BiRD

Adresse postale
IRS UN, 8 Quai Moncousu 44000 Nantes
Structure(s) :
INSERM
Unité :
UMR INSERM 1087
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
400.00 To
Ferme de calcul
560 cores
Collection de données
8
Heure de CPU
1 293 109 H / an
Outils bioinformatiques
23
Nombre d'utilisateurs
206
Description des serveurs

 


Condition d'accès

Pour toute demandes de comptes (cluster ou Galaxy) contacter pf-bird@univ-nantes.fr

La charte d'utilisation est disponible à cette adresse : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy-LD

Description

Galaxy-LD is a tool dedicated to the generation of provenance graphs (RDF, PROV-O ontology) based on Galaxy user histories. The tool is currently available through a command line interface. A web-based user interface is under active development.

Conditions d'accès
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

SHARP-prov-toolbox

Description

SHARP-prov-toolbox is a tool aimed at harmonizing heterogeneous provenance graphs based on reasoning (PROV inferences). PROV Constraints inferences rules have been implemented through the JENA forward chaining inference engine.

Conditions d'accès
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
26 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy@BiRD

Description

Le portail Galaxy de BiRD propose des outils pour l'analyse de données de :

  • séquençage NGS : analyse de variants et transcriptomique
  • puces à ADN
  • puces à protéines

 

 

Conditions d'accès

L'accès à Galaxy nécessite la création d'un compte sur le cluster : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/07074276/0/fiche___pagelibre/&RH=14425...

 

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
  • Informatique
Description des expertises
La plateforme BiRD conseille, propose et développe des services en bioinformatique : analyse de données de séquençage et génotypage à haut débit pour la détection de variants, étude du transcriptome (RNA-Seq et puces à ADN). Pour cela elle travaille aux cotés de la plateforme Génomique qui prend en charge les projets de préparations de librairies et séquençage. Ensemble les 2 plateformes forme l'infrastructure GenoBiRD.

Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.

Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée directement connectée aux séquenceurs, accessible à distance à travers plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelque soit sa tutelle.

La plateforme assure :

  • un accompagnement des projets d'analyse de données en génomique, depuis la définition du projet jusqu'à l'obtention de données filtrées et de bonne qualité.
  • la mise à disposition de la communauté scientifique une infrastructure à haute performance et des ressources bioinformatiques adaptées (cluster calcul, stockage et CLOUD OpenStack) pour le traitement et l'analyse de données 'omics'. Basée sur cette infrastructure, une instance Galaxy permet aux biologistes un accès facilité aux outils d'analyse de données.
  • des formations dans le domaine de la Bioinformatique, comme une formation à l'analyse de données de transcriptome ou une initiation à l'utilisation du langage R.
 

Implantée au sein de la SFR Santé François Bonamy, la plateforme s'appuie sur les équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l'UMR U1087, à laquelle elle est adossée. L'un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en oeuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies.

La plateforme est également co-dirigée scientiquement par le LS2N (Laboratoire des Sciences Numériques Nantes). Les travaux de recherche et développements de la plateforme BiRD sont menés en collaboration avec l’équipe ComBi dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes. Ensemble, ces deux laboratoires définissent les orientations stratégiques et scientifiques de BiRD, et coordonnent les ressources humaines et matérielles.

 

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Intégration de données hétérogènes
  • Représentation des connaissances
  • Ontologies
  • Web sémantique
  • Biologie des systèmes
  • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
  • Génie métabolique
  • Analyse et modélisation multi-échelle
  • Modélisation des réseaux métaboliques
  • Modélisation des réseaux de régulation
  • Modélisation des systèmes
  • Systèmes dynamiques
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Inférence et analyse des réseaux biologiques
  • Statistique génétique
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Cloud
  • Ecologie
  • Biodiversité
  • Ecologie microbienne
  • Modélisation en écologie
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • Génotypage
  • CGH
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Prochaine session :
06-06-2019

Initiation to the R language

Description

OBJECTIFS :
* Acquérir les bases d’utilisation du langage R
* Expérimenter les principales fonctionnalités de R
* Etre autonome dans la manipulation de données
* Réaliser des analyses statistiques simples, construire des graphiques
* Apprendre à créer des fonctions

 

Pour plus d'informations...

Conditions d'accès

Cette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

RNASeq data analysis with Galaxy

Description
Objectifs :

•    Comprendre les principales étapes d’analyse des données RNASeq pour une étude d’expression différentielle
•    Savoir réaliser une analyse à l’aide du portail Galaxy
•    Evaluer la qualité des données brutes
•    Aligner un jeu de données sur un génome de référence
•    Identifier les gènes différentiellement exprimés

Alternance entre parties théoriques et parties pratiques sur Galaxy (30% - 70%).
Pre-requis : Avoir déjà utilisé le portail Galaxy ou Avoir suivi la demi-journée de présentation Galaxy qui précéde la formation RNASeq.

Conditions d'accès

Cette formation est accessible par la formation continue de l'INSERM.

Répartition des utilisateurs
Internationaux
3 %
Nationaux
17 %
Régionaux
27 %
Locaux
53%
Description de la répartition :

La plate-forme BiRD fait partie du réseau des plates-formes de Biogenouest (régions Bretagne et Pays de Loire). De ce fait, elle entretient un rapport privilégié avec les laboratoires membres de Biogenouest mais est ouverte plus largement à toute autre structure académique ou privée.

Projets propres de la plateforme
(3)

Développement de pipelines d'analyse :

  • 3'seq RNA profiling
  • SingleCell transcriptomics
  • Microbiote analysis
Collaborations
Projets d'ANR
- Projet INCa : «Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie»

- ANR CavsGen (Blanc - SVSE 6) : Variation génétique, transcriptome et épigénome du rétrécissement aortique calcifié

Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
  • P’tits dej de la bioinfo : rendez-vous qui réunissent des acteurs de la bioinformatique de la région nantaise pour discuter autour d’un thème d’actualité bioinformatique, dans un cadre informel et amical, autour d’un croissant et un café.
  • Journée animation des plateformes de l’axe Bioinformatique Biogenouest.
  • Tutos Bioinfo : cycle de tutoriels sur des outils utiles en Bioinformatique, sous forme de mini-TP (code fourni sur Gitlab avec des données test).

 

Publications internes

Alban Gaignard, Hala Skaf-Molli , Audrey Bihouée
From scientific workflow patterns to 5-star linked open data
TaPP'16 Proceedings of the 8th USENIX Conference on Theory and Practice of Provenance

Publications externes
Picarda E, Bézie S, Boucault L, Autrusseau E, Kilens S, Meistermann D, Martinet B, Daguin V, Donnart A, Charpentier E, David L, Anegon I, Guillonneau C.
Transient antibody targeting of CD45RC induces transplant tolerance and potent antigen-specific regulatory T cells
JCI Insight. 2017 Feb 9;2(3):e90088. doi: 10.1172/jci.insight.90088.
 

Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil , Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet.
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
Future Generation Computer Systems · January 2017


Isidor B, Küry S, Rosenfeld JA, Besnard T, Schmitt S, Joss S, Davies SJ, Lebel RR, Henderson A, Schaaf CP, Streff HE, Yang Y, Jain V, Chida N, Latypova X, Caignec CL, Cogné B, Mercier S, Vincent M, Colin E, Bonneau D, Denommé AS, Parent P, Gilbert-Dussardier B, Odent S, Toutain A, Piton A, Dina C, Donnart A, Lindenbaum P, Charpentier E, Redon R, Iemura K, Ikeda M, Tanaka K, Bézieau S.
De Novo Truncating Mutations in the kinetochore-microtubules attachment gene CHAMP1 Cause Syndromic Intellectual Disability
Hum Mutat. 2016 Jan 11. doi: 10.1002/humu.22952

Lecomte E, Tournaire B, Cogné B, Dupont JB, Lindenbaum P, Martin-Fontaine M, Broucque F, Robin C, Hebben M, Merten OW, Blouin V, François A, Redon R, Moullier P, Léger A.
Advanced Characterization of DNA Molecules in rAAV Vector Preparations by Single-stranded Virus Next-generation Sequencing.
Mol Ther Nucleic Acids. 2015 Oct 27


Shy D, Gillet L, Ogrodnik J, Albesa M, Verkerk AO, Wolswinkel R, Rougier JS, Barc J, Essers MC, Syam N, Marsman RF, van Mil AM, Rotman S, Redon R, Bezzina CR, Remme CA, Abriel H.
PDZ domain-binding motif regulates cardiomyocyte compartment-specific NaV1.5 channel expression and function.
Circulation. 2014 Jul 8;130(2):147-60


Cogné B, Snyder R, Lindenbaum P, Dupont JB, Redon R, Moullier P, Leger A.
Artefactual integration sites of AAV vectors generated by NGS library preparation.
Nat Med. 2014 Jun;20(6):577-8


Mercier S, Küry S, Shaboodien G, Houniet DT, Khumalo NP, Bou-Hanna C, Bodak N, Cormier-Daire V, David A, Faivre L, Figarella-Branger D, Gherardi RK, Glen E, Hamel A, Laboisse C, Le Caignec C, Lindenbaum P, Magot A, Munnich A, Mussini JM, Pillay K, Rahman T, Redon R, Salort-Campana E, Santibanez-Koref M, Thauvin C, Barbarot S, Keavney B, Bézieau S, Mayosi BM.
Mutations in FAM111B Cause Hereditary Fibrosing Poikiloderma with Tendon Contracture, Myopathy, and Pulmonary Fibrosis.
Am J Hum Genet. 2013 Dec 5;93(6):1100-7. doi:10.1016/j.ajhg.2013.10.013. Epub 2013 Nov 21.


Colman H, Le Berre-Scoul C, Hernandez C, Pierredon S, Bihouée A, Houlgatte R, Vagner S, Rosenberg AR, Féray C.
Genome-wide analysis of host mRNA translation during hepatitis C virus infection.
J Virol. 2013 Apr 3.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Sanchez-Castro M, Eldjouzi H, Charpentier E, Busson PF, Hauet Q, Lindenbaum P, Delasalle-Guyomarch B, Baudry A, Pichon O, Pascal C, Lefort B, Bajolle F, Pezard P, Schott JJ, Dina C, Redon R, Gournay V, Bonnet D, Le Caignec C.
Search for Rare Copy-Number Variants in Congenital Heart Defects Identifies Novel Candidate Genes and a Potential Role for FOXC1 in Patients With Coarctation of the Aorta.
Circ Cardiovasc Genet. 2016 Feb;9(1):86-94. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.115.001213. Epub 2015 Dec 7.

Rimbert A, Pichelin M, Lecointe S, Marrec M, Le Scouarnec S, Barrak E, Croyal M, Krempf M, Le Marec H, Redon R, Schott JJ, Magré J, Cariou B.
Identification of novel APOB mutations by targeted next-generation sequencing for the molecular diagnosis of familial hypobetalipoproteinemia.
Atherosclerosis, 2016


Daumy X, Amarouch MY, Lindenbaum P, Bonnaud S, Charpentier E, Bianchi B, Nafzger S, Baron E, Fouchard S, Thollet A, Kyndt F, Barc J, Le Scouarnec S, Makita N, Le Marec H, Dina C, Gourraud JB, Probst V, Abriel H, Redon R, Schott JJ
Targeted resequencing identifies TRPM4 as a major gene predisposing to progressive familial heart block type I.
International Journal of Cardiology (2016), doi:10.1016/j.ijcard.2016.01.052


Le Scouarnec S, Karakachoff M, Gourraud JB, Lindenbaum P, Bonnaud S, Portero V, Duboscq-Bidot L, Daumy X, Simonet F, Teusan R, Baron E, Violleau J, Persyn E, Bellanger L, Barc J, Chatel S, Martins R, Mabo P, Sacher F, Haïssaguerre M, Kyndt F, Schmitt S, Bézieau S, Le Marec H, Dina C, Schott JJ, Probst V, Redon R.
Testing the burden of rare variation in arrhythmia-susceptibility genes provides new insights into molecular diagnosis for Brugada syndrome.
Hum Mol Genet. 2015 May 15;24(10):2757-63. doi: 10.1093/hmg/ddv036. Epub 2015 Feb 3.


Karakachoff M, Duforet-Frebourg N, Simonet F, Le Scouarnec S, Pellen N, Lecointe S, Charpentier E, Gros F, Cauchi S, Froguel P, Copin N; D.E.S.I.R. Study Group, Le Tourneau T, Probst V, Le Marec H, Molinaro S, Balkau B, Redon R, Schott JJ, Blum MG, Dina C; D E S I R Study Group.
Fine-scale human genetic structure in Western France.
Eur J Hum Genet. 2015 Jun;23(6):831-6. doi: 10.1038/ejhg.2014.175. Epub 2014 Sep 3.


Béziau DM, Barc J, O'Hara T, Le Gloan L, Amarouch MY, Solnon A, Pavin D, Lecointe S, Bouillet P, Gourraud JB, Guicheney P, Denjoy I, Redon R, Mabo P, le Marec H, Loussouarn G, Kyndt F, Schott JJ, Probst V, Baró I.
Complex Brugada syndrome inheritance in a family harbouring compound SCN5A and CACNA1C mutations.
Basic Res Cardiol. 2014 Nov;109(6):446.


Lindenbaum P. and Redon R.
mod_bio: Apache modules for Next-Generation sequencing data
Bioinformatics. 2014 Sept 4. doi: 10.1093/bioinformatics/btu547

Bezzina CR, Barc J, Mizusawa Y, Remme CA, Gourraud JB, Simonet F, Verkerk AO, Schwartz PJ, Crotti L, Dagradi F, Guicheney P, Fressart V, Leenhardt A, Antzelevitch C, Bartkowiak S, Schulze-Bahr E, Zumhagen S, Behr ER, Bastiaenen R, Tfelt-Hansen J, Olesen MS, Kääb S, Beckmann BM, Weeke P, Watanabe H, Endo N, Minamino T, Horie M, Ohno S, Hasegawa K, Makita N, Nogami A, Shimizu W, Aiba T, Froguel P, Balkau B, Lantieri O, Torchio M, Wiese C, Weber D, Wolswinkel R, Coronel R, Boukens BJ, Bézieau S, Charpentier E, Chatel S, Despres A, Gros F, Kyndt F, Lecointe S, Lindenbaum P, Portero V, Violleau J, Gessler M, Tan HL, Roden DM, Christoffels VM, Le Marec H, Wilde AA, Probst V, Schott JJ, Dina C, Redon R.
Common variants at SCN5A-SCN10A and HEY2 are associated with Brugada syndrome, a rare disease with high risk of sudden cardiac death.
Nat Genet. 2013 Aug 28;45(9):1044-9. doi: 10.1038/ng.2712.
Remerciements

Riou R, Bressollette-Bodin C, Boutoille D, Gagne K, Rodallec A, Lefebvre M, Raffi F, Senitzer D, Imbert-Marcille BM, Retière C
Severe symptomatic primary HCMV infection despite effective innate and adaptive immune responses.
J Virol. 2016 Dec 28. pii: JVI.02245-16. doi: 10.1128/JVI.02245-16.

 

Leroy, T., Roux, C., Villate, L., Bodénès, C., Romiguier, J., Paiva, J. A., Kremer, A. .
Extensive recent secondary contacts between four European white oak species.
New Phytologist (2017).
 
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