Ingénieur(e) Développeur/DevOps

Type de poste: CDD Technique/Administratif
Date de début: 01/02/2021
Durée: 12 mois
Ville: Roscoff, Strasbourg ou Rennes
Nom du contact: Gildas Le Corguillé & Julien Seiler
Plateforme: IFB-core
 
 
 

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale qui regroupe 30 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-Core (UMS3601). En 2018, la  TaskForce IFB Cluster a construit une infrastructure centralisée de type HPC, l'IFB Core Cluster. La TaskForce IFB Cluster est une équipe “virtuelle” regroupant une dizaine d'ingénieurs répartie sur 7 des plateformes régionales de l'IFB.
Cette équipe en parallèle du montage, de la gestion de l'IFB Core Cluster et de l'animation du réseau IFB NNCR Cluster (National Network of Computational Resources), opère l'instance Galaxy nationale usegalaxy.fr.

Galaxy est une plateforme ouverte et collaborative qui rend l'analyse bioinformatique accessible, reproductible et transparente. Elle permet d'accéder à des outils de bioinformatique, initialement prévus pour la ligne de commande ou le scripting, via une interface web sans prérequis en langage de programmation ou Linux.

usegalaxy.fr se veut une ressource centrale, elle a vocation à rassembler différentes instances thématiques ou locales. Elle a déjà vu la migration des instances workflow4metabolomics.org, proteore.org et devrait voir arriver dans un avenir proche les instances des plateformes ABiMS (Roscoff) et IGBMC (Strasbourg). Ainsi, cette initiative permet de fédérer les efforts sur la maintenance et le support. usegalaxy.fr est géré de manière collaborative et ouverte via un ensemble de dépôts GitLab et l'usage de robots d'Intégration Continue (CI): gitlab-runner, Ansible.

Afin de renforcer l'équipe usegalaxy.fr, l'IFB recrute un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) ou DevOps. L'ingénieur(e) sera recruté(e) par l'UMS 3601 (CNRS) de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Pour la réalisation de ses missions, il/elle sera accueilli(e) au sein d'une des plateformes de l'IFB impliquée directement dans la mise en œuvre de ce projet, et bénéficiera ainsi d'un encadrement technique adapté au service du collectif.
La localisation pourra tenir compte du profil des candidats et des compétences apportées par l'ingénieur(e) recruté(e). Les plateformes identifiées pour héberger l'ingénieur(e) recruté(e) sont : Roscoff, Strasbourg et Rennes.

 

Missions

L'ingénieur(e) aura pour principale mission de contribuer au développement, à l'évolution, au déploiement et au maintien en condition opérationnelle de cette infrastructure. Il/Elle sera aussi en contact avec les utilisateurs finaux pour leur apporter solutions et assistances (helpdesk). Enfin, il/elle prendra part aux potentielles initiatives de collaboration à l'échelle européenne autour du Working Group Galaxy ELIXIR (ex: adhérer au réseau Pulsar, participer à usegalaxy.*, ...).

Activités 

Activités principales: 

  • Participer à l'évolution de l'instance : mise à jour, évaluation et implémentation des nouvelles fonctionnalités …
  • Aide à l'administration de l'instance usegalaxy.fr : installation d'outils, banques, gestion des quotas, débogage ...
  • Assurer une veille technologique.
  • Participer aux initiatives européennes et internationales autour du projet Galaxy
  • Participer ou prendre en charge aux portages d'outils (wrapping) sous Galaxy
  • Participer ou prendre à la création de package Conda

    Activités associées :
  • Présenter ses activités : webinar, réunions de travail en visio et en présentiel...
  • Participer à l'assistance et au support utilisateur.
  • Participer à l'organisation et à la réalisation de formations à l'utilisation de Galaxy

 

Compétences 

Compétences souhaitées:

  • Savoir-faire
  • Maîtrise d'au moins un langage de scripting (Python…).
  • Maîtrise des outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.).
  • Maîtrise d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt, ...).
  • Maîtrise de l'outil de versionning git.
  • Bonne connaissance des solutions de conteneurs et de gestion d'infrastructures pour applications conteneurisées.
  • Bonne connaissance des environnements Linux (Ubuntu…).
  • Notions générales en architecture système et réseau .
  • Bonne compréhension de l'anglais oral et écrit (niveau européen B2-C1).
  • Savoir rédiger des documentations, notamment sur des systèmes de type WiKi.

    Savoir être: 

  • Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
  • Capacité à travailler à distance.
  • Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
  • Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.
  • Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
  • Capacité d'écoute et sens du contact.

Postuler

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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