Sortie de la balise virale COVID-19

Une plateforme ELIXIR Espagne permet aux chercheurs de parcourir la variabilité du SARS-CoV-2 au niveau du génome, des acides aminés, de la structure et du motif.

 

Lors de la réponse à une crise sanitaire, les données jouent un rôle essentiel dans l'identification des cibles médicamenteuses, des vaccins ou des symptômes liés à la maladie, et dans la compréhension des variations individuelles en réponse à l'infection. Pourtant, les outils, les normes et les flux de travail de calcul pour analyser ces données jouent un rôle encore plus important. Aujourd'hui, l'analyse des données est souvent multi-facettes, combinant des données multi-omiques avec des données cliniques et même environnementales. Cependant, de nombreuses études nécessitent une approche plus holistique ; par exemple, en regardant les petites variations d'acides aminés tout en naviguant les changements au niveau génomique. 

Des bioinformaticiens du Centre de régulation génomique (CRG) , basé à Barcelone et faisant partie d'ELIXIR Espagne, ont développé une plate-forme qui comble les lacunes de l'océan de données SARS-CoV-2 - la balise virale COVID-19 . Il fournit aux scientifiques les moyens d'analyser en profondeur les données COVID-19 brutes et consensuelles de plusieurs ensembles de données: European Nucleotide Archive (ENA) , Oxford Nanopore , Illumina , NCBI / SRA et GISAID .

 

« Nous avons développé la plateforme CRG Viral Beacon pour faciliter la circulation des connaissances entre les chercheurs en génomique, les épidémiologistes et les amateurs. La plateforme est facilement accessible pour rechercher rapidement des informations génomiques sur le SARS-CoV-2 »

Jordi Rambla, chef d’équipe au CRG

 

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