
IGR
Adresse postale
Structure(s) :
Unité :
Website
Gustave RoussyResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
Type d'infrastructure
Capacité de stockage
Ferme de calcul
Collection de données
Outils bioinformatiques
Nombre d'utilisateurs
Description des serveurs
- Serveur Galaxy
- Serveur d’applications
- Shiny
- Redmine
- Serveur dédié à l’analyse de données microarray
Condition d'accès
- Serveur Galaxy : Demande de compte auprès de la plate-forme. Ouvert à toute équipe exterieure à Gustave Roussy sur demande (adresse IP).
- Cluster de calcul : accessible exclusivement aux bioinformaticiens du site GR.
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
DEVADescriptionDetection of variants from NGS data. Pipeline for variant detection adapted to exon capture from clinical DNA samples. Special options for germline or somatic variants are provided. Interface is available in command line or Galaxy system. Output from mutliple samples can be visualized and filtered using web-based interface. Conditions d'accèsAccès : web server, https://galaxy.gustaveroussy.fr/galaxyprod |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
VCF2HTMLDescriptionA visualization and filtering tool for multiple VCF (variant) datasets. Conditions d'accèsScript documenté sur demande. |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
SCADescriptionSCA (Similarity Core Analysis) is a computational framework for extracting the core molecular features, such as mRNA or miRNA signatures, common to tumors and corresponding cell lines. Conditions d'accèsProgramme fourni sur demande. |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Biologie
Description des expertises
Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS)
- Microarray :
- Gene Expression (Agilent, Affymetrix)
- CGH array
- microRNA array
- NGS (DNA-seq):
- Détection de SNP (WES, WGS, TS)
- Détection de variants structuraux (LOH, CNV)
- ChipSeq
- NGS (RNA-seq) :
- Analyse différentielle
- recherche de transcrit de fusion
- recherche de splicing alternatif
- detection de SNP par RNA-seq
● Conseil / Support
Elaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante "bioinformatique" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plateforme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service.
● Formations
Organisation de formations généraliste en interne. Organisation de formations spécifiques, sur demande, dans les locaux des demandeurs (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques)
● R&D
Développement /Maintenance de pipelines d’analyse.
Développement à facon d’outils d’annotation / de visualisation de données NGS Développement de DB de données génomiques
Participation au developpement de DB en médecine personnalisée
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyse de variants
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Génomes complets
- Analyse de la régulation de l’expression des gènes
- Chip-seq
- Profils de méthylation
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Génomique : Puces
- Biopuces ADN
- CGH
- Fonctionelles
- Biopuces ARN
- Expression
Formation professionnelle
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : 120 personnes / an
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Bioinformatique, NGS et CancerDescriptionCo-organisation Atelier Cancéropole Ile de France « Bioinformatique, NGS et Cancer» (avril 2014 et Nov 2014) Conditions d'accès |
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Ecole NGS Aviesan RoscoffDescription(nov 2013, oct 2014): responsabilité de l’atelier RNA-seq (Marc Deloger), intervention atelier CNV (Bastien Job). Conditions d'accèsNon renseigné |
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Formation interne pipeline DEVA detection de variants par NGSDescriptionNon renseignéConditions d'accèsNon renseigné |
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Formation interne pipeline RNASeqDescriptionNon renseignéConditions d'accèsNon renseigné |
Formation universitaire
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : 20 personnes / an
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
IFSBMDescription
UFR médecine Paris-Sud (mai 2015). Big data en médecine. Acquisition et analyse des données de haut débit dans le but de détecter des variants génomiques (CGH, exome, génome), étudier les profils d’expression ou le statut épigénétique des cellules (expression array, RNA-seq, ChiP-seq, medip-seq).
UFR médecine Paris-Sud (janvier 2015) Méthodologie en biologie moléculaire et cellulaire et analyse d’article Conditions d'accèsNon renseigné |
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
La plateforme est soutenue financièrement par des crédits Gustave Roussy
Projets propres de la plateforme
Aucun (ou non renseigné)
Collaborations
Projets d'ANR
- INSERM Plan Cancer. “Molecular signature of radiation-induced thyroid cancers” . Partenaires: S. Chevillard (CEA Fontenay), L. Lacroix (Gustave Roussy), M Schlumberger (Gustave Roussy) + PF Bioinformatique. (2014-2016)
- INCA SIRIC MMO “Molecular Medicine in Oncology”. (2012-2017). Projet Gustave Roussy impliquant la plateforme de Bioinformatique et les laboratoires de recherche.
Projets européens et internationaux
Projets avec des industriels
- 17e FUI (Fond Unique Interministériel): Projet ICE “Interpretation of Clinical Exome”. Partenaires: Sté Integragen, Sté Sogeti High Tech, INSERM, Gustave Roussy. (2014-2017).
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Animations
Groupe de travail :
AAP INCA NGS : Volet 1 et volet 2. Participation à l’animation d’un groupe de travail dédié à la mise en place des technologie NGS dans un contexte clinique (en partenariat avec Institut Curie)