RPBS

Adresse postale
35 rue Hélène Brion 75013 Paris
Structure(s) :
INSERM, Université Paris-Diderot
Unité :
UMR-S 973
Pôle regional :
ApliBio, Ile-de-France
Website
RPBS
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
70.00 To
Ferme de calcul
960 cores
Collection de données
2
Heure de CPU
913 000 H / an
Outils bioinformatiques
32
Nombre d'utilisateurs
41
Description des serveurs
  • Salle serveur de 40m²
  • Architecture de type PAAS (Platform As A Service)
  • Ferme de calcul hétérogène (noeuds 12 coeurs / 48Go de RAM, noeud 60 coeurs / 512 Go de RAM, noeud GPU en cours d'installation) sur un réseau interne 10Gb
  • Espace disque de travail de 30To sous LustreFS
  • Espace de stockage NFS de 2x30To
  • Gestion logicielle avec SaltStack
  • Encapsulation des services dans des conteneurs Docker
  • Gestionnaire de tâches: Slurm

Condition d'accès
  • Accès libre via le portail Mobyle
  • Accès en tant qu'utilisateur enregistré via le portail Mobyle
  • Accès direct à la ressource sur demande
  • Hébergement de matériel propriétaire en mode PAAS
Visites annuelles :
130 an
Visites uniques :
130 an
Citations :
4
Dernière mise à jour :
Non renseignée

BactPepDB

Description

BactPepDB is a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes. It provides insights about candidate peptides, and provides information about their conservation, together with some of their expected biological/structural features. The BactPepDB interface allows to search for candidate peptides in the database, or to search for peptides similar to a query, according to the multiple properties predicted or related to genomic localization.

Conditions d'accès
  • Service en ligne en accès libre.
  • Possibilité d'analyse spécifique sur demande.
Visites annuelles :
1 791 an
Visites uniques :
1 433 an
Citations :
25
Dernière mise à jour :
Non renseignée

SPROUTS

Description

SPROUTS has been designed to give scientists access to data related to protein folding prediction. In this scope, we processed a set of proteins on five different tools devoted to the prediction of stability changes upon point mutation. We also propose the results obtained with two methods devoted for one to the direct prediction of residues involved in the core of a protein structure and for the other, the characterization of fragments which ends are assumed to be part of the folding nucleus.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
30 000 an
Visites uniques :
3 900 an
Citations :
377
Téléchargements :
Non renseigné

PEP-FOLD

Description

PEP-FOLD is a de novo approach aimed at predicting peptide structures from amino acid sequences.

This method, based on structural alphabet SA letters to describe the conformations of four consecutive residues, couples the predicted series of SA letters to a greedy algorithm and a coarse-grained force field.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
140 an
Visites uniques :
60 an
Citations :
2
Téléchargements :
Non renseigné

BCSearch

Description

BCSearch is a fast and flexible approach to identify linear fragments similar to a query in large collections of structures. It addresses two basic questions:

  • Among a subset of structures, what sequences are compatible with the conformation of my query ?
  • Are there conformations similar to my query in other proteins ? Is it observed elsewhere ?

BCSearch is based on a new similarity approach, based on a Binet Cauchy (BC) kernel. The approach measures the correlation between the volumes of all the tetraedron of the query and that of a target. The similarity (BCscore) is scored between -1 and 1, where a value of 1 corresponds to the exact same conformation than the query, and -1 to the mirror conformation. Values close to 0 correspond to unrelated fragments. The BCscore is more stringent than other criteria such as the alpha carbon RMS deviation. Particularly, fragments with partly dissimilar shapes are poorly scored and consequently collections of matches are usually less noisy, which makes them better suited for the analysis of the local structure-sequence relationship. In addition, since no superimposition is required, the similarity search is very fast, making possible to mine large collections of structures.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
5 100 an
Visites uniques :
1 000 an
Citations :
14
Téléchargements :
Non renseigné

MTiAutoDock/MTiOpenScreen

Description

MTiAutoDock and MTiOpenScreen are two services dedicated to small molecule docking and chemical library virtual screening.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
1 482 an
Visites uniques :
347 an
Citations :
1
Téléchargements :
Non renseigné

PEP-SiteFinder

Description

PEP-SiteFinder is a service aimed at identifying patches on a protein surface, which a peptide of specified sequence is likely to interact with.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
8 400 an
Visites uniques :
780 an
Citations :
35
Téléchargements :
Non renseigné

FAF-Drug2

Description

FAF-Drugs (Free ADME-Tox Filtering Tool version 3.0) is a program for filtering large compound libraries prior to in silico screening experiments or related modeling studies. The main goal is the computational prediction of some ADME-Tox properties (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity) in order to assist hit selection before chemical synthesis or ordering.

FAF-Drugs employs pre-defined filters, but users can also customize their own filtering parameters by using the Filter-Editor service.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
260 an
Visites uniques :
70 an
Citations :
2
Téléchargements :
Non renseigné

HHalign-Kbest

Description

HHalign-Kbest is useful to automatically obtain optimized alignments and models in case of low sequence identity (<35%) between a query and a template protein. It can generate k suboptimal (e.g. top-k scoring) alignments rather than only the optimal one which may contain small to large errors.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
1 120 an
Visites uniques :
310 an
Citations :
4
Téléchargements :
Non renseigné

InterEvDock

Description

InterEvDock is a server for protein docking running the InterEvScore potential specifically designed to integrate evolutionary information in the docking process. The InterEvScore potential was developed for heteromeric protein interfaces and combines a residue-based multi-body statistical potential with evolutionary information derived from the multiple sequence alignments of each partner in the complex.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
2 470 an
Visites uniques :
960 an
Citations :
345
Téléchargements :
Non renseigné

fpocket

Description

Service en ligne libre d'accès.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
6 400 an
Visites uniques :
960 an
Citations :
64
Téléchargements :
Non renseigné

Frog2

Description

Frog is intended to generate 3D for drugs, usually described using a 1D or 2D representation. Frog performs isomer identification from ambiguous compound description. Frog is able to generate multi-conformations per isomer.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
640 an
Visites uniques :
130 an
Citations :
67
Téléchargements :
Non renseigné

SABBAC

Description

SABBAC is an on-line service devoted to protein backbone reconstruction from alpha-carbon trace. It is based on the assembly of fragments issued from library of reduced size, resulting from the encoding of the protein trace in an HMM-derived structural alphabet.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Visites annuelles :
310 an
Visites uniques :
170 an
Citations :
11
Téléchargements :
Non renseigné

wwLig-CSRre

Description

wwLigCSRre is intended for searching banks for compounds similar to a query, based on both coordinates and physico-chemical properties of atoms.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
340 an
Visites uniques :
26 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

SA-Frag

Description

SA-Frag is a service that will, given an amino acid sequence, return 3D fragments predicted to match the various positions of the sequence. SA-Frag will thus return an alignement of the fragments identified with the query and a collection of 3D structures corresponding to the fragments in the PDB format.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
10 000 an
Visites uniques :
3 200 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

HCA

Description

Hydrophobic cluster analysis.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

Domaines d'activité
  • Biologie
  • Informatique
  • Biomédical
Description des expertises

Bioinformatique Structurale : analyse et modélisation de la structure et de la fonction des protéines, des peptides. Complexes protéiques, peptide-protéine. Criblage in silico.

  • Modélisation comparative de la structure des protéines
  • Recherche de similitudes structurales
  • Modélisation de la structure de complexes protéiques
  • Modélisation de novo de la structure des peptides
  • Criblage in silico (structure-based)
  • Impact structural de mutations ponctuelles
Mots clés:
  • Bioinformatique structurale
  • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
  • Prédictions des propriétés structurales
  • Modélisation comparative et de novo de structures
  • Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
  • Analyse des propriétés dynamiques et thermodynamiques des structures
  • Criblage virtuel
  • Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
  • Criblage basé sur la structure

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
15 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Python avancé

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Personnes formées :
15 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Introduction au portail MOBYLE

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
15 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Criblage de petits composés

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
81 %
Nationaux
14 %
Régionaux
3 %
Locaux
2%
Description de la répartition :

La répartition présentée est celle de l'accès au portail Mobyle et donc aux accès via le Web.

Projets propres de la plateforme

Mobyle (2006-2014) :  environnement de déploiement et d'execution automatisés sur le Web

MobyleNet (2009-2011) : réseau de portails Web

Collaborations
Projets d'ANR

IA Bioinformatique BipBip (Biology in processors Bayesian inference paradigm)

Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Coordination du workpackage Bioinformatique Structurale du projet IFB

Publications internes

Lamiable A, Thévenet P, Rey J, Vavrusa M, Derreumaux P, Tufféry P.
PEP-FOLD3: faster de novo structure prediction for linear peptides in solution and in complex.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W449-54.


Guyon F, Martz F, Vavruša M, Bécot J, Rey J, Tufféry P.
BCSearch: fast structural fragment mining over large collections of protein structures.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W378-82.


Saladin A, Rey J, Thevenet P, Zacharias M, Moroy G, Tufféry P.
PEP-SiteFinder: a tool for the blind indentification of peptide binding sites on protein surfaces.
Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W221-6.


Shen Y, Maupetit J, Derreumaux P, Tufféry P.
Improved PEP-FOLD approach for peptide and miniprotein structure prediction
J. Chem. Theor. Comput. 2014; 10:4745-4758


Rey J, Deschavanne P, Tufféry P.
BactPepDB: a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes.
Database (Oxford). 2014 Nov 6;2014. pii: bau106. doi: 10.1093/database/bau106. Print 2014.


Thévenet P, Shen Y, Maupetit J, Guyon F, Derreumaux P, Tufféry P.
PEP-FOLD: an updated de novo structure prediction server for both linear and disulfide bonded cyclic peptides.
Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W288-93.


Shen Y, Picord G, Guyon F, Tufféry P.
Detecting protein candidate fragments using a structural alphabet profile comparison approach.
PLoS One. 2013 Nov 26;8(11)

Publications externes

Yu J, Picord G, Tufféry P, Guerois R.
HHalign-KBest: exploring sub-optimal alignments for remote homology comparative modeling
Bioinformatics. 2015 Dec 1;31(23):3850-2.


Yu J, Vavrusa M, Andreani J, Rey J, Tufféry P, Guerois R.
InterEvDock: A docking server to predict the structure of protein-protein interactions using evolutionary information.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W542-9.


Schmidtke P, Le Guilloux V, Maupetit J, Tufféry P.
fpocket: online tools for protein ensemble pocket detection and tracking.
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W582-9.


Acuña R, Lacroix Z, Papandreou N, Chomilier J.
Protein intrachain contact prediction with most interacting residues (MIR).
Bio-Algorithms and Med-Systems 2014 Nov 27;10(4):227-242


Lonquety M, Lacroix Z, Papandreou N, and Chomilier J. 
SPROUTS: a database for the evaluation of protein stability upon point mutation.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D374-9.

Publications avec le laboratoire d'hébergement

Labbé C, Rey J, Lagorce D, Vavruša M, Becot J, Sperandio O, Villoutreix B, Tufféry P, Miteva M.
MTiOpenScreen: a web server for structure-based virtual screening.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W448-54.


Lagorce D, Sperandio O, Baell JB, Miteva MA, Villoutreix BO.
FAF-Drugs3: a web server for compound property calculation and chemical library design.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W200-7.


Miteva MA, Guyon F, Tufféry P.
Frog2: Efficient 3D conformation ensemble generator for small compounds.
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W622-7.

Développement

PEP-FOLD (APP)

cea
cnrs
inra
inria
inserm
logo_elixir
logo-investissements