MBI

Adresse postale
615 Rue du Jardin Botanique 54600 Villers-lès-Nancy
Structure(s) :
INRIA
Unité :
Inria Nancy Grand-Est
Pôle regional :
IFB Nord Est
Responsable Scientifique
Devignes Marie Dominique
Responsable opérationnel
Ritchie Dave
Certificat(s)
Non renseigné
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
80.00 To
Ferme de calcul
300 cores
Nombre d'utilisateurs
25
Description des serveurs

Cluster : 300 CPU cores (2.4 GHz Intel Xeon) + 8 GPU (Nvidia Tesla K40M)

Databases : MySQL, PostgreSQL

Tools : NAMD, Autodock, Gold, Hex, Parafit, KBDOCK, Kpax, ECDomainMiner, Coron, Knime


Condition d'accès

Compte local requis pour faire tourner les calculs lourds ou les logiciels commerciaux ; libre accès externe pour Hex, KBDOCK, Kpax

Visites annuelles :
3 600 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
36
Dernière mise à jour :
18-01-2017

KBDOCK

Description

3D database system that defines and spatially clusters protein binding sites for knowledge-based protein docking

Conditions d'accès

Free service : no login or registration required.

Visites annuelles :
18 000 an
Visites uniques :
5 000 an
Citations :
720
Téléchargements :
43 000

Hex

Description

Ab initio rigid body protein-protein docking.

Conditions d'accès

Free licence for academic use

Visites annuelles :
5 000 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
266
Téléchargements :
0

HexServer

Description

Ab initio rigid body protein-protein docking using GPU.

Conditions d'accès

Free service: no login or registration required

Visites annuelles :
400 an
Visites uniques :
50 an
Citations :
15
Téléchargements :
200

Kpax

Description

Fast protein structure alignment (pairwise, multiple, flexible) and database search (e.g. CATH, SCOP, ECOD, Pfam).

Conditions d'accès

No-cost licence for academic use.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
Description des expertises
Plateforme expérimentale de recherche dépendant de Inria Nancy Grand-Est, la plateforme MBI s’est constituée autour de deux domaines principaux d’expertise.

1. La modélisation 3D des protéines et de leurs interactions, avec en particulier la simulation de dynamiques moléculaires (logiciel NAMD), et la mise à disposition de programmes ultra-rapides de docking rigide et de comparaison de formes, exécutés sur des clusters mixtes (CPU et GPU).

2. L’extraction de connaissances à partir de données biologiques ou biomédicales, avec en particulier la mise en œuvre de méthodes de fouille de données symboliques et/ou relationnelles, en utilisant une suite logicielle construite dans l’équipe Orpailleur autour de la recherche de motifs fréquents et de l’analyse formelle de concept (suite CORON), ainsi que des workflows d’apprentissage (à partir de la plateforme KNIME).

Mots clés:
  • Bioinformatique structurale
  • Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
Répartition des utilisateurs
Internationaux
20 %
Nationaux
10 %
Régionaux
10 %
Locaux
60%
Description de la répartition :

Ces chiffres sont des estimations car aucun login n'est nécessaire pour utiliser Hex ou KBDOCK, par exemple, qui sont principalement utilisés par des utilisateurs externes.

Projets propres de la plateforme

Mise en place de l'environnement de travail Galaxy (CDD IFB Antoine Chemardin)

Collaborations
Projets d'ANR
(1)

ANR: ANR-11-MONU-006-01/2/3 to: S. Grudinin, D.W. Ritchie, V. Gordeliy, 01/11/11-30/10/15, €358K. PEPSI – Expansions Polynomiales de Structures de Protéines et Interactions.

Projets européens et internationaux
(1)

Collaboration avec le Brésil (via l'accueil de doctorants et de chercheurs invités pour travailler 1 à 6 mois sur la plateforme MBI): University of Mato Grosso State, University of Maringá, Embrapa, and University of Brasilia. Criblage virtuel de molécules anti-fongiques.

Projets avec des industriels
(1)

Collaboration avec la start-up Harmonic Pharma qui utilise ponctuellement les ressources de calcul, dans le cadre des projets BioProLor (Projet AME Lorraine : 2009-2013) et Le Bois Santé (projet FUI-14 : 2013-2015).

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Démonstration de docking proteine-proteine au Village des Sciences, 2014

Organised conference : SFCi 2013 6èmes journées de la Société Française de Chémoinformatique
(SFCi) http://sfci2013.loria.fr/

Organised workshop : Journée Charles Hermite – Inférence Ancestrale et Relations Évolutives en
Biologie http://www.fr-hermite.univ-lorraine.fr/content/Journee-scientifique-FCH-...

Organised workshop : « Computational Challenges in Structural Biology »
http://ccsb2012.loria.fr/

Publications internes
Publications externes
A. K. Rodrigues Adabio, E. S. Kioshima, V. Leroux, N. F. Martins, B. Maigret, M. S. Soares Felipe, “Identification of New Antifungal Compounds Targeting Thioredoxin Reductase of Paracoccidioides Genus”, PloS One 10, 11, November 2015, p. e0142926.

 

R. Gerbier, V. Leroux, P. Couvineau, R. Alvear-Perez, B. Maigret, C. Llorens- Cortes, X. Iturrioz, “New structural insights into the apelin receptor: identification of key residues for apelin binding”, FASEB Journal 29, 1, January 2015, p. 314–322.

 

T. Bourquard, F. Landomiel, E. Reiter, P. Crépieux, D. W. Ritchie, J. Azé, A. Poupon, “Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/ - arrestin/Erk module complex”, Scientific Reports, June 2015, p. 5:10760. http://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01162594.

 

Ferrari F, Paris C, Maigret B, Bidouil C, Delaunay S, Humeau C, Chevalot I. Molecular rules for chemo- and regio-selectivity of Candida antarctica lipase B in peptide acylation reactions. Journal of Molecular Catalysis B – Enzymatic. 2014 101:122-132.


de Almeida H, Bastos IMD, Ribeiro BM, Maigret B, Santana JM. New Binding Site Conformations of the Dengue Virus NS3 Protease Accessed by Molecular Dynamics Simulation. PloS One 8:e72402.

Abadio, AKR, Kioshuma ES, Martins NF, FreitasSM, Maigret B, Felipe MS. Small molecules inhibitors of Paracoccidioides lutzii thioredoxin reductase obtained by virtual screening, promising antifungals agents. Mycoses. 2012 55:103:104.

Abadio, AKR, Kioshuma ES, Teixier MM, Martins NF, FreitasSM, Maigret B, Felipe MSS. Comparative genomics allowed the identification of drug targets against human fungal pathogens. BMC Genomics, 2011 12:75

S. Roselli, A. Olry, S. Vautrin, O. Coriton, D.W. Ritchie, G. Galati, N. Navrot, C. Krieger, G. Vialart, H. Bergès, F. , Bourgaud, A. Hehn (2017). A bacterial artificial chromosome (BAC) genomic approach reveals partial clustering of the furanocoumarin pathway genes in parsnip. The Plant Journal, in press. DOI: 10.1111/tpj.13450.


C. Ambroset, C. Coluzzi, G. Guédon, M.-D. Devignes, V. Leroux, T. Lacroix, S. Payot, N. Leblond-Bourget. New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration. Frontiers. Microbiology, 2016, 6:1483. DOI: 10.3389/FMICB.2015.01483.


E. Bresso, V. Leroux, M. Urban, K. E. Hammond-Kosack, B. Maigret, N. F. Martins. Structure-based virtual screening of hypothetical inhibitors of the enzyme longiborneol synthase—a potential target to reduce Fusarium head blight disease. Journal of Molecular Modeling, 2016, 22(7) DOI: 10.1007/s00894-016-3021-1.

 


M. Martins, E. Bresso, R. C. Togawa, M. Urban, J.  Antoniw, B. Maigret, K. Hammond-Kosack. Searching for Novel Targets to Control Wheat Head Blight Disease – Protein Identification, 3D Modeling and Virtual Screening, in Advances in Microbiology, 2016, 6(11): 811-830. DOI: 10.4236/aim.2016.611079.


H. De Almeida, V. Leroux, F. N. Motta, P. G Rellier, B. Maigret, J. M. Santana, I. M. D. Bastos. Identification of novel Trypanosoma cruzi prolyl oligopeptidase inhibitors by structure-based virtual screening. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2016 DOI: 10.1007/S10822-016-9985-1.

Publications avec le laboratoire d'hébergement
A structure-based classification and analysis of protein domain family binding sites and their interactions. Ghoorah AW, Devignes MD, Alborzi SZ, Smaïl-Tabbone M, Ritchie DW. (2015) Biology (Basel) 4(2):327-43.

 

V. Pérez-Nueno, A. S. Karaboga, M. Souchet, D. Ritchie, “GESSE: Predicting Drug Side Effects from Drug–Target Relationships”, Journal of Chemical Information and Modeling 55, 9, August 2015, p. 1804–1823, https://hal.inria.fr/hal-01216493.

 

KBDOCK 2013: A spatial classification of 3D protein domain family interactions. A.W. Ghoorah, M.- D. Devignes, M. Smail-Tabbone, D.W. Ritchie, (2014).Nucleic Acids Research, D389-D395.

Protein Docking Using Case-Based Reasoning. A.W. Ghoorah, M. Smail-Tabbone, M.-D. Devignes, D.W. Ritchie, (2013). Proteins, 2150-2158

Fast Protein Structure Alignment using Gaussian Overlap Scoring of Backbone Peptide Fragment Similarity. D.W. Ritchie, A.W. Ghoorah, L. Mavridis, V. Venkatraman (2012). Bioinformatics, 28(24) 3274-3281

Functional classification of genes using semantic distance and fuzzy clustering approach: evaluation with reference sets and overlap analysis. Devignes MD, Benabderrahmane S, Smaïl- Tabbone M, Napoli A, Poch O. Int J Comput Biol Drug Des. 2012;5(3-4):245-60

Spatial clustering of protein binding sites for template based protein docking. A. Ghoorah, M.-D. Devignes, M. Smail-Tabbone, D.W. Ritchie (2011). Bioinformatics, 27, 2820-2827.

Benabderrahmane S, Smail-Tabbone M, Poch O, Napoli A, Devignes MD. IntelliGO: a new vector- based semantic similarity measure including annotation origin. BMC Bioinformatics. 2010 Dec 1;11:588

Macindoe G, Mavridis L, Venkatraman V, Devignes MD, Ritchie DW. HexServer: an FFT-based protein docking server powered by graphics processors. Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W445-9.

M. El Houasli, B. Maigret, M.-D. Devignes, A. W. Ghoorah, S. Grudinin, D.W. Ritchie (2016). Modeling and Minimising CAPRI Round 30 Symmetrical Protein Complexes from CASP-11 Structural Models. Proteins, Structure, Function, Bioinformatics, 2016, 84, in press. DOI: 10.1002/prot.25182.


A.W. Ghoorah, M.-D. Devignes, M. Smail-Tabbone, D.W. Ritchie. Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock. In Methods in Molecular Biology 1415 - Data Mining Techniques for the Life Sciences (Eds. O. Carugo and F. Eisenhaber), 2016, 2, 91-105.

Développement
Nœuds KNIME MODIM
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