Le cluster ifb-core

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  • location : Orsay (IDRIS)
  • Compute (#CPU HT*) : 4300
  • Storage (#TB) : [2]400
  • RAM (#GB) : 20008
  • RAM/core (#GB) : 4.65
  • GPU (#Card) : -
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    Qu'est-ce que le cluster IFB-core ?

     

    Le cluster de l’IFB-core est en production depuis novembre 2018. Il est composé de 4300 cœurs (hyperthreadés) et de 400 To de stockage. Son but est de donner accès à des ressources bioinformatiques générales et spécialisées à des utilisateurs de différents domaines (biologistes et bioinformaticiens) et niveaux d’expertise (du novice à l’expert).

    L’administration du cluster IFB-core se fait en collaboration. Plus de six ingénieurs de cinq plateformes IFB construisent et contribuent quotidiennement au projet. Afin de gérer les multiples contributions, celles-ci sont gérées par des mécanismes CI (Ansible + Gitlab runner) connectés à un dépôt de code commun (Gitlab).

    Offre de service actuelle

     

    Documentation utilisateur (N’hésitez pas à nous proposer des ajouts ou modifications)  https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/

    • Usage SSH. Un accès ssh au noeud de “login” du cluster est fourni suite à une demande de compte. Une fois connecté l’utilisateur peut solliciter l’infrastructure via le système de soumission SLURM.
    • Formation. Le cluster de l’IFB peut héberger des sessions de formation. Une prise de contact en amont est cependant recommandée pour garantir la meilleure expérience possible : contact-nncr-cluster@groupes.france-bioinformatique.fr. En amont de chaque session de formation, nous recueillons les besoins des enseignants en matière d’outils, de banques et de comptes d’étudiants. Des dossiers de projets partagés sont créés pour permettre aux formateurs, aux tuteurs et aux stagiaires de travailler dans des espaces de travail identiques et privés. Enfin, un environnement logiciel personnalisé est créé (environnement Conda), ce qui garantit la reproductibilité des résultats, la réutilisation du matériel pédagogique pour d’autres formations et la portabilité de l’ensemble de l’environnement logiciel.

    • RStudio. Pour utiliser R directement dans votre navigateur, vous devez faire une demande de compte au préalable : https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr.

    • Entraide et support communautaire. Un lieu pour demander du support sur le Cluster, mais surtout pour échanger, s’entraider et discuter autour de la bioinformatique (inscription libre). https://community.france-bioinformatique.fr

    • Contribuer. Tous les utilisateurs peuvent participer à l’effort de développement du Cluster via Git (installer des logiciels, mettre en place de nouveaux services, améliorer la documentation, etc).  https://gitlab.com/ifb-elixirfr

    • Galaxy. Le Core Cluster propose une instance dite généraliste de type usegalaxy.org et des instances thématiques (Métabolomique/Workflow4Metabolomics, Protéomique/Proteor, ...): https://usegalaxy.fr.  La mise à disposition ou la diffusion d’outils “maison” seront possibles mais des pré-requis en terme de qualité seront exigés.
    • Hébergement d’application. Le Core Cluster pourra héberger sur demande des applications pérennes de type Web.

    Perspectives de l’offre de service à venir

    • Une instance JupyterHub sera prochainement disponible

    • Une nouvelle solution de stockage de 2 PB sera disponible à partir de Septembre 2020

    Contribuer à la TaskForce IFB-core Cluster

    Vous avez des compétences en outils de bioinformatique ou en administration systèmes, rejoignez la TaskForce Cluster de l’IFB pour déployer vos outils ou contribuer à la gestion de l’infrastructure IFB. N’hésitez pas à prendre contact en envoyant un mail à contact-nncr-core@france-bioinformatique.fr. Dans le cas contraire si vous souhaitez vous former aux technologies utilisées sur l’infrastructure, des sessions de formations/tutorats sont proposées régulièrement.

    > Intégration continue (CI) & Travail collaboratif. L’administration des ressources se fait de façon collaborative. Afin de maîtriser les contributions multiples, celles ci sont gérées par un mécanisme d’intégration continue branché sur un dépôt de code commun.

    > La traçabilité. Toutes les actions d’installation, de paramétrage et de maintenance doivent être tracées au maximum. Ceci afin de :

    • Débugger
    • Pouvoir revenir en arrière en cas de problème
    • Informer les autres administrateurs des modifications apportées

    Nous avons choisi d’utiliser un répertoire Git hébergé sur un GitLab. Git remplit tous nos besoins en traçabilité. L’interface GitLab quant à elle, nous offre un lieu d’échange et offre la possibilité de fonctionner par Merge Request (Pull Request). Ces MR nous obligent à insérer un phase de review de code avant la mise en production. Chaque modification ou ajout est ainsi validé par un pair pour éviter les erreurs et pour garantir qu’au moins 2 personnes sont au courant.

     

    > Les membres de la TaskForce:

    • Gildas LE CORGUILLÉ: :  ABiMS, CNRS/Sorbonne Université, FR2424, ROSCOFF (Co-direction)
    • Julien SEILER : IGBMC, 1 rue Laurent Fries, 67404, Illkirch (Co-direction)
    • David BENABEN : CBiB, Université de Bordeaux
    • Nicole CHARRIERE : IFB/Institut Français de Bioinformatique, CNRS UMS 3601, IFB-core
    • David CHRISTIANY : Migale , INRA, Jouy en Josas
    • Francois GERBES :  IFB/Institut Français de Bioinformatique, CNRS UMS 3601, IFB-core
    • Olivier INIZAN : Migale, INRA, Jouy en Josas
    • Didier LABORIE : GenoToul Bioinformatique : Toulouse
    • Guillaume SEITH : IGBMC, 1 rue Laurent Fries, 67404, Illkirch,
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      IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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