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bililleScientific leader(s)
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Technical leader
Not documentedCertificat(s)
- France-Génomique
![]() Annual visits: 36 000 an
Unique visits: 3 600 an
Quotes: 247
Latest update: 03-12-2018
NorineDescriptionNorine is a public computational resource with a web interface and REST access to a knowledge-base of Access conditionsAccès libre et gratuit depuis le site web de la resource Norine. |
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Downloads: 100
CRACDescriptionMéthode d'analyse de données RNA-seq. Access conditionsGratuit via le site de la plateforme. |
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VidjilDescriptionObjectif Vidjil est une plate-forme logicielle open-source dédiée à l'analyse de données de séquençage haut-débit issues de lymphocytes. Les recombinaisons V(D)J dans les lymphocytes sont essentielles pour la diversité immunologique. Ils sont aussi des marqueurs utiles de pathologies et, pour la leucémie, ils sont utilisés pour quantifier le minimum résiduel de la maladie pendant la phase de rémission du patient. Le séquençage Haut-Débit (NGS/HTS) permet maintenant le séquençage exhaustif des populations lymphoïques avec des méthodes dédiées de Rep-Seq et les logiciels associés. Description de l'outil Vidjil est constitué de 3 parties : un algorithme, un visualisateur et un serveur qui permettent l'analyse de populations lymphocitaires qui contiennent des recombinaisons V(D)J. L'algorithme haut-débit de Vidjil extrait les jonctions V(D)J et les regroupe en clones. Cette analyse est basée sur une heuristique à base de graine espacées et est rapide et évolutive, puisque, dans la première phase, aucun alignement n'est réalisé sur les séquences initiales de la base de données. Chaque séquence est assignée à un cluster selon sa jonction V(D)J. Puis, une séquence représentative de chaque cluster est calculée en un temps linéaire par rapport à la taille du cluster. Pour finir, nous réalisons un alignement complet par programmation dynamique de cette séquence représentative contre les séquences initiales. Vidjil contient également un navigateur dynamique (en D3JS) pour visualiser et analiser les clones et leur évolution au cours du temps. Access conditionsVidjil est open-source, sous la licence GNU GPLv3 (code disponible sur GitHub). Le browser peut-être utilisé via le web et une version en ligne de commande peut-être téléchargée (cf. page d'accueil). |
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SortMeRNADescriptionObjectif SortMeRNA est un outil d'analyse de séquences biologiques pour le filtrage de données méta-transcriptomiques et méta-génomiques, le mapping et la sélection d'OTU (unité taxonomique opérationnelle). La principale application de SortMeRNA est le filtrage et le mapping d'ARN ribosomiques à partir de données NGS. Description de l'outil L'algorithme principal est basé sur des graines approchées, ainsi qu'une structure d'indexation de texte optimisée. Il permet des analyses rapides et sensibles de séquences nucléiques. SortMeRNA prend en entrée un fichier de reads (au format fasta ou fastq) et un ou plusieurs fichier(s) de base(s) de données d'ARNr. Il en extrait les ARNr et les reads refusésdans 2 fichiers. Sur demande, il peut fournir des alignements locaux de haute qualité des reads d'ARNr contre les ARNr des bases de données. SortMeRNA fonctionne avec des données Illumina, 454, Ion Torrent et PacBio et produit en sortie des alignements de type SAM ou Blast. Il est implémenté en C++. Access conditionsSortMeRNA est distribué gratuitement sous licence LGPL. |
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CarnacDescriptionCarnac est un logiciel d'analyse de structures secondaires d'une famille d'ARN homologues. Il permet de prédire si les séquences partagent réellement une structure secondaire commune. Lorsque cette structure existe, Carnac est capable de détecter une grande partie des tiges. L'entrée du programme est un ensemble de séquences d'ARN simple brin non alignées. La stratégie de repliement s'appuie sur un modèle thermodynamique qui minimise l'énergie. Elle associe l'information provenant des conservations locales de la structure primaire avec celle des covariations entre séquences. Access conditionsCarnac peut être utilisé via une interface web ou être téléchargé pour être installé localement (un compilateur C est nécessaire). Une version exécutable sous Windows est également disponible. |
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DiNAMODescriptionThe DiNAMO software implements an exhaustive algorithm to detect over-represented IUPAC motifs in a set of DNA sequences. It has two modes: scanning mode, where all windows are parsed, or fixed-position mode, where only motifs occurring at a specific position in the sequences are taken into account. DiNAMO can be used in a variety of applications, such as ChIP-seq peak analysis for transcription factor binding sites identification, or finding motifs that induce systematic sequencing errors. Access conditionsAucune |
Domains of activity
- Computer Science
- Biology
- Biomedical
- Environment
Keywords:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Méthodologie
- Assemblage de génomes et transcriptomes
- Alignements de lectures sur des génomes
- Génomique (DNA-seq)
- Analyse de génomes
- Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Analyse de variants
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Analyse de la régulation de l’expression des gènes
- Chip-seq
- Petits et longs ARN non-codants
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Bioinformatique structurale
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Réduction de dimension
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Intégration d'outils
- Interopérabilité
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Intégration de données
- Gestion et transfert de données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Evolution et phylogénie
- Evolution moléculaire
- Gènes et génomes
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
- Génomique : Puces
- Biopuces ADN
- CGH
- Biopuces ARN
- Expression
- Immunogénétique
- Analyse de répertoires immunitaires
- Immunoinformatique
- Protéomique
- Analyse différentielle statistique
Formation professionnelle
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 07-03-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/5 : Analyses ADNDescriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 1 sont : - Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditionsEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 01-04-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/5 : Analyses de variantsDescriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 2 sont : - Comprendre les grands principes de la détection de variants Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 13-06-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/5 : Analyses RNA-seq - partie 1 (bioinformatique)Descriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 3 sont : - Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditionsEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 16-09-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)Descriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 4 sont : - Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy - Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle - Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 20-11-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/5 : MétagénomiqueDescriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 5 sont : - Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 1/4 : Banques de données et BlastDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 1 sont : - Découvrir différentes banques de données de séquences généralistes Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditionsSavoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice). |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 2/4 : Alignement de séquencesDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 2 sont : - Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Savoir utiliser un ordinateur (Windows…) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice). |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 3/4 : Prédiction de gènes et annotation de protéinesDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 3 sont : - découvrir les logiciels liés à la prédiction de gènes et à l'annotation de protéines Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice). |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 4/4 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaireDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 4 sont : - Comprendre les grands principes de l’évolution moléculaire et de la reconstruction phylogénétique Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Il est conseillé mais non nécessaire d’avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » et le module 2/4 « Alignements de séquences » du cycle d'initiation à la bioinformatique. |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Initiation à GalaxyDescriptionbilille organise une formation d'initiation à Galaxy, destinée aux biologistes ou médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale. Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Cette initiation à Galaxy est une formation interne à bilille. Access conditionsNot documented |