Réponse de la direction IFB à l’article “Ca ne vaut pas un cloud” (Canard Enchaîné du 2 mai 2018)

Bien plus qu’une poignée de clouds, une boîte à outils pour la biologie

Dans un entrefilet incendiaire intitulé Ca ne vaut pas un cloud, le Canard Enchaîné fait écho à des plaintes émises par des chercheurs biologistes et par “une scientifique” qui “râle”, concernant la politique mise en place par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) pour “mettre l’ordinateur au service de la biologie”, et mentionne un rapport d’experts critiquant le choix de la technologie du cloud computing.

Nous sommes surpris et embarrassés par le décalage total de cet article par rapport au processus de restructuration entrepris au printemps 2017, et dont le plan d’action 2018-2021, après avoir été évalué par un comité composé de représentants de cinq établissements de recherche (CNRS, Inserm, INRA, CEA, Inria) et par des experts internationaux, vient d’être approuvé ce 3 mai par le Comité de Pilotage de l’action Santé Biotechnologies du Plan Investissements d’Avenir.

Le rôle de l’IFB est de répondre à la demande des chercheurs en sciences de la vie et de la santé afin d’assurer le traitement informatique de leurs données (stockage, calcul, outils logiciels, bases de données, support aux usagers). Ceci implique la capacité de  traiter les données massives produites par des centaines de laboratoires, avec un volume en augmentation exponentielle suite au développement du séquençage massivement parallèle.

Le plan d’action 2018-2021 appuie son offre de service sur un réseau de 31 plateformes réparties sur l’ensemble du territoire, qui fédère l’expertise de centaines de bioinformaticiens, confrontés de façon quotidienne aux demandes des chercheurs en sciences de la vie et de la santé.  La nouvelle feuille de route inclut une réorientation majeure des ressources informatiques vers une architecture hybride cluster + cloud, qui combine les avantages de ces deux types d’infrastructures, tout en réduisant les coûts de l’investissement matériel afin de renforcer le recrutement de personnel pour assurer le support aux biologistes. L’IFB tient également ses promesses concernant l’accès aux  données biologiques, via plusieurs actions visant à faciliter le développement des bases de données françaises, et à les faire homologuer dans le catalogue des ressources bioinformatiques européennes (ELIXIR).

L’article du Canard ignore ce plan de restructuration, et est truffé  d’anachronismes, d’erreurs factuelles et d’imprécisions, pour lesquels nous déplorons l’absence totale de réponse du Canard.

 

  • La journaliste ne nous a pas fourni la moindre information quant au mystérieux “système parallèle simple et pas cher” développé par les biologistes. Quel est le nom de ce système, et où peut-on le trouver ? S’il est en mesure de relever les défis mentionnés ci-dessus, nous invitons ses concepteurs à le partager d’urgence avec la communauté, comme nous le faisons pour l’ensemble de nos ressources.
  • Le budget évoqué surestime largement le coût du cloud, qui n'a pas coûté 6.8 mais 3 millions d’euros (dont 1 million a aujourd’hui été  converti en cluster suite à la restructuration).
  • La dernière grande réunion organisée en janvier par l’IFB était son assemblée générale … de 2017, qui précédait la restructuration. L’amertume de ses participants ne tenait donc pas compte de la nouvelle feuille de route, élaborée en août 2017. Par contre, si la journaliste se réfère au mois de janvier 2018, la seule grande rencontre organisée par l’IFB était une concertation entre les responsables des 31 plateformes de l’IFB, qui visait à exposer le plan de travail 2018-2021. Quoi qu’il en soit, les “chercheurs en biologie” venus de toute la France étaient donc des bio-informaticiens directement impliqués dans le fonctionnement de l’institut.

 

Enfin, l’affirmation “la patronne de l’IFB refuse de répondre” est parfaitement infondée: interpellée, la journaliste répond avoir “ tenté de joindre [la direction] à plusieurs reprises, par téléphone et sms” sans obtenir de réponse. Nous n’avons trouvé aucune trace d’appel en absence ou de SMS, et nous nous étonnons qu’elle n’ait pas pensé à envoyer un simple courriel pour s’assurer de tomber sur la bonne personne.

La journaliste semble s’être appuyée sur des informations obsolètes et douteuses, pour lesquelles on peut s’interroger sur les intentions de la ou des personnes les lui ayant communiquées. En définitive, le billet incendiaire s’avère n’être qu’un pétard mouillé.

 

Le collège de direction de l’IFB: Claudine Médigue (directrice),  Christine Gaspin, Vincent Lefort, Ivan Moszer, Jacques van Helden (coordinateur).

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