PACA-Bioinfo

Adresse postale
Case 934
163 Avenue de Luminy 13009 Marseille
Structure(s) :
CNRS
Unité :
CNRS UMR7256
Website
PACA Bioinfo
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • CATI / CTAI
  • France-Génomique
  • Label IBiSA
  • RIO
Visites annuelles :
8 982 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
02-01-2019

Gbrowse virus géants

Description

Genomes références des principaux virus géants

Conditions d'accès

Libre accès

Visites annuelles :
800 000 an
Visites uniques :
100 000 an
Citations :
2 200
Téléchargements :
Non renseigné

Phylogeny.fr/ Blast-Explorer

Description

Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialist

Conditions d'accès

Gratuit

Aucun site web renseigné
Visites annuelles :
11 271 an
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
315
Téléchargements :
Non renseigné

Tcoffee

Description
Conditions d'accès

Gratuit

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
1 900
Téléchargements :
Non renseigné

ACD Tools 2.0

Description

A web-server for the generic analysis of large data sets of counts

Conditions d'accès

Gratuit

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Biotechnologie
  • Environnement
Description des expertises

Génomique procaryote et virale. Transcriptomique. Métagénomique. Protéomique. Biologie Structurale (EM and X-ray crystallography)

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Analyse de séquences
  • Bioinformatique structurale
  • Biostatistiques
  • Cartographie
  • Evolution et phylogénie
  • Génomique comparative
  • Protéomique
  • Aucun des termes ci-dessus ne convient

Formation professionnelle

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
3 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Projet AMIDEX "spongex"

Description
Non renseigné
Conditions d'accès

Accès en local aux différents clusters

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
2 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Master STIC pour la Santé

Description
Non renseigné
Conditions d'accès

Accès en local aux différents clusters

Répartition des utilisateurs
Internationaux
50 %
Nationaux
50 %
Régionaux
0 %
Locaux
0%
Description de la répartition :

Approximativement 50% internationaux.

Pas de traçabilité régionale/locale.

Projets propres de la plateforme

Nouvelle technologie de séquençage, long read • Oxford Nanopore Technologies Ltd • Oxford Science Park, Oxford, UK. OX4 4GA • Nouvelle techniques de prospections des bases de données à l'aide de l'information phylogénétique (Pplacer+)

Collaborations
Projets d'ANR

Tara-Oceans, Permagenomics (France-Génomique), Spongex (IDEX-AMU).

Projets européens et internationaux

Tara-Oceans, Oceanomics, MicroB3, BioMarks

Projets avec des industriels

Oceanomics, MicroB3

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations

EMBO Practical course: Bioinformatics and genomes analyses (Athène, 5-17 mai 2014).
(chaque année: 2012: Casablanca, 2013: La Réunion).

Publications internes
Mozar M. & Claverie J-M. (2014) Enlarging the Mimiviridae family using asparagine synthase as a sequence bait. Virology, 2014 Oct;466-467:112-22.
Publications externes
Berney C, Romac S, Mahé F, Santini S, Siano R, Bass D(2013) Vampires in the oceans: predatory cercozoan amoebae in marine habitats. ISME J.7:2387-99, PMID:23864128

Read BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, Mayer C, Miller J, Monier A, Salamov A, Young J, Aguilar M, Claverie JM, Frickenhaus S, Gonzalez K, Herman EK, Lin YC, Napier J, Ogata H, Sarno AF, Shmutz J, Schroeder D, de Vargas C, Verret F, von Dassow P, Valentin K, Van de Peer Y, Wheeler G, Dacks JB, Delwiche CF, Dyhrman ST, Glockner G, John U, Richards T, Worden AZ, Zhang X, Grigoriev IV, Allen AE, Bidle K, Borodovsky M, Bowler C, Brownlee C, Cock JM, Elias M, Gladyshev VN, Groth M, Guda C, Hadaegh A, Iglesias-Rodriguez MD, Jenkins J, Jones BM, Lawson T, Leese F, Lindquist E, Lobanov A, Lomsadze A, Malik SB, Marsh ME, Mackinder L, Mock T, Mueller-Roeber B, Pagarete A, Parker M, Probert I, Quesneville H, Raines C, Rensing SA, Riano-Pachon DM, Richier S, Rokitta S, Shiraiwa Y, Soanes DM, van der Giezen M, Wahlund TM, Williams B, Wilson W, Wolfe G, Wurch LL(2013) Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution.Nature.499 ;7457:209-13, PMID:23760476

Hingamp P, Grimsley N, Acinas SG, Clerissi C, Subirana L, Poulain J, Ferrera I, Sarmento H, Villar E, Lima-Mendez G, Faust K, Sunagawa S, Claverie JM, Moreau H, Desdevises Y, Bork P, Raes J, de Vargas C, Karsenti E, Kandels-Lewis S, Jaillon O, Not F, Pesant S, Wincker P, Ogata H(2013) Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes.ISME J. ; :,2013 Apr 11 - PMID:23575371

Bittner L, Gobet A, Audic S, Romac S, Egge ES, Santini S, Ogata H, Probert I, Edvardsen B, de Vargas C(2013) Diversity patterns of uncultured Haptophytes unravelled by pyrosequencing in Naples Bay.Mol Ecol. ; :,2013 Jan 22 - PMID:23163508

Jeanniard A, Dunigan DD, Gurnon JR, Agarkova IV, Kang M, Vitek J, Duncan G, McClung OW, Larsen M, Claverie JM, Van Etten JL, Blanc G(2013) Towards defining the chloroviruses: a genomic journey through a genus of large DNA viruses.BMC Genomics.14 ;1:158,2013 Mar 8 - PMID:23497343
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Legendre M, Bartoli J, Shmakova L, Jeudy S, Labadie K, Adrait A, Lescot M, Poirot O, Bertaux L, Bruley C, Couté Y, Rivkina E, Abergel C, Claverie JM. Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Mar 18;111(11):4274-9. PMID:24591590

Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M, Arslan D, Seltzer V, Bertaux L, Bruley C, Garin J, Claverie JM, Abergel C(2013) Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes.Science.341 ;6143:281-6,2013 Jul 19 - PMID:23869018

Santini S, Jeudy S, Bartoli J, Poirot O, Lescot M, Abergel C, Barbe V, Wommack KE, Noordeloos AA, Brussaard CP, Claverie JM(2013) Genome of Phaeocystis globosa virus PgV-16T highlights the common ancestry of the largest known DNA viruses infecting eukaryotes. Proc Natl Acad Sci U S A.110 ;26:10800-5,2013 Jun 25 - PMID:23754393

Legendre M, et al. (2018). Diversity and evolution of the emerging Pandoraviridae family. Nat Commun. 9(1):2285. doi: 10.1038/s41467-018-04698-4. PubMed PMID: 29891839; PubMed Central PMCID: PMC5995976.

 


Belahbib H, Renard E, Santini S, Jourda C, Claverie JM, Borchiellini C, Le Bivic A. New genomic data and analyses challenge the traditional vision of animal epithelium evolution. BMC Genomics. 2018 May 24;19(1):393. doi: 10.1186/s12864-018-4715-9. PubMed PMID: 29793430;

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