L’IFB épaule les équipes en lutte contre le COVID-19

Offre de soutien aux équipes

L’Institut Français de Bioinformatique met en place
une collecte des besoins en matière d’informatique et d’analyse de données pour affronter la crise sanitaire COVID-19 et offre l’appui de
ses ressources humaines et informatiques pour épauler les équipes directement impliquées.
Bioinformatics against COVID-19

  • Des compétences en informatique, analyse
    statistique, bases de données, traitement de données massives (big data), et bioinformatique. L’IFB fédère 30 plateformes de service
    réparties dans toutes les régions de France, qui rassemblent 400 experts des différents domaines de la bioinformatique.

  • Une infrastructure de calcul à haute performance.
    Le réseau national de ressources de calcul (National Network of Computing Resources, NNCR) fédère 22 000 coeurs de calcul et 115 To de
    RAM sur les  serveurs nationaux et régionaux (cluster HPC et cloud,
    https://www.france-bioinformatique.fr/fr/infrastructure-0),
    incluant notamment des serveurs à très grosse mémoire (3 To de RAM) ou avec un grand nombre de coeurs de calcul (48 à 256 coeurs par serveur).

  • Des environnements logiciels modulaires adaptés aux besoins spécifiques de la biologie-santé: outils
    bioinformatiques, bases de données, packages, containers, machines virtuelles, une instance Galaxy nationale (https://usegalaxy.fr).

  • Un espace d'entraide et d’échange communautaire partagé entre utilisateurs et experts (https://community.france-bioinformatique.fr/).

  • Elixir COVID-19 DataPortal

    L'IFB  fait partie des efforts internationaux coordonnés par l'EBI dans la création du portail de données COVID19 (https://www.covid19dataportal.org/)

  • Nos contributions ne se limitent pas à la bioinformatique, mais incluent la mobilisation de nos compétences génériques pour répondre à des besoins spécifiques 
    exprimés par les équipes engagées dans le lutte contre le COVID-19: calcul intensif, programmation, bases de données, intégration de données, fouille de données, analyse statistique, apprentissage automatique, …

 

En pratique :

Nous engageons un dialogue avec les équipes concernées pour préciser la nature des besoins, et leur proposer une aide rapide et pragmatique. Nous ferons également le lien entre différentes actions contre le covid, au niveau national et international
(ELIXIR, EBI).

 

Nous contacter :

Envoyez simplement un mail : contact@groupes.france-bioinformatique.fr

 

Les membres :

IFB vs COVID-19 Task Force : Alban Gaignard, Christophe Antoniewski, Christophe Blanchet, Claudine Médigue, David Salgado, Hervé
Ménager, Ivan Moszer, Jacques van Helden, Julien Seiler, Gildas Le Corguillé, Olivier Collin, Olivier Sand, Patrick Guterl, Sowmya Raja, Victoria Dominguez Del Angel, Vincent Navratil

Figure : Cracking COVID-19, by Alice van Helden, adapted from Alissa Eckert COVID-19 original (source: CDC)

 

Actions en cours ou accomplies par la task force IFB vs COVID-19

Nb Action Description Catégorie Demandeur Contact  task force  COVID-19
1 Docking sur le cluster bigmem Aide à l'installation d'une outil de docking Java, encadrement pour l'usage du cluster et mise à disposition de node bigmem pour le criblage
d'une librairie moléculaire afin d'identifier des ligands potentiellement utiles pour lutter contre l'infection par SARS-CoV-2.
Compute Baptiste Martin Task force NNCR Cluster
2 Criblage in vitro d'inhibiteurs SARS-CoV-2 Support à l'équipe de virologie de Bruno Coutard pour l'analyse
statistique de leurs résultats du criblage d'une librairie de 1520
molécules antivirales, afin d'identifier des inhibiteurs de SARS-CoV-2.
Statistics Franck Touret, Bruno Coutard & Etienne Decroly Jacques van Helden
3 Section SARS-CoV-2 de VirHostNet Mise à jour de la base de connaissances VirHostNet (interactions
protéine-protéine) dédiée à SARS-CoV-2 et à la recherche en biologie
systémique contre Covid-19.
Databases   Vincent Navratil
4 Analyse des protéines d'enveloppe de SARS-CoV-2 Syndrome de détresse respiratoire aigu du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) enveloppe (E) proteine de type BH3 Publication   Vincent Navratil
5 COVIDScan: Base de données de résultats d'analyses de tomodensitométrie thoracique de patients suspectés COVID Cette resource a été développée pour faciliter la création de
compte-rendus structurés concernant les scanners pour les patients
suspects de pneumopathie COVID. L'outil est intégrable aux Systèmes
d'Information Radiologique et donne la possible d’extraire des données.
Databases   David Salgado
6 VirHostSeq : Analyse dual RNA-seq du métatranscriptome de patients atteints du Covid-19 Dans le cadre du projet Vibraflu (PIA ECOFECT) et en collaboration
avec Laurence Josset des HCL, nous avons développé VirHostSeq un
pipeline bioinformatique pour l'analyse dual RNA-seq de
transcriptomes/metatranscriptomes. Ce pipeline est appliqué en temps
réel sur un chohore de patients Covid-19 des HCL.
Analysis   Vincent Navratil
7 Viromedb: une base de données de génomes viraux complet (release March 2020). Dans le cadre du projet Vibraflu (PIA ECOFECT) et en collaboration
avec Laurence Josset des HCL, nous avons développé Viromedb une base de
données de génomes complets de virus. Cette base de référence contient
les génomes SARS-Cov-2 référencés dans Genbank, REFSEQ.
Databases   Vincent Navratil
8 Home Learning (lessons about COVID-19) Ce projet, démarré pendant el Biohackathon Virtuel, vise à
développer des cours d'introduction à la bioinformatique autour du
COVID-19
Training   Victoria Dominguez Del Angel, Olivier Sand
9 COVID-19 Workflows Hub WorkflowHub est un dépôt européen de workflows scientfiques financés
par EOSC-Life, qui rassemble ^musieurs noeuds du réseau ELIXIR: UK
(coordinateur), NL, BE, FR, DE and ES. COVID-19 Workflows Hub est une
instance spécifique, qui résulte du Biohackathon COVID-19 (du 5 au 11
avril 2020).
Workflows   Alban Gaignard, Hervé Ménager
10 Origine de SARS-CoV-2 Analyse des séquences génomiques et protéiques des coronavirus afin
d'inférer les événements évolutifs l'origine de SARS-CoV-2, et de
comprendre les mécanismes moléculaires de sa virulence.
Phylogeny Etienne Decroly Jacques van Helden

Quelques autres initiatives Bioinformatique contre le COVID-19

En France

  • l’ANR lance un appel à projets avec un processus accéléré d’évaluation et de sélection sur COVID-19. Doté d’un budget initial de 3 M€ et ciblé sur quatre priorités identifiées par l’OMS, cet appel Flash vise à soutenir rapidement les communautés scientifiques mobilisées sur le COVID-19.(https://anr.fr/fr/detail/call/appel-a-projets-flash-covid-19/)

 

En Europe

  • Best practices for the analysis of SARS-CoV-2 data: Genomics and Cheminformatics :

    The goal of this resource is to provide publicly accessible infrastructure and workflows for SARS-CoV-2 data analyses. (https://covid19.galaxyproject.org/)
  • ELIXIR support for SARS-CoV-2 research :

    As the ESFRI Research Infrastructure for life science data, ELIXIR
    Nodes provide a range of services that can be used by researchers and
    consortia working on SARS-CoV-2 research. (https://elixir-europe.org/covid-19-resources)
  • COVID-19 Molecular Structure and Therapeutics Hub https://covid.bioexcel.eu/

 

A l'international

  • RDA - Research Data Alliance - RDA COVID-19 Working Group - Urgent Call for Expert Contributions :

    The objective of this Working Group is to clearly define detailed
    guidelines on data sharing and re-use under the present COVID-19
    circumstances to help researchers follow best practices to maximize the
    efficiency of their work. The guidelines will focus on the management of
    data originating from different data sources and the development of a
    system for data sharing in public health emergencies that supports
    scientific research (https://www.rd-alliance.org/rda-covid-19-working-group-urgent-call-expert-contributions).
  • Individual initiave (USA, Japan, Germany) - COVID-19 Biohackathon April 5-11 2020 :

    The goal of COVID-19-BH20 is to create a cohesive effort and work on
    tooling for COVID-19 analysis. The biohackathon will lead to more
    readily accessible data, protocols, detection kits, protein predictions
    etc. We will also push for policy change where it comes to non-public or
    hard to access data because we are facing such challenges! (https://github.com/virtual-biohackathons/covid-19-bh20)
  • Outils Coronavirus : http://evbc.uni-jena.de/tools/coronavirus-tools/
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