Introduction générale sur l'implication de l'IFB dans l'environnement de la recherche FR et EU via des projets via PIA, PEPR et autres mode de financement FR ou via Elixir pour le projets européen
Direction du projet : Jacques van Helden, Gildas Le Corguillé & Julien Seiler
Resp. pour l'IFB : Jacques van Helden, Gildas Le Corguillé & Julien Seiler
Rôle de l'IFB : Coordinateur
Période : 2021 - 2029
Le projet PIA3 ESR+/Equipex MUDIS4LS a fourni à l’IFB une occasion de repenser ses orientations stratégiques et de les structurer autour de 5 projets thématiques (Implementation Studies) qui s’appuient sur 4 workpackages technologiques. Ce projet couvrira plus ou moins 30% des besoins en équipement pour l’ensemble des plateformes de l’IFB de 2021 à 2029. Il réunit 16 établissements-partenaires. Au-delà de l’équipement, il constitue le socle pour structurer une infrastructure numérique distribuée, opérée par l’ensemble des plateformes, et gérée par une task force mutualisée (WP2). Un axe majeur du projet est d’assurer l’orchestration des flux de données tout au long de leur vie (WP3), depuis leur production (en collaboration avec les INBS productrices de données) jusqu’à leur diffusion via des dépôts nationaux et internationaux (WP3). Il relève également le défi de l’intelligence artificielle pour les sciences de la vie (WP4) en s’appuyant sur les ressources nationales de calcul intensif. Ses 5 implementation studies visent à affronter le défi de l’intégration multi-omique, imagerie et phénomique (IS1) et à articuler les développements sur les besoins de 4 communautés ciblées : écologie marine (IS2), santé (IS3), microbiologie (IS4) et agriculture (IS5).
Direction du projet : Claudine Médigue & Philppe Glaser
Resp. pour l'IFB : Claudine Médigue
Rôle de l'IFB : Coordinateur
Période : 2021 - 2025
L’IFB est co-porteur, avec l’Institut Pasteur, du projet ABRomics financé à hauteur de 2M€ dans le cadre du PPR antibiorésistance, et qui vise à développer une plateforme numérique pour la surveillance génomique et la recherche sur l’antibiorésistance. Ce projet s’appuie sur l'environnement logiciel et le système de gestion des données développés dans le cadre des financements PIA1 RENABI-IFB et PIA3 MUDiS4LS
Direction du projet : Hugues Roest-Crollius
Resp. pour l'IFB : Erwan Corre
Rôle de l'IFB : Co-coordinateur
Période : 2023 - 2031
ATLASea prévoit de séquencer le génome de 5 000 espèces sur les 12 000 espèces identifiées dans la ZEE métropolitaine et 1 000 espèces dans quatre territoires d'outre-mer grâce à une couverture phylogénétique ciblée selon des critères de compréhension et d'analyse des écosystèmes particulièrement menacés, fragiles, biologiquement importants et économiquement stratégiques.
Direction du projet : Richard Redon
Resp. pour l'IFB : Audrey Bihouée, Alban Gaignard
Rôle de l'IFB : Participant
Période : 2023 - 2027
L’IFB participe, via sa plateforme BIRD (Nantes) au PEPR Santé numérique, qui vise à favoriser l'émergence en France de solutions innovantes de santé numérique à fort impact médico-sociétal. Positionner la France comme un leader mondial de la santé numérique en particulier dans les domaines cardiovasculaire et neurologique, ainsi que la modélisation des données observationnelles et interventionnelles multimodales, via l’intelligence artificielle. Ce projet aborde plusieurs des thématiques phares de MUDIS4LS : bioinformatique pour la santé, intelligence artificielle, intégration de données hétérogènes.
Direction du projet : Sarah Cohen-Boulakia
Resp. pour l'IFB : Alban Gaignard, Hervé Ménager
Rôle de l'IFB : Participant
Période : 2023 - 2028
Partager des protocoles fiables pour transformer des jeux de données en gold standards : application aux pathologies neuro-vasculaires
Resp. pour l'IFB : Anne-Françoise Adam-Blondon
Rôle de l'IFB : Co-coordinateur
Période : 2023 - 2027
L’IFB est impliqué dans le projet “infrastructure” BReIF aux côtés de l’infrastructure nationale RARe (Ressources Agronomique pour la Recherche). Ce projet vise à accompagner les projets du PEPR qui ont des besoins en bio-informatique (sur toutes les phases du cycle de la donnée: de la mise en place d’un plan de gestion de données à l’analyse de ces données) et en particulier le projet pilote AgroDiv (Quelles diversités génétiques animales et végétales pour répondre aux enjeux du changement climatique et de la transition agroécologique?) qui vise à analyser la diversité génétique de 20500 plantes et 7500 animaux de collections de ressources génétiques.
website : https://b1mg-project.eu/
Head for IFB : Jacques van Helden, David Salgado & Angela Saenz
Implication of IFB : Participant
Période : 2020 - 2023
The Beyond 1 Million Genomes (B1MG) project aims to facilitate the sharing of human health data across Europe. It will support the European Union's 1+Million Genomes (1+MG) initiative, which aims to provide access to at least 1 million sequenced genomes in the EU by 2022. Since its launch on Digital Day 2018, the initiative has become a true cooperation mechanism involving the 21 signatory Member States and Norway. These countries meet regularly to ensure that the declaration's goal of having at least 1 million sequenced genomes available in the EU by 2022 can be achieved.
The B1MG project will support this initiative by creating the infrastructure, legal advice and best practices to enable this access. It will enable scientists and clinicians to study the genotypic and phenotypic data of more than one million people. This data will be linked so that an individual's genetic data can be matched with their phenotypic data (such as weight, blood type and medical history). But the project will look "beyond" the 1 + MG Initiative and stimulate the development of a data-sharing infrastructure that goes beyond the lifespan of 1 + MG and beyond one million genomes.
The overall objective is to help develop national data-sharing networks and to connect them to an international network, where data remains stored locally but is accessible throughout Europe. Scientists and clinicians can then access the huge amounts of genotypic and phenotypic data from the European partner countries of the project:
Website : https://elixir-europe.org/about-us/how-funded/eu-projects/converge
Head for IFB : Jacques van Helden, Paulette Lieby, Anne-Françoise Adam-Blondon
Implication of IFB : Participant
Période : 2020 - 2023
ELIXIR-CONVERGE is a project funded by the European Commission to help standardize life sciences data management across Europe. To achieve this standardisation, the project will develop a data management toolkit for life scientists. The toolkit will help to ensure more research data is placed in the public domain, allowing scientists to access more data. This will enable them to gain new insights into societal challenges, such as food safety and health in the elderly, and will help stimulate innovation in biomedicine and biotechnology.
The initial operational phase of ELIXIR, supported by the H2020 ELIXIR-EXCELERATE project (2015-19), focused on the coordination and delivery of bioinformatics services from national nodes. This laid the foundation for a coordinated European infrastructure for life sciences. ELIXIR-CONVERGE will build on these achievements to provide another essential component: the provision of distributed local support for data management across Europe. This will be based on a toolkit for researchers that enables the life cycle management of their research data in accordance with international standards.
ELIXIR-CONVERGE will develop the national operations of the research infrastructure to lead to good management, replicability and reuse of data. During 36 months and with partners from our 23 nodes, ELIXIR-CONVERGE takes the next step to create a European data federation where interconnected national operations allow users to extract knowledge from large, diverse and distributed life science datasets. By connecting ELIXIR nodes to provide FAIR data management as a service, ELIXIR-CONVERGE will strengthen national capacity and create a model for the operation of sustainable nodes in distributed research infrastructures.
Website : https://healthycloud.eu/
Head for IFB : David Salgado, Jacques van Helden
Implication of IFB : Participant
Période : 2021 - 2023
The need for advances in health and biomedical sciences requires that health research is performed timely, efficiently and oriented to high-quality results. To meet this need, health data must be oriented towards access, sharing, and secondary use in support of translational, clinical, and epidemiological-population level research. In other words, to maximise the impact of health research, it is necessary to adopt best practices on how to efficiently manage health data.
IFB/CNRS has been included as a Link-Third Party to ELIXIR
