MicroScope

Adresse postale
2, rue Gaston Crémieux, CP 5706 91057 Evry
Structure(s) :
CEA
Unité :
LABGeM, Génomique Métabolique, Genoscope, Institut François Jacob, CEA, CNRS, Université d’Evry, Université Paris-Saclay
Website
MicroScope
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
  • France-Génomique
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
  • NF X50-900
Visites annuelles :
55 000 an
Visites uniques :
11 000 an
Citations :
910
Téléchargements :
Non renseigné

MicroScope

Description

Located at Genoscope (CEA sequencing center for environmental genomics), the LABGeM bioinformatics team has developed MicroScope, a web-based platform for prokaryotic genome analysis and expert functional annotation.

MicroScope combines tools and graphical interfaces to analyze genomes and to perform manual curation of gene function in a comparative and metabolic context.

This platform provides data from completed and ongoing genome projects together with post-genomic experiments (i.e. transcriptomics, re-sequencing of evolved strains) allowing users to improve the understanding of gene functions. Expert annotations are continuously gathered in the MicroScope database contributing to the improvement of the quality of microbial genome annotations, and thus to the predicted metabolic networks.

MicroScope can be used as a community resource for comparative analysis and annotation of publicly available genomes but also as a private resource with restricted access rights on genomic data. In addition, we regularly hold professional trainings sessions on the use of MicroScope platform.

 

Conditions d'accès
  • Free for academics.
  • Sales quote available on demand for non-academics 

Service features:

  • Microbial genome annotation (complete, WGS or metagenome-assembled genomes)
  • Comparative genomics and pangenomics
  • Function and biological process predictions
  • Metabolic network reconstruction 
  • Analysis of transcriptomics data
  • Variant calling of evolved strains
  • Technical support
  • Trainings on prokaryotic genome annotation  and on the curation of metabolic networks 

More details here.

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biotechnologie
Description des expertises
  • Développement de méthodes et d’outils destinés à l’annotation, à la génomique et au métabolisme comparatifs de génomes bactériens.
  • Organisation et gestion de données génomiques et métaboliques dans des structures de bases de données.
  • Prédiction et analyse de réseaux et modèles métaboliques de génomes bactériens.
  • Analyse de données NGS : projets d’évolution (polymorphismes) et de transcriptomique (RNA-seq).
  • Développement d’interfaces Web conviviales pour l’utilisation des outils d’analyses et l’annotation experte (composant MaGe, Magnifying Genomes).
  • Service pour l’analyse de données génomiques ouvert à la communauté internationale des microbiologistes.
  • Formations à l’annotation, à l’analyse comparative génomique et métabolique et à l’analyse de données de transcriptomique avec l’interface graphique MaGe.
Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Méthodologie
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Génomique (DNA-seq)
  • Analyse de génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Génomes complets
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Algorithmique des séquences
  • Alignement (multiple) de séquences
  • Annotation de séquences
  • Recherche de motifs
  • Prédiction d'homologie/orthologie
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Intégration de données hétérogènes
  • Représentation des connaissances
  • Biologie des systèmes
  • Modélisation des réseaux métaboliques
  • Modélisation des systèmes
  • Curation de collections de données
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Génomique comparative
  • Comparaison des génomes
  • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices

Formation professionnelle

Personnes formées :
30 personnes / an
Temps de formation :
10 jour(s) / an
Prochaine session :
25-09-2017

Formations à la plate-forme Microscope

Description

L'équipe LABGeM du Genoscope organise régulièrement des formations dédiées à l'analyse de génomes bactériens via l'utilisation de la plate-forme MicroScope.
La prochaine formation "Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform" aura lieu sur 4,5 jours à Evry, du lundi 25 Septembre 2017 au Vendredi 29 Septembre 2017.

Les objectifs de cette formation sont de permettre aux participants de :
   • acquérir les connaissances théoriques et pratiques des outils d’annotation de génomes (annotation structurale et fonctionnelle, annotation de réseaux métaboliques)
   • savoir interpréter les résultats des outils d’annotation fonctionnelle
   • savoir faire des analyses comparatives variées : analyses de synténies conservées, pan-génomes, profils phylogénétiques et métaboliques.
   • apprendre à interpréter les résultats des outils de prédiction de réseaux métaboliques et à rechercher des gènes candidats pour des activités enzymatiques.
   • appliquer les outils enseignés à l’analyse de génomes d’intérêt pour les participants

Chaque session est composée pour moitié de théorie et pour moitié de travaux pratiques. Durant la formation, les participants ont la possibilité de travailler sur leurs propres données pendant les travaux pratiques.
Cette formation s'adresse plus particulièrement aux doctorants, ingénieurs, chercheurs, techniciens expérimentés de laboratoire biologiques ou médicaux.
Elle concerne aussi bien les personnes ayant déjà un projet d'annotation sur cette plate-forme et souhaitant approfondir son utilisation, qu'à celles souhaitant s'initier à la génomique microbienne.

En complément, si vous êtes utilisateur de la plate-forme MicroScope et que vous avez déjà suivi la formation 
"Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform" il y a quelques années nous mettons en place une nouvelle formation,
la formation "Plate-forme MicroScope - cours avancé".

En effet, La plate-forme MicroScope étant en constante évolution, nous vous proposons de mettre à jour vos connaissances sur ses dernières évolutions et 
d'approfondir certaines de ses fonctionnalités majeures.

Cette formation permettra donc de consolider votre utilisation de la plate-forme mais également d'aller plus loin :
   • Présentation des évolutions de la plate-forme MicroScope
   • Présentation des nouvelles fonctionnalités phares de la plate-forme MicroScope 
   • Présentation des outils pour les analyses RNA-seq
   • Approfondissement des fonctionnalités permettant l’exploration du métabolisme bactérien

Elle aura lieu sur 2 jours à Evry du Lundi 4 Décembre 2017 au Mardi 5 Décembre 2017.

 

 
Conditions d'accès

Pour plus d'information et pour s'inscrire :
https://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/training

Nos collaborateurs de l'Université d'Evry-Val d'Essonne en charge de l'organisation de la formation prendront ensuite contact avec vous afin de vous transmettre le devis, ainsi que la convention de formation.

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
50 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue

Formation universitaire

Description
  • analyses in silico de Genomes Procaryotes (master GENIOME Evry/Orsay/Versailles).
  • ingénierie Métabolique 'reconstruction des réseaux Métaboliques' (master MSSB Evry).
  • module de Génomique du master M2BI (Paris 7)
Conditions d'accès
Non renseigné
Répartition des utilisateurs
Internationaux
60 %
Nationaux
25 %
Régionaux
10 %
Locaux
5%
Description de la répartition :

From <400 user accounts in 2006, MicroScope counts >4200 personal accounts at present time. The number of registered users has doubled since 2013, and the platform has even widened its international popularity with 64% of accounts outside France.

Many international projects are conducted through the platform involving users from distant geographic areas. Although authentication is not required to navigate in MicroScope, it allows users to annotate genes and save data on their personal session.

On average per month, we count 360 active accounts (i.e. the user logged in at least once in the month). 

Projets propres de la plateforme
  • Tools for bacterial genome annotation and comparative genomics
  • Metabolic network reconstruction
  • Curation of metabolic data
  • Discovery of new enzymatic activities
  • Quantitative transcriptomics via RNA-seq
  • Variant analysis
  • Pangenomics and (meta)genomics analyses
Collaborations
Projets d'ANR

REPLICOLSCOPE (ANR GENOM 2011-2015) ; VIBRIOGEN: (ANR Blanc 2011-2015) ; SHAPE (ANR BioAdapt 2012-2016) ; BugInACell (ANR Blanc 013-2017) ; BLUE ENZYMES (ANR “Sécurité alimentaire et défi démographique” 2014-2018) ; MOPAD  (projet BPI 2014-2017)
France Génomique (FG)  - Développements méthodologiques pour le workpackage 2.7.2 de FG: annotation et analyse de métagénomes (2012-2016)
Institut Français de Bioinformatique (IFB) – Développements méthodologiques pour la thématique “Microbial bioinformatics” de l’IFB (2013-2016)
SYNBIOWATCH (NRBC programme transversal du CEA 2011-2015)

Projets européens et internationaux

MetaCat (EU ERA NET 2015) ; ELIXIR (WS « Data and Resources »)

Projets avec des industriels

Contrat de service avec DANONE RESEARCH (depuis 2010)
MOPAD  (projet BPI en partenariat avec LIMAGRAIN & BIOVITIS Sept. 2014-2017)

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Non renseigné
Publications internes

Vallenet, D., Belda, E., Calteau, A., Cruveiller, S., Engelen, S., Lajus, A., Le Fevre, F., Longin, C., Mornico, D., Roche, D., Rouy, Z., Salvignol, G., Scarpelli, C., Thil Smith, A. A., Weiman, M. & Médigue, C. (2013).
"MicroScope--an integrated microbial resource for the curation and comparative analysis of genomic and metabolic data." Nucleic Acids Res 41(Database issue): D636-647.


Belda, E., Sekowska, A., Le Fevre, F., Morgat, A., Mornico, D., Ouzounis, C., Vallenet, D., Médigue, C. & Danchin, A. (2013). "An updated metabolic view of the Bacillus subtilis 168 genome." Microbiology 159(Pt 4): 757-770.


Sorokina M., Stam M., Médigue C., Lespinet O. and Vallenet D. (2014). "Profiling the orphan enzymes." Biol Direct 9: 10.

Calteau A, Fewer DP, Latifi A, Coursin T, Laurent T, Jokela J, Kerfeld CA, Sivonen K, Piel J, Gugger M. (2014). "Phylum-wide comparative genomics unravel the diversity of secondary metabolism in Cyanobacteria." BMC Genomics 15: 977.
Publications externes
Goudenege, D., Labreuche, Y., Krin, E., Ansquer, D., Mangenot, S., Calteau, A., Médigue, C., Mazel, D., Polz, M. F. & Le Roux, F. (2013). "Comparative genomics of pathogenic lineages of Vibrio nigripulchritudo identifies virulence-associated traits." ISME J 7(10): 1985-1996.

Guan, S. H., Gris, C., Cruveiller, S., Pouzet, C., Tasse, L., Leru, A., Maillard, A., Médigue, C., Batut, J., Masson-Boivin, C. & Capela, D. (2013). "Experimental evolution of nodule intracellular infection in legume symbionts." ISME J 7(7): 1367-1377.

Humbert, J. F., Barbe, V., Latifi, A., Gugger, M., Calteau, A., Coursin, T., Lajus, A., Castelli, V., Oztas, S., Samson, G., Longin, C., Médigue, C. & de Marsac, N. T. (2013). "A tribute to disorder in the genome of the bloom-forming freshwater cyanobacterium Microcystis aeruginosa." PLoS One 8(8): e70747.

Kristiansen, R., Nguyen, H. T., Saunders, A. M., Nielsen, J. L., Wimmer, R., Le, V. Q., McIlroy, S. J., Petrovski, S., Seviour, R. J., Calteau, A., Nielsen, K. L. & Nielsen, P. H. (2013). "A metabolic model for members of the genus Tetrasphaera involved in enhanced biological phosphorus removal." ISME J 7(3): 543-554.

Leikoski, N., Liu, L., Jokela, J., Wahlsten, M., Gugger, M., Calteau, A., Permi, P., Kerfeld, C. A., Sivonen, K. & Fewer, D. P. (2013). "Genome mining expands the chemical diversity of the cyanobactin family to include highly modified linear peptides." Chem Biol 20(8): 1033-1043.

Andres J, Arsène-Ploetze F, Barbe V, Brochier-Armanet C, Cleiss-Arnold J, Coppée JY, Dillies MA, Geist L, Joublin A, Koechler S, Lassalle F, Marchal M, Médigue C, Muller D, Nesme X, Plewniak F, Proux C, Ramírez-Bahena MH, Schenowitz C, Sismeiro O, Vallenet D, Santini JM, Bertin PN. (2013). "Life in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26." Genome Biol Evol 5(5): 934-953.

Le Gac M, Cooper TF, Cruveiller S, Médigue C, Schneider D. (2013). "Evolutionary history and genetic parallelism affect correlated responses to evolution." Mol Ecol 22(12): 3292-3303.

Shih, P. M., Wu, D., Latifi, A., Axen, S. D., Fewer, D. P., Talla, E., Calteau, A., Cai, F., Tandeau de Marsac, N., Rippka, R., Herdman, M., Sivonen, K., Coursin, T., Laurent, T., Goodwin, L., Nolan, M., Davenport, K. W., Han, C. S., Rubin, E. M., Eisen, J. A., Woyke, T., Gugger, M. & Kerfeld, C. A. (2013). "Improving the coverage of the cyanobacterial phylum using diversity-driven genome sequencing." Proc Natl Acad Sci U S A 110(3): 1053-1058.

Supply, P., Marceau, M., Mangenot, S., Roche, D., Rouanet, C., Khanna, V., Majlessi, L., Criscuolo, A., Tap, J., Pawlik, A., Fiette, L., Orgeur, M., Fabre, M., Parmentier, C., Frigui, W., Simeone, R., Boritsch, E. C., Debrie, A. S., Willery, E., Walker, D., Quail, M. A., Ma, L., Bouchier, C., Salvignol, G., Sayes, F., Cascioferro, A., Seemann, T., Barbe, V., Locht, C., Gutierrez, M. C., Leclerc, C., Bentley, S. D., Stinear, T. P., Brisse, S., Médigue, C., Parkhill, J., Cruveiller, S. & Brosch, R. (2013). "Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis." Nat Genet 45(2): 172-179.

Sugawara, M., Epstein, B., Badgley, B., Unno, T., Xu, L., Reese, J., Gyaneshwar, P., Denny, R., Mudge, J., Bharti, A. K., Farmer, A. D., May, G. D., Woodward, J. E., Médigue, C., Vallenet, D., Lajus, A., Rouy, Z., Martinez-Vaz, B., Tiffin, P., Young, N. D. & Sadowsky, M. J. (2013). "Comparative genomics of the core and accessory genomes of 48 Sinorhizobium strains comprising five genospecies." Genome Biol 14(2): R17.

Wielgoss, S., Barrick, J. E., Tenaillon, O., Wiser, M. J., Dittmar, W. J., Cruveiller, S., Chane-Woon-Ming, B., Médigue, C., Lenski, R. E. & Schneider, D. (2013). "Mutation rate dynamics in a bacterial population reflect tension between adaptation and genetic load." Proc Natl Acad Sci U S A 110(1): 222-227.

Zoropogui, A., Pujic, P., Normand, P., Barbe, V., Belli, P., Graindorge, A., Roche, D., Vallenet, D., Mangenot, S., Boiron, P., Rodriguez-Nava, V., Ribun, S., Richard, Y., Cournoyer, B. & Blaha, D. (2013). "The Nocardia cyriacigeorgica GUH-2 genome shows ongoing adaptation of an environmental Actinobacteria to a pathogen's lifestyle." BMC Genomics 14: 286.

Ji, B., Zhang, S. D., Arnoux, P., Rouy, Z., Alberto, F., Philippe, N., Murat, D., Zhang, W. J., Rioux, J. B., Ginet, N., Sabaty, M., Mangenot, S., Pradel, N., Tian, J., Yang, J., Zhang, L., Zhang, W., Pan, H., Henrissat, B., Coutinho, P. M., Li, Y., Xiao, T., Médigue, C., Barbe, V., Pignol, D., Talla, E. & Wu, L. F. (2014). "Comparative genomic analysis provides insights into the evolution and niche adaptation of marine Magnetospira sp. QH-2 strain." Environ Microbiol 16(2): 525-544.

Plucain J, Hindré T, Le Gac M, Tenaillon O, Cruveiller S, Médigue C, Leiby N, Harcombe WR, Marx CJ, Lenski RE, Schneider D. (2014). "Epistasis and allele specificity in the emergence of a stable polymorphism in Escherichia coli." Science 343(6177): 1366-1369.

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Remigi P, Capela D, Clerissi C, Tasse L, Torchet R, Bouchez O, Batut J, Cruveiller S, Rocha EP, Masson-Boivin C. (2014). "Transient hypermutagenesis accelerates the evolution of legume endosymbionts following horizontal gene transfer." PLoS Biol 12(9): e1001942.

Billard-Pomares T, Fouteau S, Jacquet ME, Roche D, Barbe V, Castellanos M, Bouet JY, Cruveiller S, Médigue C, Blanco J, Clermont O, Denamur E, Branger C. (2014). "Characterization of a P1-like bacteriophage carrying an SHV-2 extended-spectrum beta-lactamase from an Escherichia coli strain." Antimicrob Agents Chemother 58(11): 6550-6557.

de Groot A, Roche D, Fernandez B, Ludanyi M, Cruveiller S, Pignol D, Vallenet D, Armengaud J, Blanchard L. (2014). "RNA sequencing and proteogenomics reveal the importance of leaderless mRNAs in the radiation-tolerant bacterium Deinococcus deserti." Genome Biol Evol 6(4): 932-948.

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Ogier JC, Pagès S, Bisch G, Chiapello H, Médigue C, Rouy Z, Teyssier C, Vincent S, Tailliez P, Givaudan A, Gaudriault S. (2014). "Attenuated virulence and genomic reductive evolution in the entomopathogenic bacterial symbiont species, Xenorhabdus poinarii." Genome Biol Evol 6(6): 1495-1513.

Lemire A, Goudenège D, Versigny T, Petton B, Calteau A, Labreuche Y, Le Roux F. Populations, not clones, are the unit of vibrio pathogenesis in naturally infected oysters. ISME J. 2014 Dec 9. doi: 10.1038/ismej.2014.233. [Epub ahead of print].

Goudenège D, Travers M, Lemire A, Petton B, Haffner P, Labreuche Y, Tourbiez D, Mangenot S, Calteau A, Mazel D, Nicolas JL, Jacq A, Le Roux F. (2014). "A single regulatory gene is sufficient to alter Vibrio aestuarianus pathogenicity in oysters." Environ Microbiol.

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Zhang SD, Barbe V, Garel M, Zhang WJ, Chen H, Santini CL, Murat D, Jing H, Zhao Y, Lajus A, Martini S, Pradel N, Tamburini C, Wu LF. (2014). "Genome Sequence of Luminous Piezophile Photobacterium phosphoreum ANT-2200." Genome Announc 2(2).
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Bastard K, Smith AA, Vergne-Vaxelaire C, Perret A, Zaparucha A, De Melo-Minardi R, Mariage A, Boutard M, Debard A, Lechaplais C, Pelle C, Pellouin V, Perchat N, Petit JL, Kreimeyer A, Médigue C, Weissenbach J, Artiguenave F, De Berardinis V, Vallenet D, Salanoubat M. (2014). "Revealing the hidden functional diversity of an enzyme family." Nat Chem Biol 10(1): 42-49.

Stuani L, Lechaplais C, Salminen AV, Ségurens B, Durot M, Castelli V, Pinet A, Labadie K, Cruveiller S, Weissenbach J, de Berardinis V, Salanoubat M, Perret A. (2014). "Novel metabolic features in Acinetobacter baylyi ADP1 revealed by a multiomics approach." Metabolomics 10(6): 1223-1238.
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