URGI

Adresse postale
INRA Versailles
RD10 Route de Saint-Cyr 78000 Versailles
Structure(s) :
INRA
Unité :
URGI - UR1164
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • CATI / CTAI
  • CNOC (INRA)
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
  • PF stratégique nationale INRA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
358.00 To
Ferme de calcul
1 206 cores
Heure de CPU
1 334 776 H / an
Outils bioinformatiques
157
Nombre d'utilisateurs
103
Description des serveurs
Infrastructure hébergée au Data center INRA Ile-De-France (Bruyère-Le-Chatel)

1 cluster de calcul (HPC)

1 serveur NFS pour la gestion des disques

1 serveur dédié au site Web

1 serveur dédié à la gestion des sauvegardes

3 serveurs dédiés aux machines virtuelles (SGBD, Système d'information, application Web)

1 Cloud

 

Condition d'accès

Accès public (Web) et authentifié (Cluster de calcul).
Accès aux ressources soit  en mode collaboration dans le cadre des projets de la plateforme (ou son unité) soit via une offre de service (https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/Service-offering).

Visites annuelles :
138 180 an
Visites uniques :
31 510 an
Citations :
11
Dernière mise à jour :
12-03-2018

GnplS

Description

GnpIS est un système  d’information  modulaire  interopérable, multi-espèces  (plantes  et  champignons), permettant le stockage et la mise à disposition de données de génomique et de génétique : annotations de génome, cartographie physiques et génétiques (marqueurs, QTL), polymorphismes de séquence issues de reséquençage et de génotypage, génétique  d’association  entre  marqueurs  et  caractères  phénotypiques  (GWAS), phénotypage  lié  à  l’environnement  (GxE), ressources  génétiques (données patrimoniales  INRA venant pour certaines d’entre elles des  centres  de  ressources biologiques).

 

Steinbach D, Alaux M, Amselem J, Choisne N, Durand S, Flores R, Keliet AO, Kimmel E, Lapalu N, Luyten I et al: GnpIS: an information system to integrate genetic and genomic data from plants and fungi. Database : the journal of biological databases and curation 2013, DOI: 10.1093/database/bat058

Conditions d'accès

Accès aux données

- via le portail : https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis

- par catégorie https://urgi.versailles.inra.fr/Data

 

Données en accès authentifié dans  le  cadre  de  projets  en  collaboration  avec  la  plateforme avant publication.

Visites annuelles :
20 498 an
Visites uniques :
3 122 an
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
12-03-2018

Wheat@URGI

Description

Portail d’accès sur les ressources blé disponibles à l’URGI avec un point d’accès aux données blé du système d’information GnpIS, ainsi que les données de séquences du consortium international IWGSC (International Wheat Genome Sequencing Consortium).

Le portail est également un point d’accès à des outils d’analyse dédiés à la communauté blé ainsi que les banques de données associées.

Conditions d'accès

https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/

Visites annuelles :
195 an
Visites uniques :
157 an
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
12-03-2018

Plant data discovery portal

Description
Le Plant Data Discovery Portal permet d’effectuer des recherches dans des systèmes d’information maintenus par un réseau international de plateformes hébergeant des données sur les plantes.
Conditions d'accès

Accès aux données via le portail : https://urgi.versailles.inra.fr/ifb/

Le portail donne accès à des données publiques en se basant sur un moteur d’indexation simple à mettre en place (https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/Projects/Wheat-Information-System/SolR-tool-package ). Toute plateforme voulant donner accès à ses données via le Plant Data Discovery Portal est encouragée à nous contacter.

Visites annuelles :
1 491 an
Visites uniques :
600 an
Citations :
276
Téléchargements :
995

REPET

Description

Le package REPET est composé de plusieurs pipelines dont les 2 principaux TEdenovo et TEannot permettent de détecter de novo [1], classifier [2] et annoter [3] les éléments transposables dans un génome. 

PastecClassifier, pipeline (inclus dans le TEdenovo) permet de classifier une banque de Séquences d'ET (consensus ou pas) [2]

 

1. Flutre T, Duprat E, Feuillet C, Quesneville H: Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches. PloS one 2011, 6(1):e16526.
2. Hoede C, Arnoux S, Moisset M, Chaumier T, Inizan O, Jamilloux V, Quesneville H: PASTEC: An Automatic Transposable Element Classification Tool. PloS one 2014, 9(5):e91929.
3. Quesneville H, Bergman CM, Andrieu O, Autard D, Nouaud D, Ashburner M, Anxolabehere D: Combined evidence annotation of transposable elements in genome sequences. PLoS computational biology 2005, 1(2):166-175.

Conditions d'accès

Disponible en téléchargement : https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET

Visites annuelles :
474 an
Visites uniques :
267 an
Citations :
18
Téléchargements :
152

S-MART

Description

Boite à outils pour manipuler des données NGS : en particulier de type RNA-Seq, ChiP-Seq. Plus généralement il permet de comparer des annotations sur la base de leur localisation. S-MART fournit également de nombreuses façons de visualiser vos données: taille des reads, de la densité sur le génome, la distance par rapport à un ensemble de référence, et la corrélation des deux ensembles de données (avec des nuages de points).

Zytnicki M, Quesneville H (2011) S-MART, A Software Toolbox to Aid RNA-seq Data Analysis. PLoS ONE 6(10): e25988. doi:10.1371/journal.pone.0025988

Conditions d'accès

Disponible en téléchargement : https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart

Visites annuelles :
1 872 an
Visites uniques :
557 an
Citations :
11
Téléchargements :
148

Tedna

Description

Tedna est un assembler d'éléments transposable de novo. Il permet l'assemblage des éléments transposabkles directement à partir des reads brutes.

 Zytnicki M, Akhunov E, Quesneville H: Tedna: a transposable element de novo assemblerBioinformatics 0, 30:2656–8.

Conditions d'accès

Disponible en téléchargement

 

Domaines d'activité
  • Environnement
  • Biologie
  • Agro-alimentaire
  • Informatique
Description des expertises

L’activité de recherche de l’URGI (intégration de données, annotation des répétitions, structure et dynamique des génomes) est étroitement liée aux 2 composantes de la plateforme (Système d’Information et analyse des génomes). D’une part, la plateforme bénéficie de l’expertise acquise coté recherche (analyse et développement d’outils), d’autre part elle offre un support solide à notre activité de recherche grâce aux ressources et aux compétences de son personnel (principalement des Ingénieurs).

 

Les domaines de compétence et d’expertise des agents de la plateforme sont axé principalement sur :

  • Le développement d’interface (Java J2EE)
  • Le développement de pipelines d’analyses (Python)
  • Les bases de données (PostgreSQL, MySQL)
  • Les technologies NoSQL (ElasticSearch, SolR)
  • L'intégration de données (ETL Talend) dans des domaines aussi variés que la génomique et la génétique (génome annotation, RNA-Seq, polymorphisme, génétique d’association, phénotype, ressources génétiques)
  • L'analyse des génomes (structure et dynamique)
    •     Analyse du polymorphisme (SNP, variants structuraux)
    •     RNA-Seq
    •     Annotation de gènes (structurale et fonctionnelle)
    •     Annotation des répétitions (spécifiquement les éléments transposables)
Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Cartographie
  • Evolution et phylogénie
  • Génomique comparative
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Prochaine session :
04-02-2019

Manual curation of Transposable element annotation

Description

URGI organizes a BYOD-­style (Bring Your Own Data) training course on manual curation of transposable elements reference sequences obtained with REPET pipelines.

Conditions d'accès
Non renseigné

Formation professionnelle

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Prochaine session :
11-06-2018

Training on annotation of transposable elements

Description

The objectives of this training are: 

  • To acquire knowledge on transposable elements
  • To achieve annotation of transposable elements in the genome using REPET pipelines
  • To be autonomous on your own data.

Program

  • Opening presentations on transposable elements and their annotation
  • Strategies of repeat annotation
  • REPET pipelines overview and practices 
  • Post-analyze tools overview and practices

 

Conditions d'accès

This training is dedicated to biologists and/or bioinformaticians (10 pers. max)

Cost : 150€

Registration and information by mail to: urgi-contact@inra.fr

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Training to the GnpIS information system

Description

Présentation détaillée de son Système d’informations GnpIS:
Utilisation des différents formulaires de requêtes (recherche globale ou spécifique de chaque module) Navigation dans le système au travers de cas d’utilisation mettant en évidence l’interopérabilité entre les différents modules.

Conditions d'accès

Inscriptions  et renseignements : urgi-­contact@versailles.inra.fr

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
6 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Cluster job submission training

Description

Formation sur site à l'URGI sur jeu de données réelles de la personne formée
Utilisation des 2 pipelines principaux (TEdenovo et TEannot) + post analyse des résultats  sous forme de tutorat individualisé.

Conditions d'accès

Inscriptions  et renseignements : urgi-­contact@versailles.inra.fr

Répartition des utilisateurs
Internationaux
85 %
Nationaux
15 %
Régionaux
0 %
Locaux
0%
Description de la répartition :
Les pourcentages indiqués reflètent les pourcentages de visiteurs différents français et internationaux qui accèdent à nos données publiques (GnpIS) et outils.

 

Les données accessibles depuis le système d’information GnpIS ainsi que les outils développés tels que REPET, S-MART... sont à destination de la communauté internationale.
Les données privées accessibles via GnpIS ne sont pas comptabilisées dans les pourcentages donnés.

Projets propres de la plateforme
Projets contribuant au développement d’un système d’information pour les plantes et champignons
GnpIS ”Development of the URGI genetic and genomic information system. It includes all Gnp* components, datamarts, Gbrowse, and GRS “; URGI project manager: D. Steinbach
GnpSNP “Development of a sequence variations information system managing SNP, Indel, PAV, CNV, transposable element insertions. “; URGI project manager: N. Mohellibi
Ephesis “Development of a phenotypic information system managing GxE experiments “; URGI project manager: C. Pommier
Siregal “Development of a genetic resources information system managing stocks, passport data, orders, primary phenotypic descriptions. “; URGI project manager: S. Durand

 

Projets contribuant au développement d’outils, pipelines d’analyse sur la structure et la dynamique des génomes

Pipeline-common “Development of a toolbox for developing pipelines “; URGI project manager: O. Inizan
REPET “Development of a toolbox for detection, annotation and analysis of repeats in a genome. “; URGI project manager: V. Jamilloux
RNAseq “RNAseq tools developments “: URGI project manager: J. Amselem

Collaborations
Projets d'ANR
  • France Genomique “French Bioinformatics infrastructure for NGS” 2012-2021; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: J. Amselem; Project coord.: J. Weissenbach, CEA, Evry
  • AKER “French Research Initiative for a Sustainable Beet Improvement: Innovative breeding strategies based on allelic variation mining and novel -omic tools” 2012-2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: C. Huyghe, INRA, DG, Lusignan; CDD: 12 months
  • BFF “Biomass For the Future". Development of local miscanthus and sorghum biomass production and valorization chains focused on heat-generation, anaerobic digestion and bio-based construction materials and plastics.” 2012- 2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: H. Hofte, INRA, IJPB, Versailles
  • PEAMUST “Pea MUlti-STress adaptation and biological regulations for yield improvement and stability” 2012-2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: J. Burstin, INRA, Agroécologie, Dijon
  • Phenome “French Plant Phenomic Centre; 2012-2020; Funding: Investissement d'avenir” URGI coord.: C. Pommier; Project coord.: F. Tardieu, INRA-LEPSE, Montpellier
  • Rapsodyn “Optimisation of the RAPeSeed Oil content and Yield under low Nitrogen input: improving breedin” 2012- 2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: N. Nési, INRA-EGPP, Rennes
  • Gandalf “Genomic AND Adaptation for fungal LiFe history traits involved in host plant interactions” 2012-2015; Funding: ANR Bioadapt; URGI coord.: J. Amselem; Project coord.: F. Delmotte, INRA, SAV, Bordeaux
  • Breedwheat “Breeding for economically and environmentally sustainable wheat varieties: an integrated approach from genomics to selection” 2011-2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: M. Alaux / H. Quesneville; Project coord.: J. Le Gouis, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
  • Amaizing “ Improving the efficiency of maize breeding programs in France, and to further characterize the varieties by implementing biotechnology advances and developing tools, biological knowledge, reference data and strategic know-how” 2011-2019; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: A. Charcosset, Génétique Végétale, Gif-sur-Yvette
  • IFBPlant "The IFB plant node" 2014-2017; Funding IFB Tech; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: H. Quesneville
  • PAGE “The PAGE program will develop resources and approaches in comparative genomics and deliver publicly applicable tools for the scientific community” 2011-2015; Funding: ANR Blanc; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: J. Salse, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
  • Renabi-IFB “French Bioinformatics infrastructure” 2011-2015; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: J-F. Gibrat, INRA, UR MIG, Jouy-En-Josas
  • GenOak “Sequencing of the oak genome and identification of genes that matter for forest tree adaptation” 2011- 2015; Funding: ANR Blanc; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: C. Plomion, INRA, BIOGECO, Bordeaux
  • GnpAsso “Developing new bioinformatics resources to deal with large scale genome-wide association studies data” 2011-2015; Funding: ANR Génomique; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: D. Steinbach, INRA, URGI, Versailles
  • ADA-SPODO “Molecular determinism of ecological adaptation and speciation in two strains of the Lepidoptera Spodoptera frugiperda” 2011-2015; Funding: ANR Blanc; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: E. D'Alençon, INRA, UMR DGIMI, Montpellier
  • IBISA-Aplibio “The RENABI Ile de France platform“ 2010-2014; Funding: IBISA; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: Y. Moszer, Institut Pasteur, Paris
  • Triannot-lifegrid “Annotation structurale et fonctionnelle automatique des génomes de plantes couplé à un Système d'Information” 2013-2014; Funding: Lifegrid; URGI coord.: M. Alaux; Project coord.: P. Leroy, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
Projets européens et internationaux
  • Excelerate “ELIXIR-EXCELERATE: fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life sciences » 2015-2018; Funding EU-H2020 ; A-F Adam-Blondon; Project coord.: N. Blomberg
  • Whealbi “Wheat and barley Legacy for Breeding Improvement” 2013-2017; Funding: EU-FP7; URGI coord.: M. Alaux; Project coord.: G. Charmet, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
  • InnoVine “Combining innovation in vineyard management and genetic diversity for a sustainable European viticulture” 2013-2016; Funding: FP7; URGI coord.: A-F Adam-Blondon; Project coord.: A-F Adam-Blondon, INRA, Versailles.
  • TransPLANT “Trans-national Infrastructure for Plant Genomic Science” 2011-2015; Funding: EU-FP7; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: P. Kersey, EBI, Cambridge, UK
Projets avec des industriels
Projets nationaux : AKER, Amaizing, BFF, Breadwheat

Projets internationaux : TransPLANT, Whealbi

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

La   plateforme   est   représentée   dans   des   groupes   de   travail   à différents niveaux: 

 

Réseau International

- Wheat Initiative (Coord. H. Quesneville)

 

Réseaux nationaux

- Co-­coordination avec   la   plateforme Southgreen  de  Montpellier du  pôle IFB-Plantes   avec  

- Membre du groupe  de  travail  IFB­‐Galaxy

 

Réseaux et groupes de travail INRA 

Co-animation (membre du bureau) des réseaux INRA PEPI (Partage d'Expérience et de Pratique en Informatique)

- PEPI GD : gestion de données
- PEPI IDL : développement logiciel
- PEPI GPI : gestion de projets en informatique

 

Participation au groupe de travail OpenData (animé par le CDSI (Comité Directeur des Systèmes d'Information)

 

Groupes de travail  du département INRA-BAP (Biologie et Amélioration des Plantes)

- Animation de la bioinformatique dans le département.
- Animation du CATI CGI (CATI en génomique Info)

- Phénotypage (en particulier sur les aspects Système d'information).

 

Publications internes

Adam Blondon, A.-F., Alaux, M., Durand, S., Letellier, T., Merceron, G., Mohellibi, N., Pommier, C., Steinbach, D., Alfama, F., Amselem, J., Charruaud, D., Choisne, N., Flores, R.-G., Guerche, C., Jamilloux, V., Kimmel, E., Lapalu, N., Loaec, M., Michotey, C., Quesneville, H. (2017). Mining plant genomic and genetic data using the GnpIS information system. In: Aalt D.J van Dijk, Plant genomics databases. Methods and protocols (p. 103-117). Methods in Molecular Biology, 1533. USA: Springer Science + Business Media B.V. 336 p., DOI: 10.1007/978-1-4939-6658-5_5


Dzale Yeumo, W. E., Alaux, M., Arnaud, E., Aubin, S., Baumann, U., Buche, P., Cooper, L., Ćwiek-Kupczyńska, H., Davey, R. P., Fulss, R. A., Jonquet, C., Laporte, Larmande, P., Pommier, C., Protonotarios, V., Reverte, C., Shrestha, Subirats, I., Venkatesan, A., Whan, A., Quesneville, H. (2017). Developing data interoperability using standards: a wheat community use case. F1000Research, 6, 1843. DOI: 10.12688/f1000research.12234.1


Hoede, C., Arnoux, S., Moissette, M., Chaumier, T., Inizan, O., Jamilloux, V., Quesneville, H. (2014). PASTEC: an automatic transposable element classification tool. Plos One, 9 (5), e91929. DOI: 10.1371/journal.pone.0091929

Publications externes

Darracq, A., Vitte, C., Nicolas, S., Duarte, J., Pichon, J.-P., Mary, T., Chevalier, C., Berard, A., Le Paslier, M.-C., Rogowsky, P., Charcosset, A., Joets, J. (2018). Sequence analysis of European maize inbred line F2 provides new insights into molecular and chromosomal characteristics of presence/absence variants. BMC Genomics, 19 (1), DOI: 10.1186/s12864-018-4490-7


Basu, S., Patil, S., Mapleson, D., Russo, MT., Vitale, L., Fevola, C., Maumus, F., Casotti, R., Mock, T., Caccamo, M., Montresor, M., Sanges, R., Ferrante, MI (2017). Finding a partner in the ocean: molecular and evolutionary bases of the response to sexual cues in a planktonic diatom. New Phytologist, 215 (1), 140-156. DOI: 10.1111/nph.14557


Mathers, T. C., Chen, Y., Kaithakottil, G., Legeai, F., Mugford, Baa-Puyoulet, P., Bretaudeau, A., Clavijo, B., Colella, S., Collin, O., Dalmay, T., Derrien, T., Feng, H., Gabaldón, T., Jordan, A., Julca, I., Kettles, G. J., Kowitwanich, K., Lavenier, Lenzi, P., Lopez-Gomollon, S., Loska, D., Mapleson, Maumus, F., Moxon, Price, D. R. G., Sugio, A., Van Munster, M., Uzest, M., Waite, Jander, G., Tagu, D., Wilson, van Oosterhout, C., Swarbreck, D., Hogenhout, S. A. (2017). Erratum to Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species. Genome Biology, 18 (63). DOI: 10.1186/s13059-017-1202-6


Schmidt, M. H.-W., Vogel, A., Denton, A. K., Istace, B., Wormit, van de Geest, H., Bolger, M. E., Alseekh, S., Maß, Pfaff, Schurr, Chetelat, R., Maumus, F., Aury, Koren, S., Fernie, A. R., Zamir, D., Bolger, A. M., Usadel, B. (2017). De novo assembly of a new Solanum pennellii accession using nanopore sequencing. Plant Cell, 29, 2336–2348. DOI: 10.1105/tpc.17.00521


Guizard, S., Piégu, B., Arensburger, P., Guillou, F., Bigot, Y. (2016). Deep landscape update of dispersed and tandem repeats in the genome model of the red jungle fowl, Gallus gallus, using a series of de novo investigating tools. BMC Genomics, 17 (1), 1-23. DOI: 10.1186/s12864-016-3015-5


Mader, M., Le Paslier, M.-C., Bounon, R., Berard, A., Faivre-Rampant, P., Fladung, Leplé, J.-C., Kersten (2016). Whole-genome draft assembly of Populus tremula x P. alba clone INRA 717-1B4. Silvae Genetica, 65 (2), 74-79. DOI: 10.1515/sg-2016-0019


Maumus, F., Blanc, G. (2016). Study of gene trafficking between Acanthamoeba and giant viruses suggests an undiscovered family of Amoeba-infecting viruses. Genome Biology and Evolution, 8 (11), 3351-3363. DOI: 10.1093/gbe/evw260


Nicolas, S., Peros, J.-P., Lacombe, T., Launay, A., Le Paslier, M.-C., Berard, A., Mangin, B., Valiere, S., MARTINS, F., Le Cunff, L., Laucou, V., Bacilieri, R., Dereeper, A., Chatelet, P., This, D., Doligez, A. (2016). Genetic diversity, linkage disequilibrium and power of a large grapevine (Vitis vinifera L) diversity panel newly designed for association studies. BMC Plant Biology, 16 (1). DOI: 10.1186/s12870-016-0754-z


Olsen, J. L.Rouzé, P., Verhelst, B., Lin, Y.-C., Bayer, T., Collen, J., Dattolo, E., De Paoli, E., Dittami, S., Maumus, F., Michel, G., Kersting, A., Lauritano, C., Lohaus, R., Töpel, M., Tonon, T., Vanneste, K., Amirebrahimi, M., Brakel, J., Boström, C., Chovatia, M., Grimwood, J., Jenkins, J. W., Jueterbock, A., Mraz, A., Stam, W. T., Tice, H., Bornberg-Bauer, E., Green, P. J., Pearson, G. A., Procaccini, G., Duarte, C. M., Schmutz, J., Reusch, T. B. H., Van de Peer, Y. (2016). The genome of the seagrass Zostera marina reveals angiosperm adaptation to the sea. Nature, 331 (5), 1-17. DOI: 10.1038/nature16548

Tounsi, S., Ben Amar, S., Masmoudi, K., Sentenac, H., Brini, F., Véry, A.-A. (2016). Characterisation of two HKT1;4 Transporters from Triticum monococcum to elucidate the Determinants of the Wheat Salt Tolerance Nax1 QTL. Plant and Cell Physiology. DOI: 10.1093/pcp/pcw123


Blanc, G.Gallot-Lavallee, L., Maumus, F. (2015). Provirophages in the Bigelowiella genome bear testimony to past encounters with giant viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112 (38), E5318-E5326. DOI: 10.1073/pnas.1506469112


Daron J, Glover N, Pingault L, Theil S, Jamilloux V, Paux E, Barbe V, Mangenot S, Alberti A, Wincker P et al: Organization and evolution of transposable elements along the bread wheat chromosome 3B. Genome biology 2014, 15(12).

Burstin, J., Salloignon, P., Chabert Martinello, M., Magnin Robert, J.-B., Siol, M., Jacquin, F., Chauveau, A., Pont, C., Aubert, G., Delaitre, C., Truntzer, C., Duc, G. (2015). Genetic diversity and trait genomic prediction in a pea diversity panel. BMC Genomics, 16. DOI: 10.1186/s12864-015-1266-1


El Baidouri, M., Kim, K. D., Abernathy, B., Arikit, S., Maumus, F., Panaud, O., Meyers, B. C., Jackson, S. A. (2015). A new approach for annotation of transposable elements using small RNA mapping. Nucleic Acids Research, 43 (13). DOI: 10.1093/nar/gkv257


Grandaubert J, Lowe RGT, Soyer JL, Schoch CL, Van de Wouw AP, Fudal I, Robbertse B, Lapalu N, Links MG, Ollivier B et al: Transposable element-assisted evolution and adaptation to host plant within the Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa species complex of fungal pathogens. BMC genomics 2014, 15:891.

Schumacher, J., Simon, A., Cohrs, K. C., Traeger, S., PORQUIER, A., Dalmais, B., Viaud, M., Tudzynski, B. (2015). The VELVET Complex in the Gray Mold Fungus Botrytis cinerea: Impact of BcLAE1 on Differentiation, Secondary Metabolism, and Virulence. Molecular Plant-Microbe Interactions, 28 (6), 659-674. DOI: 10.1094/mpmi-12-14-0411-r


Shamandi, N., Zytnicki, M., Charbonnel, C., Elvira-Matelot, E., Bochnakian, A., Comella, P., Mallory, A., Lepere, G., Saez-Vasquez, J., Vaucheret, H. (2015). Plants Encode a General siRNA Suppressor That Is Induced and Suppressed by Viruses. Plos Biology, 13 (12), e1002326. DOI: 10.1371/journal.pbio.1002326


Willing, E.-M., Rawat, V., Mandáková, T., Maumus, F., James, G. V., Nordström, K. J., Becker, C., Warthmann, N., Chica, C., Szarzynska, B., Zytnicki, M., Albani, M. C., Kiefer, C., Bergonzi, S., Castaings, L., Mateos, J. L., Berns, M. C., Bujdoso, N., Piofczyk, T., de Lorenzo, L., Barrero-Sicilia, C., Mateos, I., Piednoël, M., Hagmann, J., Chen-Min-Tao, R., Iglesias-Fernández, R., Schuster, S. C., Alonso-Blanco, C., François, R., Carbonero, P., Paz-Ares, J., Davis, S. J., Pecinka, A., Quesneville, H., Colot, V., Lysak, M. A., Weigel, D., Coupland, G.Schneeberger, K. (2015). Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation. Nature Plants, 1 (2), 14023-14028. DOI: 10.1038/nplants.2014.23


Gastineau, R., Davidovich, N., Hansen, G., Rines, J., Wulff, A., Kaczmarska, I., Ehrman, J., Hermann, D., Maumus, F., Hardivillier, Y., Leignel, V., Jacquette, B., Meleder, V., Hallegraeff, G., Yallop, M., Perkins, R., Cadoret, J.-P., Saint-Jean, B., Carrier, G., Mouget, J.-L. (2014). Haslea ostrearia-like Diatoms: Biodiversity out of the Blue. In: Nathalie Bourgougnon, dir., Sea Plants (p. 441-465). Advances in Botanical Research, 71. GBR : Elsevier Ltd. 25DOI: 10.1016/B978-0-12-408062-1.00015-9


Geering, A. D. W., Maumus, F., Copetti, D., Choisne, N., Zwickl, D. J., Zytnicki, M., McTaggart, A. R., Scalabrin, S., Vezzulli, S., Wing, R. A., Quesneville, H., Teycheney, P.-Y. (2014). Endogenous florendoviruses are major components of plant genomes and hallmarks of virus evolution. Nature Communications, 5. DOI: 10.1038/ncomms6269


Maumus, F., Epert, A., Nogué, F., Blanc, G. (2014). Plant genomes enclose footprints of past infections by giant virus relatives. Nature Communications, 5. DOI: 10.1038/ncomms5268


Lopez-Gomollon, S., Beckers, M., Rathjen, T., Moxon, S., Maumus, F., Mohorianu, I., Moulton, V., Dalmay, T., Mock, T. (2014). Global discovery and characterization of small non-coding RNAs in marine microalgae. BMC Genomics, 15. DOI: 10.1186/1471-2164-15-697


Ma, J., Stiller, J., Zhao, Q., Feng, Q., Cavanagh, C., Wang, P., Gardiner, D., Choulet, F., Feuillet, C., Zheng, Y.-L., Wei, Y., Yan, G., Han, B., Manners, J. M., Liu, C. (2014). Transcriptome and Allele Specificity Associated with a 3BL Locus for Fusarium Crown Rot Resistance in Bread Wheat. Plos One, 9 (11). DOI: 10.1371/journal.pone.0113309


Schumacher, J., Simon, A., Cohrs, K. C., Viaud, M., Tudzynski, P. (2014). The Transcription Factor BcLTF1 Regulates Virulence and Light Responses in the Necrotrophic Plant Pathogen Botrytis cinerea. Plos Genetics, 10 (1), e1004040. DOI: 10.1371/journal.pgen.1004040


Thomas, M., Pingault, L., Poulet, A., Duarte, J., Throude, M., Faure, S., Pichon, J.-P., Paux, E., Probst, A. V., Tatout, C. (2014). Evolutionary history of Methyltransferase 1 genes in hexaploid wheat. BMC Genomics, 15. DOI: 10.1186/1471-2164-15-922
Publications avec le laboratoire d'hébergement

Dominguez Del Angel, V., Hjerde, E., Sterck, L., Capella-Gutierrez, S., Notredame, C., Vinnere Pettersson, O., Amselem, J., Bouri, L., Bocs, S., Klopp, C., Gibrat, J.-F., Vlasova, A., Leskosek, B. L., Soler, L., Binzer-Panchal, M., Lantz, H. (2018). Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation. F1000Research, 7, 19 p. DOI: 10.12688/f1000research.13598.1


Laucou V, Launay A,  Bacilieri R,  Lacombe T,  Adam-Blondon AF, Berard A,  Chauveau A, de Andres, MT,  Hausmann L, Ibanez J, Le Paslier MC,  Maghradze D, Martinez-Zapater JM, Maul E, Ponnaiah M ; Topfer R, Péros JP, Boursiquot JM (2018) Extended diversity analysis of cultivated grapevine Vitis vinifera with 10K genome-wide SNPs. PLOS ONE, 13, 2: e0192540 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0192540

Castanera, R., Pérez, G., López-Varas, L., Amselem, J., LaButti, K., Singan, V., Lipzen, A., Haridas, S., Barry, K., Grigoriev, I. V., Pisabarro, A. G., Ramírez, L. (2017). Comparative genomics of Coniophora olivacea reveals different patterns of genome expansion in Boletales. BMC Genomics, 18 (1), 1-14. DOI: 10.1186/s12864-017-4243-z


Daccord, N., Celton, J.-M., Linsmith, G., Becker, C., Choisne, N., Schijlen, E., van de Geest, H., Bianco, L., Micheletti, D., Velasco, R., Di Pierro, E. A., Gouzy, J., Rees, D. J. G., Guérif, P., Muranty, H., Durel, C. E., Laurens, F., Lespinasse, Y., Gaillard, S., Aubourg, S., Quesneville, H., Weigel, D., van de Weg, E., Troggio, M., Bucher, E. (2017). High-quality de novo assembly of the apple genome and methylome dynamics of early fruit development. Nature Genetics, 49 (7), 1099-1108. DOI: 10.1038/ng.3886


Dallery, J.-F., Lapalu, N., Zampounis, A., Pigné, S., Luyten, I., Amselem, J., Wittenberg, A. H. J., Zhou, S., de Queiroz, M. V., Robin, G., Auger, A., Hainaut, M., Henrissat, B., Kim, K.-T., Lee, Y.-H., Lespinet, O., Schwartz, D. C., Thon, M. R., O'Connell, R. (2017). Gapless genome assembly of Colletotrichum higginsianum reveals chromosome structure and association of transposable elements with secondary metabolite gene clusters. BMC Genomics, 18. DOI: 10.1186/s12864-017-4083-x


El Baidouri, M., Murat, F., Veyssière, M., Molinier, M., Flores, R.-G., Burlot, L., Alaux, M., Quesneville, H., Pont, C., Salse, J. (2017). Reconciling the evolutionary origin of bread wheat (Triticum aestivum). New Phytologist, 213 (3), 1477-1486. DOI: 10.1111/nph.14113


Gouin, A., Bretaudeau, A. (Co-premier auteur), Nam, K. (Co-premier auteur), Gimenez, S., Aury, J.-M., Duvic, B., Hilliou, F., Durand, N., Montagné, N., Darboux, I., Kuwar, S., Chertemps, T., Siaussat, D., Bretschneider, A., Moné, Y., Ahn, S.-J., Hänniger, S., Grenet, A.-S. G., Neunemann, D., Maumus, F., Luyten, I., Labadie, K., Xu, W., Koutroumpa, F., Escoubas, J.-M., Llopis, A., Maïbèche-Coisne, M., Salasc, F., Tomar, A., Anderson, A. R., Khan, S. A., Dumas, P., Orsucci, M., Guy, J., Belser, C., Alberti, A., Noel, B., Couloux, A., Mercier, J., Nidelet, S., Dubois, E., Liu, N.-Y., Boulogne, I., Mirabeau, O., Le Goff, G., Gordon, K., Oakeshott, J., Consoli, F. L., Volkoff, A. N., Fescemyer, H. W., Marden, J. H., Luthe, D. S., Herrero, S., Heckel, D. G., Wincker, P., Kergoat, G. J., Amselem, J., Quesneville, H., Groot, A. T., Jacquin-Joly, E., Nègre, N.Lemaitre, C.Legeai, F., D'Alençon, E.Fournier, P. (2017). Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges. Scientific Reports, 7, 1-12. DOI: 10.1038/s41598-017-10461-4


Jamilloux, V., Daron, J., Choulet, F., Quesneville, H. (2017). De novo annotation of transposable elements: tackling the fat genome issue. Proceedings of the IEEE, 105 (3), 474-481. DOI: 10.1109/JPROC.2016.2590833


Mock, T., Otillar, R. P., Strauss, J., McMullan, M., Paajanen, P., Schmutz, J., Salamov, A., Sanges, R., Toseland, A., Ward, B. J., Allen, A. E., Dupont, C. L., Frickenhaus, S., Maumus, F., Veluchamy, A., Wu, T., Barry, KW., Falciatore, A., Ferrante, M. I., Fortunato, A. E., Glöckner, G., Gruber, A., Hipkin, R., Janech, M. G., Kroth, P. G., Leese, F., Lindquist, E. A., Lyon, B. R., Martin, J., Mayer, C., Parker, M., Quesneville, H., Raymond, J. A., Uhlig, C., Valas, R. E., Valentin, K. U., Worden, A. Z., Armbrust, E. V., Clark, M. D., Bowler, C., Green, B. R., Moulton, V., van Oosterhout, C., Grigoriev, I. V. (2017). Evolutionary genomics of the cold-adapted diatom Fragilariopsis cylindrus. Nature, 541, 536-540. DOI: 10.1038/nature20803


Quraishi, U. M., Pont, C., Ain, Q.-u., Flores, R., Burlot, L., Alaux, M., Quesneville, H., Salse, J. (2017). Combined genomic and genetic data integration of major agronomical traits in bread wheat (Triticum aestivum L.). Frontiers in Plant Science, 8, 1-12. DOI: 10.3389/fpls.2017.01843


Zhong, Z., Marcel, T., Hartmann, F. E., Ma, X., Plissonneau, C., Zala, M., Ducasse, A., Confais, J., Compain, R., Lapalu, N., Amselem, J., McDonald, B. A., Croll, D., Palma-Guerrero, J. (2017). A small secreted protein in Zymoseptoria tritici is responsible for avirulence on wheat cultivars carrying the Stb6 resistance gene. New Phytologist, 214 (2), 619 - 631DOI: 10.1111/nph.14434


Adam-Blondon, A.-F., Alaux, M., Pommier, C., Cantu, D., Cheng, Z.-M., Cramer, G. R., Davies, C., Delrot, S., Deluc, L., di Gaspero, G., Grimplet, J., Fennell, A., Londo, J. P., Kersey, P., Mattivi, F., Naithani, S., Neveu, P., Nikolski, M., Pezzotti, M., Reisch, B. I., Topfer, R., Vivier, M., Ware, D., Quesneville, H. (2016). Towards an open grapevine information system. Horticulture Research, 3, 8 p. DOI: 10.1038/hortres.2016.56


Ćwiek-Kupczyńska, H., Altmann, T., Arend, D., Arnaud, E., Chen, D., Cornut, G., Fiorani, F., Frohmberg, W., Junker, A., Klukas, C., Lange, M., Mazurek, C., Nafissi, A., Neveu, P., van Oeveren, J., Pommier, C., Poorter, H., Rocca-Serra, P., Sansone, S.-A., Scholz, U., van Schriek, M., Seren, Ü., Usadel, B., Weise, S., Kersey, P., Krajewski, P. (2016). Measures for interoperability of phenotypic data: minimum information requirements and formatting. Plant Methods, 12, 1-18. DOI: 10.1186/s13007-016-0144-4


Elvirat-Matelot, E., Hachet, M., Shamandi, N., Comella, P., Saez-Vasquez, J., Zytnicki, M., Vaucheret, H. (2016). Arabidopsis rnase three like2 modulates the expression of protein-coding genes via 24-nucleotide small interfering rna-directed dna methylation. Plant Cell, 28 (2), 406-425. DOI: 10.1105/tpc.15.00540


Jouffroy, O., Saha, S., Mueller, L., Quesneville, H., Maumus, F. (2016). Comprehensive repeatome annotation reveals strong potential impact of repetitive elements on tomato ripening. BMC Genomics, 17 (1), 1-15. DOI: 10.1186/s12864-016-2980-z


Lesage, P., Betermier, M., Bridier-Nahmias, A., Chandler, M., Chambeyron, S., Cristofari, G., Gilbert, N., Quesneville, H., Vaury, C., Volff, J.-N. (2016). International Congress on Transposable elements (ICTE 2016) in Saint Malo: mobile elements under the sun of Brittany. Mobile DNA, 7, 1-8. DOI: 10.1186/s13100-016-0075-7


Maumus, F., Quesneville, H. (2016). Impact and insights from ancient repetitive elements in plant genomes. Current Opinion in Plant Biology, 30, 41-46. DOI: 10.1016/j.pbi.2016.01.003


Molitor, A. M., Latrasse, D., Zytnicki, M., Andrey, P., Houba Hérin, N., Hachet, M., Battail, C., Del Prete, S., Alberti, A., Quesneville, H., Gaudin, V. (2016). The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 subunit LHP1 function in concert to regulate the transcription of stress-responsive genes. Plant Cell, 28 (9). DOI: 10.1105/tpc.16.00244


Murat, F., Louis, A., Maumus, F., Armero, A., Cooke, R., Quesneville, H., Crollius, H. R., Salse, J. (2016). Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction (vol 16, 262, 2015). Genome Biology, 17 (64). DOI: 10.1186/s13059-016-0887-2


Plomion, C1., Aury, J.-M1., Amselem, J. 1, Alaeitabar, T., Barbe, V., Belser, C., Berges, H., Bodenes-Brezard, C., Boudet, N., Boury, C., Canaguier, A., Couloux, A., Da Silva, C., Duplessis, S., Ehrenmann, F., Estrada-Mairey, B., Fouteau, S., Francillonne, N., Gaspin, C., Guichard, C., Klopp, C., Labadie, K., Lalanne, C., Le Clainche, I., Leplé, J.-C., Le Provost, G., Leroy, T., Lesur Kupin, I., Martin, F., Mercier, J., Michotey, C., Murat, F., Salin, F., Steinbach, D., Faivre-Rampant, P., Wincker, P., Salse, J., Quesneville, H., Kremer, A. (2016). Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Molecular Ecology Resources, 16 (1), 254-265. DOI: 10.1111/1755-0998.12425


Porquier, A., Morgant, G., Moraga, J., Dalmais, B., Luyten, I., Simon, A., Pradier, J.-M., Amselem, J., Gonzalez Collado, I., Viaud, M. (2016). The botrydial biosynthetic gene cluster of Botrytis cinerea displays a bipartite genomic structure and is positively regulated by the putative Zn(II)(2)Cys(6) transcription factor BcBot6. Fungal Genetics and Biology, 96 (Nov 2016), 33-46. DOI: 10.1016/j.fgb.2016.10.003


Spannagl, M. 1, Alaux, M. 1, Lange, M., Bolser, D. M., Bader, K. C., Letellier, T., Kimmel, E., Flores, R.-G., Pommier, C., Kerhornou, A., Walts, B., Nussbaumer, T., Grabmuller, C., Chen, J., Colmsee, C., Beier, S., Mascher, M., Schmutzer, T., Arend, D., Thanki, A., Ramirez-Gonzalez, R., Ayling, M., Ayling, S., Caccamo, M., Mayer, K. F. X., Scholz, U., Steinbach, D., Quesneville, H., Kersey, P. (2016). TransPLANT resources for triticeae genomic data. Plant Genome, 9 (1), 13 p. DOI: 10.3835/plantgenome2015.06.0038


Amselem, J., Lebrun, M.-H., Quesneville, H. (2015). Whole genome comparative analysis of transposable elements provides new insight into mechanisms of their inactivation in fungal genomes. BMC Genomics, 16 (1), 141. DOI: 10.1186/s12864-015-1347-1


Amselem, J., Vigouroux, M., Oberhaensli, S., Brown, J. K. M., Bindschedler, L. V., Skamnioti, P., Wicker, T., Spanu, P. D., Quesneville, H., Sacristán, S. (2015). Evolution of the EKA family of powdery mildew avirulence-effector genes from the ORF 1 of a LINE retrotransposon. BMC Genomics, 16 (1), 917. DOI: 10.1186/s12864-015-2185-x


Chiapello, H., Mallet, L., Guerin, C., Aguileta, G., Amselem, J., Kroj, T., Ortega-Abboud, E., Lebrun, M.-H., Henrissat, B., Gendrault, A., Rodolphe, F., Tharreau, D., Fournier, E. (2015). Deciphering Genome Content and Evolutionary Relationships of Isolates from the Fungus Magnaporthe oryzae Attacking Different Host Plants. Genome Biology and Evolution, 7 (10), 2896 - 2912. DOI: 10.1093/gbe/evv187


Cviková, K., Cattonaro, F., Alaux, M., Stein, N., Mayer, K. F. X., Doležel, J., Bartoš, J. (2015). High-throughput physical map anchoring via BAC-pool sequencing. BMC Plant Biology, 15. DOI: 10.1186/s12870-015-0429-1


Hoen, D. R., Hickey, G., Bourque, G., Casacuberta, J., Cordaux, R., Feschotte, C., Fiston-Lavier, A.-S., Hua-Van, A., Hubley, R., Kapusta, A., Lerat, E., Maumus, F., Pollock, D. D., Quesneville, H., Smit, A., Wheeler, T. J., Bureau, T. E., Blanchette, M. (2015). A call for benchmarking transposable element annotation methods. Mobile DNA, 6. DOI: 10.1186/s13100-015-0044-6


Krajewski, P., Chen, D., Ćwiek, H., van Dijk, A. D. J., Fiorani, F., Kersey, P., Klukas, C., Lange, M., Markiewicz, A., Nap, J. P., van Oeveren, J., Pommier, C., Scholz, U., van Schriek, M., Usadel, B., Weise, S. (2015). Towards recommendations for metadata and data handling in plant phenotyping. Journal of Experimental Botany, 66 (18), 5417-5427. DOI: 10.1093/jxb/erv271


Lesur, I., Le Provost, G., Bento, P., Da Silva, C., Leplé, J.-C., Murat, F., Saneyoshi, U., Bartholome, J., Lalanne, C., Ehrenmann, F., Noirot, C., Burban, C., Léger, V., Amselem, J., Belser, C., Quesneville, H., Stierschneider, M., Fluch, S., Feldhahn, L., Tarkka, M., Herrmann, S., Buscot, F., Klopp, C., Kremer, A., Salse, J., Aury, J.-M., Plomion, C. (2015). The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release. BMC Genomics, 16, 23 p. DOI: 10.1186/s12864-015-1331-9


Morel, G., Sterck, L., Swennen, D., Marcet-Houben, M., Onesime, D., Levasseur, A., Vignolles, N., Mallet, S., Couloux, A., Labadie, K., Amselem, J., Beckerich, J.-M., Henrissat, B., Van de Peer, Y., Wincker, P., Souciet, J.-L., Gabaldón, T., Tinsley, C., Casaregola, S. (2015). Differential gene retention as an evolutionary mechanism to generate biodiversity and adaptation in yeasts. Scientific Reports, 5. DOI: 10.1038/srep11571


Murat, F., Zhang, R., Guizard, S., Gavranovic, H., Flores, R.-G., Steinbach, D., Quesneville, H., Tannier, E., Salse, J. (2015). Karyotype and gene order evolution from reconstructed extinct ancestors highlight contrasts in genome plasticity of modern rosid crops. Genome Biology and Evolution, 7 (3), 735-749. DOI: 10.1093/gbe/evv014


Murat, F., Louis, A., Maumus, F., Armero, A., Cooke, R., Quesneville, H., Crollius, H. R., Salse, J. (2015). Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction. Genome Biology, 16 (262). DOI: 10.1186/s13059-015-0814-y


Parent, J. S., Jauvion, V., Bouche, N., Beclin, C., Hachet, M., Zytnicki, M., Vaucheret, H. (2015). Post-transcriptional gene silencing triggered by sense transgenes involves uncapped antisense RNA and differs from silencing intentionally triggered by antisense transgenes. Nucleic Acids Research, 43 (17), 8464-8475. DOI: 10.1093/nar/gkv753


Smedley, D., Haider, S., Durinck, S., Pandini, L., Provero, P., Allen, J., Arnaiz, O., Awedh, M. H., Baldock, R., Barbiera, G., Bardou, P., Beck, T., Blake, A., Bonierbale, M., Brookes, A. J., Bucci, G., Buetti, I., Burge, S., Cabau, C., Carlson, J. W., Chelala, C., Chrysostomou, C., Cittaro, D., Collin, O., Cordova, R., Cutts, R. J., Dassi, E., Genova, A. D., Djari, A., Esposito, A., Estrella, H., Eyras, E., Fernandez-Banet, J., Forbes, S., Free, R. C., Fujisawa, T., Gadaleta, E., Garcia-Manteiga, J. M., Goodstein, D., Gray, K., Guerra-Assunção, J. A., Haggarty, B., Han, D.-J., Han, B. W., Harris, T., Harshbarger, J., Hastings, R. K., Hayes, R. D., Hoede, C., Hu, S., Hu, Z.-L., Hutchins, L., Kan, Z., Kawaji, H., Keliet, A., Kerhornou, A., Kim, S., Kinsella, R., Klopp, C., Kong, L., Lawson, D., Lazarevic, D., Lee, J.-H., Letellier, T., Li, C.-Y., Lio, P., Liu, C.-J., Luo, J., Maass, A., Mariette, J., Maurel, T., Merella, S., Mohamed, A. M., Moreews, F., Nabihoudine, I., Ndegwa, N., Noirot, C., Perez-Llamas, C., Primig, M., Quattrone, A., Quesneville, H., Rambaldi, D., Reecy, J., Riba, M., Rosanoff, S., Saddiq, A. A., Salas, E., Sallou, O., Shepherd, R., Simon, R., Sperling, L., Spooner, W., Staines, D. M., Steinbach, D., Stone, K., Stupka, E., Teague, J. W., Dayem Ullah, A. Z., Wang, J., Ware, D., Wong-Erasmus, M., Youens-Clark, K., Zadissa, A., Zhang, S.-J., Kasprzyk, A. (2015). The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories. Nucleic Acids Research, 43 (W1), W589-W598. DOI: 10.1093/nar/gkv350


Bolger, A., Scossa, F., Bolger, M. E., Lanz, C., Maumus, F., Tohge, T., Quesneville, H., Alseekh, S., Sørensen, I., Lichtenstein, G., Fich, E. A., Conte, M., Keller, H., Schneeberger, K., Schwacke, R., Ofner, I., Vrebalov, J., Xu, Y., Osorio, S., Aflitos, S. A., Schijlen, E., Jimenez Gomez, J., Ryngajllo, M., Kimura, S., Kumar, R., Koenig, D., Headland, L. R., Maloof, J. N., Sinha, N., van Ham, R. C. H. J., Lankhorst, R. K., Mao, L., Vogel, A., Arsova, B., Panstruga, R., Fei, Z., Rose, J. K. C., Zamir, D., Carrari, F., Giovannoni, J. J., Weigel, D., Usadel, B., Fernie, A. R. (2014). The genome of the stress-tolerant wild tomato species Solanum pennellii. Nature Genetics, 46 (9), 1034-1038. DOI: 10.1038/ng.3046


Choulet, F., Alberti, A., Theil, S., Glover, N. M., Barbe, V., Daron, J., Pingault, L., Sourdille, P., Couloux, A., Paux, E., Leroy, P., Mangenot, S., Guilhot, N., Le Gouis, J., Balfourier, F., Alaux, M., Jamilloux, V., Julie, P., Durand, C., Bellec, A., Gaspin, C., Šafář, J., Doležel, J., Rogers, J., Vandepoele, K., Aury, J.-M., Mayer, K., Berges, H., Quesneville, H., Wincker, P., Feuillet, C. (2014). Structural and Functional Partitioning of Bread Wheat Chromosome 3B. Science, 345 (6194), online. DOI: 10.1126/science.1249721


Daron, J., Glover, N., Pingault, L., Theil, S., Jamilloux, V., Paux, E., Barbe, V., Mangenot, S., Alberti, A., Wincker, P., Quesneville, H., Feuillet, C., Choulet, F. (2014). Organization and evolution of transposable elements along the bread wheat chromosome 3B. Genome Biology, 15 (12), 1-15. DOI: 10.1186/s13059-014-0546-4


Denoeud, F., Carretero-Paulet, L., Dereeper, A., Droc, G., Guyot, R., Pietrella, M., Zheng, C., Alberti, A., Anthony, F., Aprea, G., Aury, J.-M., Bento, P., Bernard, M., Bocs, S., Campa, C., Cenci, A., Combes, M.-C., Crouzillat, D., Da Silva, C., Daddiego, L., De Bellis, F., Dussert, S., Garsmeur, O., Gayraud, T., Guignon, V., Jahn, K., Jamilloux, V., Joët, T., Labadie, K., Lan, T., Leclercq, J., Lepelley, M., Leroy, T., Li, L.-T., Librado, P., Lopez, L., Muñoz, A., Noel, B., Pallavicini, A., Perrotta, G., Poncet, V., Pot, D., Priyono, Rigoreau, M., Rouard, M., Rozas, J., Tranchant-Dubreuil, C., VanBuren, R., Zhang, Q., Andrade, A. C., Argout, X., Bertrand, B., de Kochko, A., Graziosi, G., Henry, R. J., Jayarama, Ming, R., Nagai, C., Rounsley, S., Sankoff, D., Giuliano, G., Albert, V. A., Wincker, P., Lashermes, P. (2014). The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis. Science, 345 (6201), 1181-1184. DOI: 10.1126/science.1255274


Foulongne Oriol, M., Lapalu, N., Férandon, C., Spataro, C., Ferrer, N., Amselem, J., Savoie, J.-M. (2014). The first set of expressed sequence tags (EST) from the medicinal mushroom Agaricus subrufescens delivers resource for gene discovery and marker development. Applied Microbiology and Biotechnology, 98 (18), 7879-92. DOI: 10.1007/s00253-014-5844-y


Grimplet, J., Adam-Blondon, A.-F., Bert, P.-F., Bitz, O., Cantu, D., Davies, C., Delrot, S., Pezzotti, M., Rombauts, S., Cramer, G. R. (2014). The grapevine gene nomenclature system. BMC Genomics, 15 (1077). DOI: 10.1186/1471-2164-15-1077


Hoede, C., Arnoux, S., Moissette, M., Chaumier, T., Inizan, O., Jamilloux, V., Quesneville, H. (2014). PASTEC: an automatic transposable element classification tool. Plos One, 9 (5), e91929. DOI: 10.1371/journal.pone.0091929


Maumus, F., Quesneville, H. (2014). Ancestral repeats have shaped epigenome and genome composition for millions of years in Arabidopsis thaliana. Nature Communications, 5, 9 p. DOI: 10.1038/ncomms5104


Maumus, F., Quesneville, H. (2014). Deep Investigation of Arabidopsis thaliana Junk DNA Reveals a Continuum between Repetitive Elements and Genomic Dark Matter. Plos One, 9 (4). DOI: 10.1371/journal.pone.0094101


Pauchet, Y., Saski, C. A., Feltus, F. A., Luyten, I., Quesneville, H., Heckel, D. G. (2014). Studying the organization of genes encoding plant cell wall degrading enzymes in Chrysomela tremula provides insights into a leaf beetle genome. Insect Molecular Biology, 23 (3), 286-300. DOI: 10.1111/imb.12081


Zytnicki, M., Akhunov, E., Quesneville, H. (2014). Tedna: a transposable element de novo assembler. Bioinformatics, (on-line), 1-3. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu365

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