaud D, Stevens RD, Puybasset L; for NICER (Neuro Imaging for Coma Emergence and Recovery) Consortium.
AJNR Am J Neuroradiol. 2014 Jan;35(1):23-9.


Neuroanatomical basis of paroxysmal sympathetic hyperactivity: a diffusion tensor imaging analysis.
Hinson HE, Puybasset L, Weiss N, Perlbarg V, Benali H, Galanaud D, Lasarev M, Stevens RD; Neuro Imaging for Coma Emergence, Recovery (NICER) Consortium.
Brain Inj. 2015;29(4):455-61.


Collaborative European NeuroTrauma Effectiveness Research in Traumatic Brain Injury (CENTER-TBI): a prospective longitudinal observational study.
Maas AI, Menon DK, Steyerberg EW, Citerio G, Lecky F, Manley GT, Hill S, Legrand V, Sorgner A; CENTER-TBI Participants and Investigators.
Neurosurgery. 2015 Jan;76(1):67-80.


Single-voxel 1 H spectroscopy in the human hippocampus at 3 T using the LASER sequence: characterization of neurochemical profile and reproducibility.
Allaïli N, Valabrègue R, Auerbach EJ, Guillemot V, Yahia-Cherif L, Bardinet E, Jabourian M, Fossati P, Lehéricy S, Marjańska M.
NMR Biomed. 2015 Aug 18.


Hypomorphic variants of cationic amino acid transporter 3 in males with autism spectrum disorders.
Nava C, Rupp J, Boissel JP, Mignot C, Rastetter A, Amiet C, Jacquette A, Dupuits C, Bouteiller D, Keren B, Ruberg M, Faudet A, Doummar D, Philippe A, Périsse D, Laurent C, Lebrun N, Guillemot V, Chelly J, Cohen D, Héron D, Brice A, Closs EI, Depienne C.
Amino Acids. 2015 Jul 28.


Differential gene methylation in paired glioblastomas suggests a role of immune response pathways in tumor progression.
Alentorn A, Durán-Peña A, Malousi A, Marie Y, Mokhtari K, Sanson M, Hoang-Xuan K, Delattre JY, Idbaih A, Vecht C.
J Neurooncol. 2015 Jul 30.


Homocysteine concentration in coronary artery disease: Influence of three common single nucleotide polymorphisms.
Bickel C, Schnabel RB, Zengin E, Lubos E, Rupprecht H, Lackner K, Proust C, Tregouet D, Blankenberg S, Westermann D, Sinning C.
Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2016 Sep 17.


Germline variants in ETV6 underlie reduced platelet formation, platelet dysfunction and increased levels of circulating CD34+ progenitors.
Poggi M, Canault M, Favier M, Turro E, Saultier P, Ghalloussi D, Baccini V, Vidal L, Mezzapesa A, Chelghoum N, Mohand-Oumoussa B, Falaise CL, Favier R, Ouwehand WH, Fiore M, Peiretti F, Morange PE, Saut N, Bernot D, Greinacher A, Nurden AT, Nurden P, Freson K, Trégouët DA, Raslova H, Alessi MC.
Haematologica. 2016 Sep 23. pii: haematol.2016.147694.


Removing Batch Effects from Longitudinal Gene Expression - Quantile Normalization Plus ComBat as Best Approach for Microarray Transcriptome Data.
Müller C, Schillert A, Röthemeier C, Trégouët DA, Proust C, Binder H, Pfeiffer N, Beutel M, Lackner KJ, Schnabel RB, Tiret L, Wild PS, Blankenberg S, Zeller T, Ziegler A.
PLoS One. 2016 Jun 7;11(6):e0156594.


Comparison of Cox Model Methods in A Low-dimensional Setting with Few Events.
Ojeda FM, Müller C, Börnigen D, Trégouët DA, Schillert A, Heinig M, Zeller T, Schnabel RB.
Genomics Proteomics Bioinformatics. 2016 Aug;14(4):235-43.


miR-322 regulates insulin signaling pathway and protects against metabolic syndrome-induced cardiac dysfunction in mice.
Marchand A, Atassi F, Mougenot N, Clergue M, Codoni V, Berthuin J, Proust C, Trégouët DA, Hulot JS, Lompré AM.
Biochim Biophys Acta. 2016 Apr;1862(4):611-21


Neuroanatomical basis of paroxysmal sympathetic hyperactivity: a diffusion tensor imaging analysis.
Hinson HE, Puybasset L, Weiss N, Perlbarg V, Benali H, Galanaud D, Lasarev M, Stevens RD; Neuro Imaging for Coma Emergence, Recovery (NICER) Consortium.
Brain Inj. 2015;29(4):455-61


Broca's area damage is necessary but not sufficient to induce after-effects of cathodal tDCS on the unaffected hemisphere in post-stroke aphasia.
Rosso C, Perlbarg V, Valabregue R, Arbizu C, Ferrieux S, Alshawan B, Vargas P, Leger A, Zavanone C, Corvol JC, Meunier S, Lehéricy S, Samson Y.
Brain Stimul. 2014 Sep-Oct;7(5):627-35.


Lateral Temporal Lobe: An Early Imaging Marker of the Presymptomatic GRN Disease?
Caroppo P, Habert MO, Durrleman S, Funkiewiez A, Perlbarg V, Hahn V, Bertin H, Gaubert M, Routier A, Hannequin D, Deramecourt V, Pasquier F, Rivaud-Pechoux S, Vercelletto M, Edouart G, Valabregue R, Lejeune P, Didic M, Corvol JC, Benali H, Lehericy S, Dubois B, Colliot O, Brice A, Le Ber I; Predict-PGRN study group..
J Alzheimers Dis. 2015;47(3):751-9.


Axial Diffusivity of the Corona Radiata at 24 Hours Post-Stroke: A New Biomarker for Motor and Global Outcome.
Moulton E, Amor-Sahli M, Perlbarg V, Pires C, Crozier S, Galanaud D, Valabregue R, Yger M, Baronnet-Chauvet F, Samson Y, Dormont D, Rosso C.
PLoS One. 2015 Nov 12;10(11):e0142910.


Functional Connectivity of Ventral and Dorsal Visual Streams in Posterior Cortical Atrophy.
Migliaccio R, Gallea C, Kas A, Perlbarg V, Samri D, Trotta L, Michon A, Lacomblez L, Dubois B, Lehericy S, Bartolomeo P.
J Alzheimers Dis. 2016;51(4):1119-30.


CATI: A Large Distributed Infrastructure for the Neuroimaging of Cohorts.
Operto G, Chupin M, Batrancourt B, Habert MO, Colliot O, Benali H, Poupon C, Champseix C, Delmaire C, Marie S, Rivière D, Pélégrini-Issac M, Perlbarg V, Trebossen R, Bottlaender M, Frouin V, Grigis A, Orfanos DP, Dary H, Fillon L, Azouani C, Bouyahia A, Fischer C, Edward L, Bouin M, Thoprakarn U, Li J, Makkaoui L, Poret S, Dufouil C, Bouteloup V, Chételat G, Dubois B, Lehéricy S, Mangin JF, Cointepas Y; CATI Consortium..
Neuroinformatics. 2016 Jul;14(3):253-64.


Longitudinal changes in functional connectivity of cortico-basal ganglia networks in manifests and premanifest huntington's disease.
Gargouri F, Messé A, Perlbarg V, Valabregue R, McColgan P, Yahia-Cherif L, Fernandez-Vidal S, Ben Hamida A, Benali H, Tabrizi S, Durr A, Lehéricy S.
Hum Brain Mapp. 2016 Nov;37(11):4112-4128.


Multi-omics analysis of primary glioblastoma cell lines shows recapitulation of pivotal molecular features of parental tumors.
Rosenberg S, Verreault M, Schmitt C, Guegan J, Guehennec J, Levasseur C, Marie Y, Bielle F, Mokhtari K, Hoang-Xuan K, Ligon K, Sanson M, Delattre JY, Idbaih A.
Neuro Oncol. 2016


Clinical-genetic model predicts incident impulse control disorders in Parkinson's disease.
Kraemmer J, Smith K, Weintraub D, Guillemot V, Nalls MA, Cormier-Dequaire F, Moszer I, Brice A, Singleton AB, Corvol JC.
J Neurol Neurosurg Psychiatry. 2016 Oct;87(10):1106-11.


Transcriptome Analysis of Peripheral Blood in Chronic Inflammatory Demyelinating Polyradiculoneuropathy Patients Identifies TNFR1 and TLR Pathways in the IVIg Response.
Richard A, Corvol JC, Debs R, Reach P, Tahiri K, Carpentier W, Gueguen J, Guillemot V, Labeyrie C, Adams D, Viala K, Cohen Aubart F.
Medicine (Baltimore). 2016 May;95(19):e3370.

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