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IGR

Adresse postale
UMS INSERM 23/CNRS 3655 AMMICA
114 rue Edouard Vaillant 94800 Villejuif
Structure(s) :
INSERM, CNRS
Unité :
AMMICA, UMS 23 / CNRS 3655
Website
Gustave Roussy
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
Non renseigné
Equipe
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
420.00 To
Ferme de calcul
450 cores
Collection de données
15
Outils bioinformatiques
90
Nombre d'utilisateurs
25
Description des serveurs
- Cluster de calcul dédié à l’analyse de données de séquencage
- Serveur Galaxy
- Serveur d’applications

      - Shiny
      - Redmine
- Serveur dédié à l’analyse de données microarray


Condition d'accès

- Serveur Galaxy : Demande de compte auprès de la plate-forme. Ouvert à toute équipe exterieure à Gustave Roussy sur demande (adresse IP).
- Cluster de calcul : accessible exclusivement aux bioinformaticiens du site GR.
Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

DEVA

Description

Detection of variants from NGS data. Pipeline for variant detection adapted to exon capture from clinical DNA samples. Special options for germline or somatic variants are provided. Interface is available in command line or Galaxy system. Output from mutliple samples can be visualized and filtered using web-based interface.

Conditions d'accès

Accès : web server, https://galaxy.gustaveroussy.fr/galaxyprod
Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

VCF2HTML

Description

A visualization and filtering tool for multiple VCF (variant) datasets.

Conditions d'accès

Script documenté sur demande.
Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

SCA

Description

SCA (Similarity Core Analysis) is a computational framework for extracting the core molecular features, such as mRNA or miRNA signatures, common to tumors and corresponding cell lines.

Conditions d'accès

Programme fourni sur demande.
Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biologie
Description des expertises
● Bioanalyses
Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS)
- Microarray :
- Gene Expression (Agilent, Affymetrix)
- CGH array
- microRNA array
- NGS (DNA-seq):
- Détection de SNP (WES, WGS, TS)
- Détection de variants structuraux (LOH, CNV)
- ChipSeq
- NGS (RNA-seq) :
- Analyse différentielle
- recherche de transcrit de fusion
- recherche de splicing alternatif
- detection de SNP par RNA-seq

 

● Conseil / Support
Elaboration de cahier des charges pour des projets de recherche à composante "bioinformatique" : définition du projet bioinformatique, définition des compétences requises, rédaction de fiche de poste, recrutement de bioinformaticien, estimation du coût global. La plateforme peut se positionner en partenaire du projet ou en prestataire de service.

 

● Formations
Organisation de formations généraliste en interne. Organisation de formations spécifiques, sur demande, dans les locaux des demandeurs (utilisation d’un logiciel, explication de méthodologie bioinformatique, statistiques)

 

● R&D
Développement /Maintenance de pipelines d’analyse.
Développement à facon d’outils d’annotation / de visualisation de données NGS Développement de DB de données génomiques
Participation au developpement de DB en médecine personnalisée

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
  • Chip-seq
  • Profils de méthylation
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Génomique : Puces
  • Biopuces ADN
  • CGH
  • Fonctionelles
  • Biopuces ARN
  • Expression

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
120 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Bioinformatique, NGS et Cancer

Description

Co-organisation Atelier Cancéropole Ile de France « Bioinformatique, NGS et Cancer» (avril 2014 et Nov 2014)

Conditions d'accès

http://www.canceropole-idf.fr/fr/ngs
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Ecole NGS Aviesan Roscoff

Description

(nov 2013, oct 2014): responsabilité de l’atelier RNA-seq (Marc Deloger), intervention atelier CNV (Bastien Job).

Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Formation interne pipeline DEVA detection de variants par NGS

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné
Aucun site web renseigné
Personnes formées :
Non renseigné
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Formation interne pipeline RNASeq

Description
Non renseigné
Conditions d'accès
Non renseigné

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

IFSBM

Description
UFR médecine Paris-Sud (mai 2015). Big data en médecine. Acquisition et analyse des données de haut débit dans le but de détecter des variants génomiques (CGH, exome, génome), étudier les profils d’expression ou le statut épigénétique des cellules (expression array, RNA-seq, ChiP-seq, medip-seq).

 

UFR médecine Paris-Sud (janvier 2015) Méthodologie en biologie moléculaire et cellulaire et analyse d’article

Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
5 %
Régionaux
0 %
Locaux
95%
Description de la répartition :

La plateforme est soutenue financièrement par des crédits Gustave Roussy
Projets propres de la plateforme

Aucun (ou non renseigné)
Collaborations
Projets d'ANR
- INCA PAIR Mélanome. Partenaires: R. Ballotti (U. Nice), A. de la Fouchardière (Unicancer Lyon), B. Bressac (Gustave Roussy) + PF Bioinformatique (2014-17).

 

- INSERM Plan Cancer. “Molecular signature of radiation-induced thyroid cancers” . Partenaires: S. Chevillard (CEA Fontenay), L. Lacroix (Gustave Roussy), M Schlumberger (Gustave Roussy) + PF Bioinformatique. (2014-2016)

 

- INCA SIRIC MMO “Molecular Medicine in Oncology”. (2012-2017). Projet Gustave Roussy impliquant la plateforme de Bioinformatique et les laboratoires de recherche.

Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels

- 17e FUI (Fond Unique Interministériel): Projet ICE “Interpretation of Clinical Exome”. Partenaires: Sté Integragen, Sté Sogeti High Tech, INSERM, Gustave Roussy. (2014-2017).

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

Groupe de travail :
AAP INCA NGS : Volet 1 et volet 2. Participation à l’animation d’un groupe de travail dédié à la mise en place des technologie NGS dans un contexte clinique (en partenariat avec Institut Curie)
Publications internes
Publications externes
Malinge, S., C. Thiollier, T. M. Chlon, L. C. Doré, L. Diebold, O. Bluteau, V. Mabialah, W. Vainchenker, P. Dessen, S. Winandy, et al., "Ikaros inhibits megakaryopoiesis through functional interaction with GATA-1 and NOTCH signaling.", Blood, vol. 121, issue 13, pp. 2440-51, 2013 Mar 28.
Puget, S., C. Philippe, D. A. Bax, B. Job, P. Varlet, M-P. Junier, F. Andreiuolo, D. Carvalho, R. Reis, L. Guerrini-Rousseau, et al., "Mesenchymal transition and PDGFRA amplification/mutation are key distinct oncogenic events in pediatric diffuse intrinsic pontine gliomas.", PLoS One, vol. 7, issue 2, pp. e30313, 2012.
Carson, C., B. Omolo, H. Chu, Y. Zhou, M. J. Sambade, E. C. Peters, P. Tompkins, D. A. Simpson, N. E. Thomas, C. Fan, et al., "A prognostic signature of defective p53-dependent G1 checkpoint function in melanoma cell lines.", Pigment Cell Melanoma Res, vol. 25, issue 4, pp. 514-26, 2012 Jul.
Galluzzi, L., I. Vitale, L. Senovilla, K. André Olaussen, G. Pinna, T. Eisenberg, A. Goubar, I. Martins, J. Michels, G. Kratassiouk, et al., "Prognostic impact of vitamin B6 metabolism in lung cancer.", Cell Rep, vol. 2, issue 2, pp. 257-69, 2012 Aug 30.
Poaty, H., P. Coullin, E. Leguern, P. Dessen, A. Valent, J-M. Afoutou, J-F. Peko, J-J. Candelier, C. Gombé-Mbalawa, J-Y. Picard, et al., "[Cytogenomic studies of hydatiform moles and gestational choriocarcinoma].", Bull Cancer, vol. 99, issue 9, pp. 827-43, 2012 Sep.
Alexeyenko, A., W. Lee, M. Pernemalm, J. Guegan, P. Dessen, V. Lazar, J. Lehtiö, and Y. Pawitan, "Network enrichment analysis: extension of gene-set enrichment analysis to gene networks.", BMC Bioinformatics, vol. 13, pp. 226, 2012.
Galluzzi, L., I. Vitale, L. Senovilla, T. Eisenberg, D. Carmona-Gutierrez, E. Vacchelli, T. Robert, H. Ripoche, N. Jägemann, C. Paccard, et al., "Independent transcriptional reprogramming and apoptosis induction by cisplatin.", Cell Cycle, vol. 11, issue 18, pp. 3472-80, 2012 Sep 15.
Senovilla, L., I. Vitale, I. Martins, M. Tailler, C. Pailleret, M. Michaud, L. Galluzzi, S. Adjemian, O. Kepp, M. Niso-Santano, et al., "An immunosurveillance mechanism controls cancer cell ploidy.", Science, vol. 337, issue 6102, pp. 1678-84, 2012 Sep 28.
Arnedos, M., V. Scott, B. Job, J. De La Cruz, F. Commo, M. C. Mathieu, R. Wolp-Diniz, C. Richon, M. Campone, T. Bachelot, et al., "Array CGH and PIK3CA/AKT1 mutations to drive patients to specific targeted agents: a clinical experience in 108 patients with metastatic breast cancer.", Eur J Cancer, vol. 48, issue 15, pp. 2293-9, 2012 Oct.
Julien, S., A. Merino-Trigo, L. Lacroix, M. Pocard, D. Goéré, P. Mariani, S. Landron, L. Bigot, F. Nemati, P. Dartigues, et al., "Characterization of a large panel of patient-derived tumor xenografts representing the clinical heterogeneity of human colorectal cancer.", Clin Cancer Res, vol. 18, issue 19, pp. 5314-28, 2012 Oct 1.
Itzykson, R., O. Kosmider, A. Renneville, M. Morabito, C. Preudhomme, C. Berthon, L. Adès, P. Fenaux, U. Platzbecker, O. Gagey, et al., "Clonal architecture of chronic myelomonocytic leukemias.", Blood, vol. 121, issue 12, pp. 2186-98, 2013 Mar 21.
Huret, J-L., M. Ahmad, M. Arsaban, A. Bernheim, J. Cigna, F. Desangles, J-C. Guignard, M-C. Jacquemot-Perbal, M. Labarussias, V. Leberre, et al., "Atlas of genetics and cytogenetics in oncology and haematology in 2013.", Nucleic Acids Res, vol. 41, issue Database issue, pp. D920-4, 2013 Jan.
Laurent-Matha, V., P. F. Huesgen, O. Masson, D. Derocq, C. Prébois, M. Gary-Bobo, F. Lecaille, B. Rebière, G. Meurice, C. Oréar, et al., "Proteolysis of cystatin C by cathepsin D in the breast cancer microenvironment.", FASEB J, vol. 26, issue 12, pp. 5172-81, 2012 Dec.
Thiollier, C., C. K. Lopez, B. Gerby, C. Ignacimouttou, S. Poglio, Y. Duffourd, J. Guégan, P. Rivera-Munoz, O. Bluteau, V. Mabialah, et al., "Characterization of novel genomic alterations and therapeutic approaches using acute megakaryoblastic leukemia xenograft models.", J Exp Med, vol. 209, issue 11, pp. 2017-31, 2012 Oct 22.
Poaty, H., P. Coullin, J. Félix Peko, P. Dessen, A. Lucien Diatta, A. Valent, E. Leguern, S. Prévot, C. Gombé-Mbalawa, J-J. Candelier, et al., "Genome-wide high-resolution aCGH analysis of gestational choriocarcinomas.", PLoS One, vol. 7, issue 1, pp. e29426, 2012.
Lazar, V., N. Lassau, G. Meurice, Y. Loriot, C. Peña, C. Massard, C. Robert, T. Robert, M-A. Le Berre, T. de Baere, et al., "Sorafenib plus dacarbazine in solid tumors: a phase I study with dynamic contrast-enhanced ultrasonography and genomic analysis of sequential tumor biopsy samples.", Invest New Drugs, vol. 32, issue 2, pp. 312-22, 2014 Apr.
Tudoran, O. Mihaela, O. Soritau, L. Balacescu, L. Pop, G. Meurice, S. Visan, S. Lindberg, A. Eniu, U. Langel, O. Balacescu, et al., "PDGF beta targeting in cervical cancer cells suggest a fine-tuning of compensatory signalling pathways to sustain tumourigenic stimulation.", J Cell Mol Med, vol. 19, issue 2, pp. 371-82, 2015 Feb.
Loriot, Y., P. Mordant, D. Dugue, O. Geneste, A. Gombos, P. Opolon, J. Guegan, J-L. Perfettini, A. Pierre, L. K. Berthier, et al., "Radiosensitization by a novel Bcl-2 and Bcl-XL inhibitor S44563 in small-cell lung cancer.", Cell Death Dis, vol. 5, pp. e1423, 2014.
Damm, F., E. Mylonas, A. Cosson, K. Yoshida, V. Della Valle, E. Mouly, M'boyba. Diop, L. Scourzic, Y. Shiraishi, K. Chiba, et al., "Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients.", Cancer Discov, vol. 4, issue 9, pp. 1088-101, 2014 Sep.
Albiges, L., J. Guégan, A. Le Formal, V. Verkarre, N. Rioux-Leclercq, M. Sibony, J-C. Bernhard, P. Camparo, Z. Merabet, V. Molinie, et al., "MET is a potential target across all papillary renal cell carcinomas: result from a large molecular study of pRCC with CGH array and matching gene expression array.", Clin Cancer Res, vol. 20, issue 13, pp. 3411-21, 2014 Jul 1.
David, M., C. Naudin, M. Letourneur, M. Polrot, J-M. Renoir, V. Lazar, P. Dessen, S. Roche, J. Bertoglio, and J. Pierre, "Suppressor of cytokine signaling 1 modulates invasion and metastatic potential of colorectal cancer cells.", Mol Oncol, vol. 8, issue 5, pp. 942-55, 2014 Jul.
Albiges, L., A. Goubar, V. Scott, C. Vicier, C. Lefèbvre, S. Alsafadi, F. Commo, M. Saghatchian, V. Lazar, P. Dessen, et al., "Chk1 as a new therapeutic target in triple-negative breast cancer.", Breast, vol. 23, issue 3, pp. 250-8, 2014 Jun.
Noman, M. Zaeem, G. Desantis, B. Janji, M. Hasmim, S. Karray, P. Dessen, V. Bronte, and S. Chouaib, "PD-L1 is a novel direct target of HIF-1α, and its blockade under hypoxia enhanced MDSC-mediated T cell activation.", J Exp Med, vol. 211, issue 5, pp. 781-90, 2014 May 5.
Domingues, M. J., F. Rambow, B. Job, L. Papon, W. Liu, L. Larue, and J. Bonaventure, "β-catenin inhibitor ICAT modulates the invasive motility of melanoma cells.", Cancer Res, vol. 74, issue 7, pp. 1983-95, 2014 Apr 1.
Deberne, M., A. Levy, M. Mondini, P. Dessen, S. Vivet, A. Supiramaniam, M-C. Vozenin, and E. Deutsch, "The combination of the antiviral agent cidofovir and anti-EGFR antibody cetuximab exerts an antiproliferative effect on HPV-positive cervical cancer cell lines' in-vitro and in-vivo xenografts.", Anticancer Drugs, vol. 24, issue 6, pp. 599-608, 2013 Jul.
Nakouzi, N. Al, S. Cotteret, F. Commo, C. Gaudin, S. Rajpar, P. Dessen, P. Vielh, K. Fizazi, and A. Chauchereau, "Targeting CDC25C, PLK1 and CHEK1 to overcome Docetaxel resistance induced by loss of LZTS1 in prostate cancer.", Oncotarget, vol. 5, issue 3, pp. 667-78, 2014 Feb 15.
Descotes, F., P. Dessen, P. Paul Bringuier, M. Decaussin, P. Marie Martin, M. Adams, A. Villers, E. Lechevallier, X. Rebillard, C. Rodriguez-Lafrasse, et al., "Microarray gene expression profiling and analysis of bladder cancer supports the sub-classification of T1 tumours into T1a and T1b stages.", BJU Int, vol. 113, issue 2, pp. 333-42, 2014 Feb.
Romero, A. I., N. Chaput, V. Poirier-Colame, S. Rusakiewicz, N. Jacquelot, K. Chaba, E. Mortier, Y. Jacques, S. Caillat-Zucman, C. Flament, et al., "Regulation of CD4(+)NKG2D(+) Th1 cells in patients with metastatic melanoma treated with sorafenib: role of IL-15Rα and NKG2D triggering.", Cancer Res, vol. 74, issue 1, pp. 68-80, 2014 Jan 1.
Dmitriev, P., L. Stankevicins, E. Ansseau, A. Petrov, A. Barat, P. Dessen, T. Robert, A. Turki, V. Lazar, E. Labourer, et al., "Defective regulation of microRNA target genes in myoblasts from facioscapulohumeral dystrophy patients.", J Biol Chem, vol. 288, issue 49, pp. 34989-5002, 2013 Dec 6.
Lazar, V., C. Suo, C. Oréar, J. van den Oord, Z. Balogh, J. Guégan, B. Job, G. Meurice, H. Ripoche, S. Calza, et al., "Integrated molecular portrait of non-small cell lung cancers.", BMC Med Genomics, vol. 6, pp. 53, 2013.
Alsafadi, S., C. Even, C. Falet, A. Goubar, F. Commo, V. Scott, V. Quidville, L. Albiges, M-V. Dieci, J. Guégan, et al., "Retinoic acid receptor alpha amplifications and retinoic acid sensitivity in breast cancers.", Clin Breast Cancer, vol. 13, issue 5, pp. 401-8, 2013 Oct.
Mittempergher, L., M. Saghatchian, D. M. Wolf, S. Michiels, S. Canisius, P. Dessen, S. Delaloge, V. Lazar, S. C. Benz, T. Tursz, et al., "A gene signature for late distant metastasis in breast cancer identifies a potential mechanism of late recurrences.", Mol Oncol, vol. 7, issue 5, pp. 987-99, 2013 Oct.
Bluteau, O., T. Langlois, P. Rivera-Munoz, F. Favale, P. Rameau, G. Meurice, P. Dessen, E. Solary, H. Raslova, T. Mercher, et al., "Developmental changes in human megakaryopoiesis.", J Thromb Haemost, vol. 11, issue 9, pp. 1730-41, 2013 Sep.
Ali, A., O. Bluteau, K. Messaoudi, A. Palazzo, S. Boukour, L. Lordier, Y. Lecluse, P. Rameau, L. Kraus-Berthier, A. Jacquet-Bescond, et al., "Thrombocytopenia induced by the histone deacetylase inhibitor abexinostat involves p53-dependent and -independent mechanisms.", Cell Death Dis, vol. 4, pp. e738, 2013.
Quidville, V., S. Alsafadi, A. Goubar, F. Commo, V. Scott, C. Pioche-Durieu, I. Girault, S. Baconnais, E. Le Cam, V. Lazar, et al., "Targeting the deregulated spliceosome core machinery in cancer cells triggers mTOR blockade and autophagy.", Cancer Res, vol. 73, issue 7, pp. 2247-58, 2013 Apr 1.
Michels, J., I. Vitale, L. Galluzzi, J. Adam, K. André Olaussen, O. Kepp, L. Senovilla, I. Talhaoui, J. Guégan, D. Pierre Enot, et al., "Cisplatin resistance associated with PARP hyperactivation.", Cancer Res, vol. 73, issue 7, pp. 2271-80, 2013 Apr 1.
Dmitriev, P., A. Barat, A. Polesskaya, M. J. O'Connell, T. Robert, P. Dessen, T. A. Walsh, V. Lazar, A. Turki, G. Carnac, et al., "Simultaneous miRNA and mRNA transcriptome profiling of human myoblasts reveals a novel set of myogenic differentiation-associated miRNAs and their target genes.", BMC Genomics, vol. 14, pp. 265, 2013.
Ly, M., A. Valent, G. Diallo, F. Penault-Lorca, K. Dumke, V. Marty, P. Viehl, V. Lazar, B. Job, C. Richon, et al., "Gene copy number variations in breast cancer of Sub-Saharan African women.", Breast, vol. 22, issue 3, pp. 295-300, 2013 Jun.
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