URGI

Adresse postale
INRA Versailles
RD10 Route de Saint-Cyr 78000 Versailles
Structure(s) :
INRA
Unité :
URGI - UR1164
Pôle regional :
ApliBio, Ile-de-France
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • CNOC (INRA)
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
  • PF stratégique nationale INRA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
207.00 To
Ferme de calcul
904 cores
Heure de CPU
1 334 776 H / an
Outils bioinformatiques
163
Nombre d'utilisateurs
942
Description des serveurs
1 cluster de calcul (HPC)

1 serveur NFS pour la gestion des disques

1 serveur dédié au site Web

1 serveur dédié à la gestion des sauvegardes

3 serveurs dédiés aux machines virtuelles (SGBD, Système d'information, application Web)

 

Condition d'accès

Accès public (Web) et authentifié (Galaxy server et Cluster de calcul).
Accès aux ressources soit  en mode collaboration dans le cadre des projets de la plateforme (ou son unité) soit via une offre de service (https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/Service-offering).

Visites annuelles :
65 634 an
Visites uniques :
16 721 an
Citations :
11
Dernière mise à jour :
05-01-2017

GnplS

Description

GnpIS est un système  d’information  modulaire  interopérable, multi-espèces  (plantes  et  champignons), permettant le stockage et la mise à disposition de données de génomique et de génétique : annotations de génome, cartographie physiques et génétiques (marqueurs, QTL), polymorphismes de séquence issues de reséquençage et de génotypage, génétique  d’association  entre  marqueurs  et  caractères  phénotypiques  (GWAS), phénotypage  lié  à  l’environnement  (GxE), ressources  génétiques (données patrimoniales  INRA venant pour certaines d’entre elles des  centres  de  ressources biologiques).

 

Steinbach D, Alaux M, Amselem J, Choisne N, Durand S, Flores R, Keliet AO, Kimmel E, Lapalu N, Luyten I et al: GnpIS: an information system to integrate genetic and genomic data from plants and fungi. Database : the journal of biological databases and curation 2013, DOI: 10.1093/database/bat058

Conditions d'accès

Accès aux données

- via le portail : https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis

- par catégorie https://urgi.versailles.inra.fr/Data

 

Données en accès authentifié dans  le  cadre  de  projets  en  collaboration  avec  la  plateforme avant publication.

Visites annuelles :
203 200 an
Visites uniques :
27 900 an
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
11-01-2017

Wheat@URGI

Description

Portail d’accès sur les ressources blé disponibles à l’URGI avec un point d’accès aux données blé du système d’information GnpIS, ainsi que les données de séquences du consortium international IWGSC (International Wheat Genome Sequencing Consortium).

Le portail est également un point d’accès à des outils d’analyse dédiés à la communauté blé ainsi que les banques de données associées.

Conditions d'accès

https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
11-01-2017

Plant data discovery portal

Description
Le Plant Data Discovery Portal permet d’effectuer des recherches dans des systèmes d’information maintenus par un réseau international de plateformes hébergeant des données sur les plantes.
Conditions d'accès

Accès aux données via le portail : https://urgi.versailles.inra.fr/ifb/

Le portail donne accès à des données publiques en se basant sur un moteur d’indexation simple à mettre en place (https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/Projects/Wheat-Information-System/SolR-tool-package ). Toute plateforme voulant donner accès à ses données via le Plant Data Discovery Portal est encouragée à nous contacter.

Visites annuelles :
1 390 an
Visites uniques :
646 an
Citations :
189
Téléchargements :
476

REPET

Description

Le package REPET est composé de plusieurs pipelines dont les 2 principaux TEdenovo et TEannot permettent de détecter de novo [1], classifier [2] et annoter [3] les éléments transposables dans un génome. 

PastecClassifier, pipeline (inclus dans le TEdenovo) permet de classifier une banque de Séquences d'ET (consensus ou pas) [2]

 

1. Flutre T, Duprat E, Feuillet C, Quesneville H: Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches. PloS one 2011, 6(1):e16526.
2. Hoede C, Arnoux S, Moisset M, Chaumier T, Inizan O, Jamilloux V, Quesneville H: PASTEC: An Automatic Transposable Element Classification Tool. PloS one 2014, 9(5):e91929.
3. Quesneville H, Bergman CM, Andrieu O, Autard D, Nouaud D, Ashburner M, Anxolabehere D: Combined evidence annotation of transposable elements in genome sequences. PLoS computational biology 2005, 1(2):166-175.

Conditions d'accès

Disponible en téléchargement : https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET

Visites annuelles :
316 an
Visites uniques :
208 an
Citations :
17
Téléchargements :
81

S-MART

Description

Boite à outils pour manipuler des données NGS : en particulier de type RNA-Seq, ChiP-Seq. Plus généralement il permet de comparer des annotations sur la base de leur localisation. S-MART fournit également de nombreuses façons de visualiser vos données: taille des reads, de la densité sur le génome, la distance par rapport à un ensemble de référence, et la corrélation des deux ensembles de données (avec des nuages de points).

Zytnicki M, Quesneville H (2011) S-MART, A Software Toolbox to Aid RNA-seq Data Analysis. PLoS ONE 6(10): e25988. doi:10.1371/journal.pone.0025988

Conditions d'accès

Disponible en téléchargement : https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
6
Téléchargements :
Non renseigné

Tedna

Description

Tedna est un assembler d'éléments transposable de novo. Il permet l'assemblage des éléments transposabkles directement à partir des reads brutes.

 Zytnicki M, Akhunov E, Quesneville H: Tedna: a transposable element de novo assemblerBioinformatics 0, 30:2656–8.

Conditions d'accès

Disponible en téléchargement

 

Visites annuelles :
133 an
Visites uniques :
67 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy server@URGI

Description

Serveur d'outils en ligne dont certains développés à l'URGI.

- outils de la boite à outil S-Mart

- Workflows d'analyse d'expression différentielle (RNA-seq) ou d'analyse de polymorphisme (SNP, variants structuraux)

Conditions d'accès

https://urgi.versailles.inra.fr/galaxy

L'accès aux workflows, tutoriaux et outils est possible dans le cadre de projets en partenariat avec l'URGI ou via son Offre de service

Domaines d'activité
  • Environnement
  • Biologie
  • Agro-alimentaire
  • Informatique
Description des expertises

L’activité de recherche de l’URGI (intégration de données, annotation des répétitions, structure et dynamique des génomes) est étroitement liée aux 2 composantes de la plateforme (Système d’Information et analyse des génomes). D’une part, la plateforme bénéficie de l’expertise acquise coté recherche (analyse et développement d’outils), d’autre part elle offre un support solide à notre activité de recherche grâce aux ressources et aux compétences de son personnel (principalement des Ingénieurs).

 

Les domaines de compétence et d’expertise des agents de la plateforme sont axé principalement sur :

  • Le développement d’interface (Java J2EE)
  • Le développement de pipelines d’analyses (Python)
  • Les bases de données (PostgreSQL, MySQL)
  • Les technologies NoSQL (ElasticSearch, SolR)
  • L'intégration de données (ETL Talend) dans des domaines aussi variés que la génomique et la génétique (génome annotation, RNA-Seq, polymorphisme, génétique d’association, phénotype, ressources génétiques)
  • L'analyse des génomes (structure et dynamique)
    •     Analyse du polymorphisme (SNP, variants structuraux)
    •     RNA-Seq
    •     Annotation de gènes (structurale et fonctionnelle)
    •     Annotation des répétitions (spécifiquement les éléments transposables)
Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Cartographie
  • Evolution et phylogénie
  • Génomique comparative

Formation professionnelle

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Prochaine session :
21-11-2016

Formation "Détection et Annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryotes"

Description

Objectifs

1. Acquérir des connaissances sur les éléments transposables
2. Réaliser l’annotation des éléments transposables dans un génome en utilisant le pipeline REPET
3. Pouvoir être autonome sur ces propres données.

Cette formation est composée de 2 modules 

21-22/11/2016 : module 1

23/11/2016 : module 2 (optionnel)

24/11/2016 : nous proposons aux participants qui le souhaitent d’analyser leurs propres données. Nous les accueillerons à l'URGI où ils pourront travailler de façon autonome sur leur machine, avec un support en cas de problème.

Module 1 : "REPET-lite"

- Introduction générale aux éléments transposables
- Présentation du pipeline REPET et des différentes stratégies d’annotation
- Présentation et utilisation de l’environnement Galaxy
- TP: lancement de REPET-lite sous Galaxy : paramètrage, analyse des résultats, masquage des répétitions dans un génome, ...

Module 2 "curation manuelle des éléments transposables"

- Présentation des différentes démarches possibles pour la curation
- Présentation des outils de visualisation et d'analyse des données
- TP "curation manuelle" : lancement des outils, analyse et traitement d’exemples, "parsing" de fichiers

 

Cette formation est ouverte à la fois aux biologistes et aux bioinformaticiens. Le module 1 ne nécessite pas de pré-requis et est destiné aux personnes dont l’objectif est d’obtenir un génome masqué. Le module 2 vise un public intéressé par l’analyse des éléments transposables dans le génome annoté et nécessite d’avoir des notions de ligne de commande.

 

Conditions d'accès

La formation est gratuite, mais le nombre de place est limité (10 max)

Les inscriptions se font directement par mail auprès de :
nathalie.choisne@versailles.inra.fr "ET" olivier.inizan@versailles.inra.fr

Lors de votre inscription, veuillez préciser si vous êtes intéressés par la journée du 24 novembre. Dans ce cas, vous recevrez un questionnaire qui nous permettra d’évaluer la faisabilité de vos analyses.

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Training to the GnpIS information system

Description

Présentation détaillée de son Système d’informations GnpIS:
Utilisation des différents formulaires de requêtes (recherche globale ou spécifique de chaque module) Navigation dans le système au travers de cas d’utilisation mettant en évidence l’interopérabilité entre les différents modules.

Conditions d'accès

Inscriptions  et renseignements : urgi-­contact@versailles.inra.fr

Personnes formées :
6 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Prochaine session :
11-04-2016

Galaxy for NGS data analysis

Description
Sur site à l’URGI et participation à l’école chercheurs AVIESIAN (Roscoff)
Alternance entre présentations et TP
Présentation générale de l’environnement Galaxy
• Gestion des données
• Design de workflows
• Outils de visualisation

Présentation détaillée de 2 pipelines
• Polymorphisme : Mapping + SNP calling
• RNA-Seq : Differential Expression Analysis (DEA)

Conditions d'accès

Inscriptions  et renseignements : urgi-­contact@versailles.inra.fr

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
6 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Cluster job submission training

Description

Formation sur site à l'URGI sur jeu de données réelles de la personne formée
Utilisation des 2 pipelines principaux (TEdenovo et TEannot) + post analyse des résultats  sous forme de tutorat individualisé.

Conditions d'accès

Inscriptions  et renseignements : urgi-­contact@versailles.inra.fr

Répartition des utilisateurs
Internationaux
85 %
Nationaux
15 %
Régionaux
0 %
Locaux
0%
Description de la répartition :
Les pourcentages indiqués reflètent les pourcentages de visiteurs différents français et internationaux qui accèdent à nos données publiques (GnpIS) et outils.

 

Les données accessibles depuis le système d’information GnpIS ainsi que les outils développés tels que REPET, S-MART... sont à destination de la communauté internationale.
Les données privées accessibles via GnpIS ne sont pas comptabilisées dans les pourcentages donnés.

Projets propres de la plateforme
Projets contribuant au développement d’un système d’information pour les plantes et champignons
GnpIS ”Development of the URGI genetic and genomic information system. It includes all Gnp* components, datamarts, Gbrowse, and GRS “; URGI project manager: D. Steinbach
GnpSNP “Development of a sequence variations information system managing SNP, Indel, PAV, CNV, transposable element insertions. “; URGI project manager: N. Mohellibi
Ephesis “Development of a phenotypic information system managing GxE experiments “; URGI project manager: C. Pommier
Siregal “Development of a genetic resources information system managing stocks, passport data, orders, primary phenotypic descriptions. “; URGI project manager: S. Durand

 

Projets contribuant au développement d’outils, pipelines d’analyse sur la structure et la dynamique des génomes

Pipeline-common “Development of a toolbox for developing pipelines “; URGI project manager: O. Inizan
REPET “Development of a toolbox for detection, annotation and analysis of repeats in a genome. “; URGI project manager: V. Jamilloux
RNAseq “RNAseq tools developments “: URGI project manager: J. Amselem

Collaborations
Projets d'ANR
  • France Genomique “French Bioinformatics infrastructure for NGS” 2012-2021; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: J. Amselem; Project coord.: J. Weissenbach, CEA, Evry
  • AKER “French Research Initiative for a Sustainable Beet Improvement: Innovative breeding strategies based on allelic variation mining and novel -omic tools” 2012-2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: C. Huyghe, INRA, DG, Lusignan; CDD: 12 months
  • BFF “Biomass For the Future". Development of local miscanthus and sorghum biomass production and valorization chains focused on heat-generation, anaerobic digestion and bio-based construction materials and plastics.” 2012- 2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: H. Hofte, INRA, IJPB, Versailles
  • PEAMUST “Pea MUlti-STress adaptation and biological regulations for yield improvement and stability” 2012-2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: J. Burstin, INRA, Agroécologie, Dijon
  • Phenome “French Plant Phenomic Centre; 2012-2020; Funding: Investissement d'avenir” URGI coord.: C. Pommier; Project coord.: F. Tardieu, INRA-LEPSE, Montpellier
  • Rapsodyn “Optimisation of the RAPeSeed Oil content and Yield under low Nitrogen input: improving breedin” 2012- 2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: N. Nési, INRA-EGPP, Rennes
  • Gandalf “Genomic AND Adaptation for fungal LiFe history traits involved in host plant interactions” 2012-2015; Funding: ANR Bioadapt; URGI coord.: J. Amselem; Project coord.: F. Delmotte, INRA, SAV, Bordeaux
  • Breedwheat “Breeding for economically and environmentally sustainable wheat varieties: an integrated approach from genomics to selection” 2011-2020; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: M. Alaux / H. Quesneville; Project coord.: J. Le Gouis, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
  • Amaizing “ Improving the efficiency of maize breeding programs in France, and to further characterize the varieties by implementing biotechnology advances and developing tools, biological knowledge, reference data and strategic know-how” 2011-2019; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: A. Charcosset, Génétique Végétale, Gif-sur-Yvette
  • IFBPlant "The IFB plant node" 2014-2017; Funding IFB Tech; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: H. Quesneville
  • PAGE “The PAGE program will develop resources and approaches in comparative genomics and deliver publicly applicable tools for the scientific community” 2011-2015; Funding: ANR Blanc; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: J. Salse, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
  • Renabi-IFB “French Bioinformatics infrastructure” 2011-2015; Funding: Investissement d'avenir; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: J-F. Gibrat, INRA, UR MIG, Jouy-En-Josas
  • GenOak “Sequencing of the oak genome and identification of genes that matter for forest tree adaptation” 2011- 2015; Funding: ANR Blanc; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: C. Plomion, INRA, BIOGECO, Bordeaux
  • GnpAsso “Developing new bioinformatics resources to deal with large scale genome-wide association studies data” 2011-2015; Funding: ANR Génomique; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: D. Steinbach, INRA, URGI, Versailles
  • ADA-SPODO “Molecular determinism of ecological adaptation and speciation in two strains of the Lepidoptera Spodoptera frugiperda” 2011-2015; Funding: ANR Blanc; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: E. D'Alençon, INRA, UMR DGIMI, Montpellier
  • IBISA-Aplibio “The RENABI Ile de France platform“ 2010-2014; Funding: IBISA; URGI coord.: D. Steinbach; Project coord.: Y. Moszer, Institut Pasteur, Paris
  • Triannot-lifegrid “Annotation structurale et fonctionnelle automatique des génomes de plantes couplé à un Système d'Information” 2013-2014; Funding: Lifegrid; URGI coord.: M. Alaux; Project coord.: P. Leroy, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
Projets européens et internationaux
  • Excelerate “ELIXIR-EXCELERATE: fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life sciences » 2015-2018; Funding EU-H2020 ; A-F Adam-Blondon; Project coord.: N. Blomberg
  • Whealbi “Wheat and barley Legacy for Breeding Improvement” 2013-2017; Funding: EU-FP7; URGI coord.: M. Alaux; Project coord.: G. Charmet, INRA, GDEC, Clermont-Ferrand
  • InnoVine “Combining innovation in vineyard management and genetic diversity for a sustainable European viticulture” 2013-2016; Funding: FP7; URGI coord.: A-F Adam-Blondon; Project coord.: A-F Adam-Blondon, INRA, Versailles.
  • TransPLANT “Trans-national Infrastructure for Plant Genomic Science” 2011-2015; Funding: EU-FP7; URGI coord.: H. Quesneville; Project coord.: P. Kersey, EBI, Cambridge, UK
Projets avec des industriels
Projets nationaux : AKER, Amaizing, BFF, Breadwheat

Projets internationaux : TransPLANT, Whealbi

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

La   plateforme   est   représentée   dans   des   groupes   de   travail   à différents niveaux: 

 

Réseau International

- Wheat Initiative (Coord. H. Quesneville)

 

Réseaux nationaux

- Co-­coordination avec   la   plateforme Southgreen  de  Montpellier du  pôle IFB-Plantes   avec  

- Membre du groupe  de  travail  IFB­‐Galaxy

 

Réseaux et groupes de travail INRA 

Co-animation (membre du bureau) des réseaux INRA PEPI (Partage d'Expérience et de Pratique en Informatique)

- PEPI GD : gestion de données
- PEPI IDL : développement logiciel
- PEPI GPI : gestion de projets en informatique

 

Participation au groupe de travail OpenData (animé par le CDSI (Comité Directeur des Systèmes d'Information)

 

Groupes de travail  du département INRA-BAP (Biologie et Amélioration des Plantes)

- Animation de la bioinformatique dans le département.
- Animation du CATI CGI (CATI en génomique Info)

- Phénotypage (en particulier sur les aspects Système d'information).

 

Publications internes
Hoede C, Arnoux S, Moisset M, Chaumier T, Inizan O, Jamilloux V, Quesneville H: PASTEC: An Automatic Transposable Element Classification Tool. PloS one 2014, 9(5):e91929.

Steinbach D, Alaux M, Amselem J, Choisne N, Durand S, Flores R, Keliet AO, Kimmel E, Lapalu N, Luyten I, Michotey C, Mohellibi N, Pommier C, Reboux S, Valdenaire D, Verdelet D and Quesneville H: GnpIS: an information system to integrate genetic and genomic data from plants and fungi. Database : the journal of biological databases and curation 2013, 2013:bat058.
Publications externes
Cvikova K, Cattonaro F, Alaux M, Stein N, Mayer KF, Dolezel J, Bartos J: High-throughput physical map anchoring via BAC-pool sequencing. BMC plant biology 2015, 15:99.

El Baidouri M, Kim KD, Abernathy B, Arikit S, Maumus F, Panaud O, Meyers BC, Jackson SA: A new approach for annotation of transposable elements using small RNA mapping. Nucleic acids research 2015.

Krajewski P, Chen D, Cwiek H, van Dijk AD, Fiorani F, Kersey P, Klukas C, Lange M, Markiewicz A, Nap JP, van Oeveren J, Pommier C, Scholz U, van Schriek M, Usadel B, Weise S.: Towards recommendations for metadata and data handling in plant phenotyping. Journal of experimental botany 2015.

Lesur I, Le Provost G, Bento P, Da Silva C, Leple JC, Murat F, Ueno S, Bartholome J, Lalanne C, Ehrenmann F et al: The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release. BMC genomics 2015, 16(1):112.

Morel G, Sterck L, Swennen D, Marcet-Houben M, Onesime D, Levasseur A, Jacques N, Mallet S, Couloux A, Labadie K et al: Differential gene retention as an evolutionary mechanism to generate biodiversity and adaptation in yeasts. Scientific reports 2015, 5:11571.

Murat F, Zhang R, Guizard S, Gavranovic H, Flores R, Steinbach D, Quesneville H, Tannier E, Salse J: Karyotype and gene order evolution from reconstructed extinct ancestors highlight contrasts in genome plasticity of modern rosid crops. Genome biology and evolution 2015, 7(3):735-749.

Perlin MH, Amselem J, Fontanillas E, Toh SS, Chen Z, Goldberg J, Duplessis S, Henrissat B, Young S, Zeng Q et al: Sex and parasites: genomic and transcriptomic analysis of Microbotryum lychnidis-dioicae, the biotrophic and plant-castrating anther smut fungus. BMC genomics 2015, 16:461.

Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Berges H, Bodenes C, Boudet N, Boury C et al: Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Molecular ecology resources 2015.

Smedley D, Haider S, Durinck S, Pandini L, Provero P, Allen J, Arnaiz O, Awedh MH, Baldock R, Barbiera G et al: The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories. Nucleic acids research 2015, 43(W1):W589-598.

Willing E-M, Rawat V, Mandáková T, Maumus F, James GV, Nordström KJV, Becker C, Warthmann N, Chica C, Szarzynska B et al: Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation. Nature Plants 2015, 1:14023.

Bolger A, Scossa F, Bolger ME, Lanz C, Maumus F, Tohge T, Quesneville H, Alseekh S, Sorensen I, Lichtenstein G et al: The genome of the stress-tolerant wild tomato species Solanum pennellii. Nature genetics 2014, 46(9):1034-1038.

Daron J, Glover N, Pingault L, Theil S, Jamilloux V, Paux E, Barbe V, Mangenot S, Alberti A, Wincker P et al: Organization and evolution of transposable elements along the bread wheat chromosome 3B. Genome biology 2014, 15(12).

Foulongne-Oriol M, Lapalu N, Ferandon C, Spataro C, Ferrer N, Amselem J, Savoie JM: The first set of expressed sequence tags (EST) from the medicinal mushroom Agaricus subrufescens delivers resource for gene discovery and marker development. Applied microbiology and biotechnology 2014, 98(18):7879-7892.

Geering ADW, Maumus F, Copetti D, Choisne N, Zwickl DJ, Zytnicki M, McTaggart AR, Scalabrin S, Vezzulli S, Wing RA et al: Endogenous florendoviruses are major components of plant genomes and hallmarks of virus evolution. Nature communications 2014, 5.

Grandaubert J, Lowe RGT, Soyer JL, Schoch CL, Van de Wouw AP, Fudal I, Robbertse B, Lapalu N, Links MG, Ollivier B et al: Transposable element-assisted evolution and adaptation to host plant within the Leptosphaeria maculans-Leptosphaeria biglobosa species complex of fungal pathogens. BMC genomics 2014, 15:891.

Grimplet J, Adam-Blondon AF, Bert PF, Bitz O, Cantu D, Davies C, Delrot S, Pezzotti M, Rombauts S, Cramer GR: The grapevine gene nomenclature system. BMC genomics 2014, 15:1077.

Maumus F, Epert A, Nogue F, Blanc G: Plant genomes enclose footprints of past infections by giant virus relatives. Nature communications 2014, 5:4268.

Mayer KFX, Rogers J, Dolezel J, Pozniak C, Eversole K, Feuillet C, Gill B, Friebe B, Lukaszewski AJ, Sourdille P et al: A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome. Science 2014, 345(6194).

Murat F, Zhang R, Guizard S, Flores R, Armero A, Pont C, Steinbach D, Quesneville H, Cooke R, Salse J: Shared subgenome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a seven protochromosome ancestor with 16K protogenes. Genome biology and evolution 2014, 6(1):12-33.

Pauchet Y, Saski CA, Feltus FA, Luyten I, Quesneville H, Heckel DG: Studying the organization of genes encoding plant cell wall degrading enzymes in Chrysomela tremula provides insights into a leaf beetle genome. Insect Mol Biol 2014, 23(3):286-300.

Zytnicki M, Akhunov E, Quesneville H: Tedna: a transposable element de novo assembler. Bioinformatics 2014, 30(18):2656-2658.

Campo S, Peris-Peris C, Sire C, Moreno AB, Donaire L, Zytnicki M, Notredame C, Llave C, San Segundo B: Identification of a novel microRNA (miRNA) from rice that targets an alternatively spliced transcript of the Nramp6 (Natural resistance-associated macrophage protein 6) gene involved in pathogen resistance. The New phytologist 2013, 199(1):212-227.

Pont C, Murat F, Guizard S, Flores R, Foucrier S, Bidet Y, Quraishi UM, Alaux M, Dolezel J, Fahima T et al: Wheat syntenome unveils new evidences of contrasted evolutionary plasticity between paleo- and neoduplicated subgenomes. The Plant journal : for cell and molecular biology 2013, 76(6):1030-1044.

Read BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, Mayer C, Miller J, Monier A, Salamov A et al: Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution. Nature 2013, 499(7457):209-213.

Slotte T, Hazzouri KM, Agren JA, Koenig D, Maumus F, Guo Y-L, Steige K, Platts AE, Escobar JS, Newman LK et al: The Capsella rubella genome and the genomic consequences of rapid mating system evolution. Nature genetics 2013, 45(7):831-835.

Toffano-Nioche C, Luo Y, Kuchly C, Wallon C, Steinbach D, Zytnicki M, Jacq A, Gautheret D: Detection of non-coding RNA in bacteria and archaea using the DETR'PROK Galaxy pipeline. Methods (San Diego, Calif ) 2013, 63(1):60-65.

Toffano-Nioche C, Ott A, Crozat E, Nguyen AN, Zytnicki M, Leclerc F, Forterre P, Bouloc P, Gautheret D: RNA at 92 °C: the non-coding transcriptome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi. RNA biology 2013, 10(7):1211-1220.

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Développement
Le SI GnpIS, ainsi que REPET et S-­Mart y ont été déposé à l'APP.
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