GenOuest

Adresse postale
263 avenue du Général Leclerc
Campus de Beaulieu 35000 Rennes
Structure(s) :
INRIA
Unité :
INRIA Rennes Bretagne Atlantique IRISA UMR6074
Pôle regional :
IFB Grand Ouest
Website
GENOUEST
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • CNOC (INRA)
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
1 200.00 To
Ferme de calcul
800 cores
Collection de données
8
Heure de CPU
4 000 000 H / an
Outils bioinformatiques
350
Nombre d'utilisateurs
480
Description des serveurs

Cluster de calcul

Les ressources de calcul sont accessibles de manière anonyme pour certains outils ou bien de manière authentifiée (ligne de commande ou portail Galaxy https://galaxy.genouest.org/).

Le cluster repose sur une quarantaine de serveurs proposant un ensemble de calcul basé sur le gestionnaire de tâche SGE.

L'ensemble de calcul est associé à deux espaces de stockage: un espace à haute performance de 120 To et un espace conventionnel NFS de 1 Po.

 

Cloud

L'infrastructure genocloud, basée sur OpenNebula, est composée de 16 serveurs offrant 400 coeurs. Cet ensemble est associé à 40 To de stockage. Plusieurs images préconfigurées et thématiquement adaptées sont mises à la disposition des utilisateurs.

 

 


Condition d'accès

Ouverture gratuite d'un compte. La demande de compte s'effectue sur https://my.genouest.org

 

 

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Visites annuelles :
Non renseignées
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Citations :
19
Dernière mise à jour :
Non renseignée

Crispi

Description

Base de données de séquences CRISPR. (mise en production en 2009).

Conditions d'accès

Accès libre.

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2 588 an
Visites uniques :
1 930 an
Citations :
5
Dernière mise à jour :
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AnnotQTL

Description

Outil d’annotation fonctionnelle (mise en production en 2011).

Conditions d'accès

Accès libre.

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Visites annuelles :
4 672 an
Visites uniques :
3 484 an
Citations :
2
Dernière mise à jour :
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Cyanolyase

Description

Base de séquences et de motifs des phycobiline lyases (mise en production en 2012-13).

Conditions d'accès

Accès libre.

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Visites annuelles :
1 an
Visites uniques :
141 an
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
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GAG

Description

Genomic Annotation Gathering : base de données de références croisées. (mise en production en 2013).

Conditions d'accès

Accès libre.

Visites annuelles :
6 943 an
Visites uniques :
4 336 an
Citations :
45
Dernière mise à jour :
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Aphidbase

Description

Banque de données génomique de référence pour plusieurs espèces de pucerons (Acyrthosiphon pisum, Myzus persicae)

Conditions d'accès
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1 590 an
Visites uniques :
829 an
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
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LepidoDB

Description

Banque de données génomique de référence pour des lépidoptères ravageurs de cultures (Spodoptera frugiperda notamment).

Conditions d'accès
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Citations :
35
Dernière mise à jour :
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Germonline

Description

The GermOnline 4.0 gateway is a cross-species microarray expression database focusing on germline development, meiosis and gametogenesis as well as the mitotic cell cycle. (created in 2009).

Conditions d'accès

Free access

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Dernière mise à jour :
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Staphylococcal regulatory RNAs

Description

The ‘Staphylococcal Regulatory RNA Database’ compiled all published data in a single interface including genetic locations, sequences and other features. SRD proposes a simplified and unified identifier for Staphylococcal regulatory RNAs (srn) based on the sRNA’s genetic location in S. aureus strain N315 which served as a reference.

 

Launched in 2015.

 

Conditions d'accès

Free access

Available at http://srd.genouest.org/

 

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Citations :
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Dernière mise à jour :
21-01-2016

eDystrophin

Description

eDystrophin is a locus specific database for in-frame mutations and SNPs found in the DMD gene and the associated dystrophin variants

Conditions d'accès

Accès libre

http://edystrophin.genouest.org/

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Dernière mise à jour :
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Dog CNV database

Description

DoG_CNV is the Database of Genomic Copy Number Variants in the canine genome.

Conditions d'accès

Free access

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4
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ReproGenomics Viewer

Description

The ReproGenomics Viewer (RGV) is a cross-species genomic toolbox for the reproductive community. The system is based on the implementation of a JBrowse genome browser and a Galaxy bioinformatics workflow environment.

Mis en place en 2015

Conditions d'accès

Accès libre

http://rgv.genouest.org/

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Logol

Description

Langage pour la recherche de motifs complexes. Interface web évoluée et téléchargement possible. La ressource a été mise en ligne en 2013 pour une première phase d’utilisation interne pour finaliser les développements et aboutir à un système stable.

Conditions d'accès

Utilisation interne.

Accès libre.

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2 833 an
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e-BGO

Description

Portail de collaboration scientifique (mise en production en 2013).

Conditions d'accès

Accès public.

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11
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BioQuali

Description

Plugin de visualisation et d’analyse de réseaux pour Cytoscape (mis en production en 2009).

Conditions d'accès

Accès libre.

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11
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BioMAJ

Description
BioMAJ (BIOlogie Mise A Jour) is a workflow engine dedicated to data synchronization and processing.

The software automates the update cycle and the supervision of the locally mirrored databank repository.

The software is free and released under AGPL v3 based licence.

Conditions d'accès

Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj

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BioMAJ2Galaxy

Description

BioMAJ2Galaxy makes it possible to configure BioMAJ to automatically download some reference data, to then convert them and/or index it in various formats, and then make this data available in a Galaxy server using data libraries or data managers.

Conditions d'accès

Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj2galaxy

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GO-Docker

Description

It is a cluster management tool using Docker as execution/isolation system. The software does not manage however itself the dispatch of the commands on the remote nodes. For this, it integrates with container management tools (Docker Swarm, Apache Mesos, ...)

Conditions d'accès

Téléchargement libre : http://www.genouest.org/godocker/index.html

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BioShaDock

Description

BioShaDock is a bioinformatics-focused Docker registry, which provides a local and fully controlled environment to build and publish bioinformatic software as portable Docker images. It provides a number of improvements over the base Docker registry on authentication and permissions management, that enable its integration in existing bioinformatic infrastructures such as computing platforms. The metadata associated with the registered images are domain-centric, including for instance concepts defined in the EDAM ontology, a shared and structured vocabulary of commonly used terms in bioinformatics. The registry also includes user defined tags to facilitate its discovery, as well as a link to the tool description in the ELIXIR registry if it already exists.

Conditions d'accès

Accès libre sur docker-ui.france-bioinformatique.fr 

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PepPSY

Description

PepPSy has been developed as a user-friendly gene expression-based prioritization system, to help investigators to determine in which human tissues they should look for an unseen protein and curators to quickly look at available transcriptomics/proteomics data for a list of proteins.

Conditions d'accès

Accès libre

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GO2Pub

Description

GO2PUB to automatically enrich PubMed queries with gene names, symbols and synonyms annotated by a GO term of interest or one of its descendants

Conditions d'accès

Accès libre

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Autograph

Description

AutoGRAPH is an integrated web server for multi-species comparative genomic analysis. It is designed for constructing and visualizing synteny maps between two or three species, determination and display of macrosynteny and microsynteny relationships among species, and for highlighting evolutionary breakpoints.
 

Conditions d'accès

Free access.

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Askomics

Description

AskOmics is a visual SPARQL query builder for RDF database.

Conditions d'accès

Free

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Caspo

Description

The caspo pipeline is dedicated to automated reasoning on logical signaling networks

Conditions d'accès

Free

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Cadbiom

Description

CADBIOM is an open source modelling software. Based on Guarded transition semantic, it gives a formal framework to help the modelling of biological systems such as cell signaling network.

Conditions d'accès

Free

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Protomata

Description

Given a sample of (unaligned) sequences belonging to a structural or functional family of proteins, Protomata-Learner infers automata characterizing the family. Automata are graphical models representing a (potentially infinite) set of sequences.

Conditions d'accès

Free

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CesGO

Description

CeSGO offers a complete Virtual Research Environment (VRE) for Life Sciences. This VRE is based on a collaborative environment built on Wordpress and BuddyPress. It associated to the data sharing services of Owncloud and the SEEK platform.

Main site : https://www.cesgo.org/en/

Collaborative platform : https://www.cesgo.org/collaboration

Data management platform : https://data-access.cesgo.org

Scientific data platform : https://seek.cesgo.org/

 

 

Conditions d'accès
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Aureme

Description

The toolbox AuReMe allows for the Automatic Reconstruction of Metabolic networks based on the combination
of multiple heteregeneous data and knowledge sources. Since 2016, the workflow has been made available
as a Docker image to facilitate its distribution among the scientific community

Conditions d'accès

Free

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Minia

Description

Minia is a short-read assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day. The output of Minia is a set of contigs. Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).

Conditions d'accès

Free

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Téléchargements :
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GATB

Description

The Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph (GATB) provides a set of highly efficient algorithms to analyse NGS datasets. These methods enable the analysis of data sets of any size on multi-core desktop computers, including very huge amount of reads data coming from any kind of organisms such as bacteria, plants, animals and even complex samples (e.g. metagenomes).

 

 

Conditions d'accès

Freely available.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biotechnologie
  • Biologie
Description des expertises

La plate-forme GenOuest plusieurs catégories de prestations : 1) une infrastructure bio-informatique : il s’agit de proposer un environnement bio-informatique complet au sein duquel les utilisateurs pourront évoluer en autonomie complète ou bien en recourant au support proposé par les personnels de la plate-forme. 2) le développement d’applications bioinformatiques : pour certains projets le nécessitant, des environnements spécifiques, des interfaces ou des bases de données sont développés
par les ingénieurs de la plate-forme. 3) une expertise et une consultance : pour certains projets les scientifiques font appel à la plate-forme GenOuest pour bénéficier d’une expertise en bio-informatique pour l’analyse de leurs données ou bien pour élaborer des stratégies d’analyse bioinformatiques. 4) Du transfert technologique : du fait de son implantation au sein d’un institut de recherche en informatique et bio-informatique, la plate-forme est en mesure de réaliser un transfert technologique des nouveaux outils directement issus de la recherche. 5) Des formations : un ensemble de formation est proposé par la plate-forme GenOuest 6) De l’hébergement scientifique : en partenariat avec les ingénieurs de la plate-forme les utilisateurs peuvent mettre en place de nouvelles ressources et/ou valoriser leurs travaux scientifiques grâce à la mise en place de sites ou applications web.
D’autre part, GenOuest réalise des recherches et développements autour de plusieurs axes principaux :
Les développements axés principalement sur l’analyse de séquences biologiques (Logol, DrMotifs), l'intégration des données biologiques (BioMAJ, SeqCrawler, Danaïdes), mais aussi sur l'utilisation de méta-données en biologie (EMME).
Les développements technologiques sur des outils ou environnements facilitant l'administration et l'exploitation des applications de bioinformatique (BioMAJ, MobyleNet, Galaxy) ou explorer nouveau paradigme de calcul pour la bioinformatique (genocloud, Grisbi).
Les deux axes précédents sont fédérés dans le projet e-biogenouest qui, centré sur les environnements virtuels de recherche, va exploiter les diverses avancées réalisées précédemment (gestion de données biologiques, portails, etc.)
La plate-forme est en interaction étroite avec les deux équipes de bioinformatique locales, Dyliss et GenScale, qui elles même collaborent et organisent des séminaires communs.
L’équipe Dyliss se spécialise sur l'analyse de séquences et la biologie des systèmes en utilisant des systèmes formels pour caractériser les facteurs génétiques qui contrôlent les réponses phénotypiques en fonction de l’environnement. L’équipe GenScale se concentre sur l'analyse des données génomiques à grande échelle en développant des algorithmes optimisés (CPU et mémoire), et qui peuvent également être exécutés dans des environnements parallèles.
Les domaines d’expertise de ces deux équipes contribuent à renforcer l’expertise de la plate-forme GenOuest et permettent de proposer des outils innovants.
La plate-forme GenOuest est également associée de manière très étroite avec la plate-forme INRA Bipaa qui propose des ressources bioinformatiques pour la génomique et la post-génomique des insectes.
D’un point de vue thématique les outils et méthodes développés au sein de ce groupe d’une cinquantaine de personnes trouvent leur application dans les domaines traditionnels de Biogenouest : Mer, Agronomie, Santé, Environnement.

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Algorithmique des séquences
  • Recherche de motifs
  • Apprentissage automatique
  • Intégration de données hétérogènes
  • Représentation des connaissances
  • Ontologies
  • Web sémantique
  • Biologie des systèmes
  • Modélisation des réseaux métaboliques
  • Modélisation des réseaux de régulation
  • Modélisation des systèmes
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Cloud

Formation professionnelle

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Personnes formées :
45 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Initiation à la plateforme web GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous !

Description

Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par une rapide application sur la manipulation de données de régions génomiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Aucun.

Conditions d'accès

Pas de pré-requis.

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Personnes formées :
13 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Analyse de données RNAseq sous Galaxy

Description

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation est exclusivement orientée pratique! Il s’agir d’utiliser des données de RNAseq fournies par l’UMR 0598 Agrocampus-Ouest / INRA pour utiliser les outils classiques d’analyse de données RNAseq (Tophat, flagstat, Cufflinks, Cuffcompare, Cuffdiff, ou htseq-count, Deseq…)

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’analyse de données RNAseq.

Conditions d'accès

Pas de pré-requis.

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Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données Galaxy

Description

Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Principe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Le programme :
1/ Présentation théorique du fonctionnement global de Stacks. Compter 1h
2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy. 3h
a) cartographie génétique
b) génomique des populations
c) assemblage de données pairées

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.

Conditions d'accès

 

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Personnes formées :
6 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

HUBzero : Plateforme web open-source de collaboration scientifique

Description

Les projets de recherche sont de plus en plus multi-disciplinaires et multi-site. Afin de faciliter la gestion de groupe, la gestion de projet et le partage de ressources, de nombreux outils généraux ou dédiés entreprise existent. HUBzero représente la meilleure solution open-source et dédiée science. Nous proposons de vous présenter son fonctionnement global à travers une démonstration interactive.
Objectifs 

Prise en main de l’environnement HUBzero et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation est exclusivement orientée démonstration!

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’utilisation d’HUBzero pour la gestion de groupes et de projets et le partage de ressources.

Conditions d'accès
Non renseigné
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Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
2 %
Nationaux
15 %
Régionaux
61 %
Locaux
22%
Description de la répartition :

Les chiffres donnés ci-dessus correspondent aux personnes accédant de manière authentifiée à l’environnement offert par la plate-forme. La partie locale correspond, outre les besoins propres des développements de la plate-forme, à deux équipes de recherche en bioinformatique de l’Irisa/Inria qui apportent des contributions régulières d’outils originaux à la plate-forme.

Projets propres de la plateforme

- DrMotifs : mise en place d’un portail de recherche et découverte de motifs (financement IBISA 2010)

- EMME : environnement de gestion des métadonnées expérimentales (financement IBISA 2012)

- e-Biogenouest : mise en place d’un environnement virtuel de recherche (financement Région Bretagne et Région Pays de la Loire 2011-2014)

- Genocloud : mise en place d’un environnement cloud expérimental pour la bioinformatique (auto-financement et financement Région Bretagne 2014)

- Hadoopizer : développement d’un framework pour l’utilisation du map-reduce en bioinformatique (financement Région Bretagne 2013)

- BioMAJ : outil de gestion des banques de données biologiques (financement INRIA 2009)

- CPER CeSGO : développement d'une plate-forme e-Science centrée sur les Sciences de la Vie (2015-2018)

- GO-Docker : gestionnaire de tâches sous Docker (auto-financement 2015)

 

Collaborations
Projets d'ANR

- PELICAN : ANR 2012

- ECS : ANR 2012

- Rapsodyn : PIA : Optimisation de la teneur et du rendement en huile chez le colza cultivé sous contrainte azotée.

- France Génomique : PIA :

- BioDataCloud : PIA : Developpement de l'Economie Numerique «Cloud computing» Call, n.3 - Big data

- Projet INCa : «Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie»

 

A ces projets viennent s’ajouter les projets dans lesquels est impliquée Bipaa : -LepidOLF (ANR) - mirnADAPT (ANR) - Spéciaphid (ANR) - ADA-Spodo (ANR)

Projets européens et internationaux

- Projet Excelerate

Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Groupe de travail Galaxy Grand Ouest : la plate-forme GenOuest est à l’origine des activités de ce groupe de travail qui va tout naturellement interagir avec le groupe de travail Galaxy de l’IFB.

Journée d’animation de l’axe bioinformatique de Biogenouest : Depuis 10 ans la plate-forme organise annuellement, en octobre-novembre, des rencontres à Rennes. Ces rencontres, ciblées sur un thème d’actualité, rassemblent de 80 à 100 personnes en moyenne.

Journée d’animation du projet fédérateur e-Biogenouest : Dans le cadre du projet E-science, une journée d’animation a été proposée en juin 2013. Cette journée a rassemblé plus de 80 personnes.

Participation au groupe de travail GRISBI : Depuis le projet GRISBI , la plate-forme GenOuest participe aux diverses réunions du groupe de travail.

La plate-forme GenOuest participe régulièrement au congrès Gen2Bio que ce soit pour des ateliers ou des conférences .
 

Publications internes
Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform. Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Aurelien Roult - BMC Bioinformatics (2012) vol. 13 (1) pp. 175-175

Obadia, T., Sallou, O., Ouedraogo, M., Guernec, G. & Lecerf, F. The GAG database: A new resource to gather genomic annotation cross-references. Gene, (2013).

CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions. A Bretaudeau, F Coste, F Humily, L Garczarek, G Le Corguille, C Six, M Ratin, O Collin, W. M Schluchter, F Partensky. Nucleic Acids Research (2013) vol. 41 (D1) pp. D396-D401

Bretaudeau, A., et al. (2015). "BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ." Gigascience 4: 22. 


Sallou, O., & Monjeaud, C. (2015, September). GO-Docker: Batch scheduling with containers. In IEEE Cluster 2015.

Moreews, F., Sallou, O., Ménager, H., Monjeaud, C., Blanchet, C., & Collin, O. (2015). BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry. F1000Research, 4.
Publications externes

The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community. Darde T., Sallou, O., Becker, E., Evrard, B., Monjeaud, C., Le Bras, Y., Jegou, B., Collin, O., Rolland, A. D., Chalmel, F., Nucleic Acids Res.2015 Apr 16. pii: gkv345.


The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories. Smedley, D., et al. (2015) - Nucleic Acids Res.


Boyer, F., Mercier, C., Bonin, A., Le Bras, Y., Taberlet, P., & Coissac, E. (2015). obitools: a unix‐inspired software package for DNA metabarcoding. Molecular ecology resources.

SRD: a Staphylococcus regulatory RNA database. Sassi M., Augagneur Y., Mauro T., Ivain L., Chabelskaya S., Hallier M., Sallou O., Felden B. RNA. 2015 Mar 24.

The first complete chloroplast genome of the Genistoid legume Lupinus luteus: evidence for a novel major lineage-specific rearrangement and new insights regarding plastome evolution in the legume family. G. E. Martin, M. Rousseau-Gueutin, S. Cordonnier, O. Lima, S. Michon-Coudouel, D. Naquin, J. Ferreira De Carvalho, M. L. Anouche, A. Salmon, A. Anouche. Ann Bot 113(7): 1197-1210.


High-Resolution Profiling of Novel Transcribed Regions During Rat Spermatogenesis. Chalmel F, Lardenois A, Evrard B, Rolland AD, Sallou O, Dumargne MC, Coiffec I, Collin O, Primig M, Jégou B. Biol. Reprod. biolreprod.114.118166– (2014).

Masculinization of the x chromosome in the pea aphid. J. Jaquiéry, C. Rispe, D. Roze, F. Legeai, G. Le Trionnaire, S. Stoeckel, L. Mieuzet, C. Da Silva, J. Poulain, N. Prunier-Leterme, B. Ségurens, D. Tagu, J.-C. Simon, PLoS Genet. 9, e1003690 (2013).

LIMLE, a New Molecule Over-Expressed following Activation, Is Involved in the Stimulatory Properties of Dendritic Cells. L. Le Texier, J. Durand, A. Lavault, P. Hulin, O. Collin, Y. Le Bras, M.-C. Cuturi, E. Chiffoleau, PLoS One 9, e93894 (2014).

Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms

The duplicated genes database: identification and functional annotation of co-localised duplicated genes across genomes. Marion Ouedraogo, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Christian Diot, Olivier Demeure, Frédéric Lecerf - PLoS One (2012) vol. 7 (11) pp. e50653

GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development. Ramona Britto, Olivier Sallou, Olivier Collin, Grégoire Michaux, Michael Primig, Frédéric Chalmel - Nucleic Acids Research (2012) vol. 40 (Web Server issue) pp. W458-65

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Publications avec le laboratoire d'hébergement
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Développement
GenOuest porte divers développements centrés sur la gestion des ressources (BioMAJ, BioMAJ2Galaxy, SeqCrawler, etc.), sur le calcul (GO-Docker, BioShaDock) et sur la collaborarion (utilisation de HubZero, ISAtools, Galaxy).
 
La plupart des logiciels développés au sein de la plate-forme et du laboratoire d’accueil font l’objet de dépôts APP.
- GenOuest : 4 (BioMAJ, ManBand, SeqCrawler, Cassiopee)
- Dyliss/GenOuest : 1 (Logol)
- GenScale : 9 (PLAST, MapSembler, GASSST, Minia, DSK, GATB CORE, Minia-GATB, TakeABreak, Bloocoo)
 
D’autre part, l’outil BioMAJ a été packagé pour des distributions Debian et est disponible au sein des distributions Debian-med et Ubuntu.
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