L’Institut Français de Bioinformatique met en place une collecte des besoins en matière d’informatique et d’analyse de données pour affronter la crise sanitaire COVID-19 et offre l’appui de ses ressources humaines et informatiques pour épauler les équipes directement impliquées.
Des compétences en informatique, analyse statistique, bases de données, traitement de données massives (big data), et bioinformatique. L’IFB fédère 36 plateformes de service réparties dans toutes les régions de France, qui rassemblent 400 experts des différents domaines de la bioinformatique.
Une infrastructure de calcul à haute performance.Le réseau national de ressources de calcul (National Network of Computing Resources, NNCR) fédère 22 000 coeurs de calcul et 115 To de RAM sur les serveurs nationaux et régionaux (cluster HPC et cloud), incluant notamment des serveurs à très grosse mémoire (3 To de RAM) ou avec un grand nombre de coeurs de calcul (48 à 256 coeurs par serveur).
Des environnements logiciels modulaires adaptés aux besoins spécifiques de la biologie-santé: outils bioinformatiques, bases de données, packages, containers, machines virtuelles, une instance Galaxy nationale.
Un espace d'entraide et d’échange communautaire partagé entre utilisateurs et experts.
L'IFB fait partie des efforts internationaux coordonnés par l'EBI dans la création du portail de données COVID19
Nos contributions ne se limitent pas à la bioinformatique, mais incluent la mobilisation de nos compétences génériques pour répondre à des besoins spécifiques exprimés par les équipes engagées dans le lutte contre le COVID-19: calcul intensif, programmation, bases de données, intégration de données, fouille de données, analyse statistique, apprentissage automatique, …
Nous engageons un dialogue avec les équipes concernées pour préciser la nature des besoins, et leur proposer une aide rapide et pragmatique. Nous ferons également le lien entre différentes actions contre le covid, au niveau national et international (ELIXIR, EBI).
Envoyez simplement un mail : contact@groupes.france-bioinformatique.fr
Membres de la Task Force IFB vs COVID-19 : Alban Gaignard, Christophe Antoniewski, Christophe Blanchet, Claudine Médigue, David Salgado, Hervé Ménager, Ivan Moszer, Jacques van Helden, Julien Seiler, Gildas Le Corguillé, Olivier Collin, Olivier Sand, Patrick Guterl, Sowmya Raja, Vincent Navratil.
| Nb | Action | Description | Catégorie | Demandeur | Contact task force COVID-19 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Docking sur le cluster bigmem | Aide à l'installation d'une outil de docking Java, encadrement pour l'usage du cluster et mise à disposition de node bigmem pour le criblage d'une librairie moléculaire afin d'identifier des ligands potentiellement utiles pour lutter contre l'infection par SARS-CoV-2. | Compute | Baptiste Martin | Task force NNCR Cluster |
| 2 | Criblage in vitro d'inhibiteurs SARS-CoV-2 | Support à l'équipe de virologie de Bruno Coutard pour l'analyse statistique de leurs résultats du criblage d'une librairie de 1520 molécules antivirales, afin d'identifier des inhibiteurs de SARS-CoV-2. | Statistics | Franck Touret, Bruno Coutard & Etienne Decroly | Jacques van Helden |
| 3 | Section SARS-CoV-2 de VirHostNet | Mise à jour de la base de connaissances VirHostNet (interactions protéine-protéine) dédiée à SARS-CoV-2 et à la recherche en biologie systémique contre Covid-19. | Databases | Vincent Navratil, UCBL, PRABI-AMSB | Vincent Navratil |
| 4 | Analyse des protéines d'enveloppe de SARS-CoV-2 | Syndrome de détresse respiratoire aigu du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) enveloppe (E) proteine de type BH3 | Publication | Vincent Navratil | |
| 5 | COVIDScan: Base de données de résultats d'analyses de tomodensitométrie thoracique de patients suspectés COVID | Cette resource a été développée pour faciliter la création de compte-rendus structurés concernant les scanners pour les patients suspects de pneumopathie COVID. L'outil est intégrable aux Systèmes d'Information Radiologique et donne la possible d’extraire des données. | Databases | Pascal Béroud, Pole de radiologie et d'imagerie médicale du Grand Hôpital de l'Est Francilien | David Salgado |
| 6 | VirHostSeq : Analyse dual RNA-seq du métatranscriptome de patients atteints du Covid-19 | Dans le cadre du projet Vibraflu (PIA ECOFECT) et en collaboration avec Laurence Josset des HCL, nous avons développé VirHostSeq un pipeline bioinformatique pour l'analyse dual RNA-seq de transcriptomes/metatranscriptomes. Ce pipeline est appliqué en temps réel sur un chohore de patients Covid-19 des HCL. | Analysis | Laurence Josset, Hopitaux civils de Lyon, Laboratoire Virpath | Vincent Navratil |
| 7 | Viromedb: une base de données de génomes viraux complet (release March 2020). | Dans le cadre du projet Vibraflu (PIA ECOFECT) et en collaboration avec Laurence Josset des HCL, nous avons développé Viromedb une base de données de génomes complets de virus. Cette base de référence contient les génomes SARS-Cov-2 référencés dans Genbank, REFSEQ. | Databases | Laurence Josset, Hopitaux civils de Lyon, Laboratoire Virpath | Vincent Navratil |
| 8 | Home Learning (lessons about COVID-19) | Ce projet, démarré pendant el Biohackathon Virtuel, vise à développer des cours d'introduction à la bioinformatique autour du COVID-19 | Training | Victoria Dominguez Del Angel, Olivier Sand | |
| 9 | COVID-19 Workflows Hub | WorkflowHub est un dépôt européen de workflows scientfiques financés par EOSC-Life, qui rassemble plusieurs noeuds du réseau ELIXIR: UK (coordinateur), NL, BE, FR, DE and ES. COVID-19 Workflows Hub est une instance spécifique, qui résulte du Biohackathon COVID-19 (du 5 au 11 avril 2020). | Workflows | Alban Gaignard, Hervé Ménager | |
| 10 | Origines de SARS-CoV-2 | Analyse des séquences génomiques et protéiques des coronavirus afin d'inférer les événements évolutifs l'origine de SARS-CoV-2, et de comprendre les mécanismes moléculaires de sa virulence. | Phylogeny | Etienne Decroly (AFMB) | Jacques van Helden |
| 11 | Serveur COVIDistress: Conséquences de COVID-19 sur la psychologie humaine | Déploiement d'une application Shiny permettant de visualiser les résultats d'une édude des conséquences de la pandémie COVID-19 sur la psychologie humaine (stress, confiance, respect des règles sanitaires), menée par un consortium international de psychologues et neurobiologistes. | Psychology and neurosciences | Guillaume Gautreau (LabGEM) | NNCR task force |
| 12 | Enquête bioinformatique sur les origines de SARS-CoV-2 | Un cours d'introduction aux méthodes de bioinformatique dont les travaux pratiques sont intégralement basés sur les questions et données relatives à l'origine de SARS-CoV-2. Le cours s'adresse à des étudiants de 2ème année en sciences qui disposent d'un niveau de base en biologie. Les approches bioinformatiques incluent: exploration des annotations de séquences génomiques et protéiques; alignements par paires; profils de pourcent de positions identiques; recherches de séquences par similarités; alignements multiples; inférence phylogénétique. | Training | Jacques van Helden | |
| 13 | PIPprofileR : un outil Web pour générer des profils de pourcentages de positions identiques | Un outil Web (basé sur une interface R Shiny) pour générer des profils de Pourcentages de Positions Identiques (PPI). Cette représentation graphique est largement utilisée pour comparer des génomes de coronavirus et pour détecter des régions recombinantes. | Tools | Thomas Denecker | |
| 14 | Découverte de biomarqueurs dans l'air expiré | Méthodes bioinformatiques et biostatistques de traitement et d'analyse de l'air expiré par spectrométrie de masse et nez électronique développées par le CEA en partenariat avec la plateforme Exhalomics de l'Hôpital Foch/Université Versailles Saint-Quentin. En particulier le package R ptairMS de traitement des données de spectrométrie PTR-TOF-MS, disponible sur github. | Tools, Signal Processing, Statistics | Camille Roquencourt, Stanislas Grassin Delyle, Etienne Thévenot | |
| 15 | La grande aventure de la science | Une série de 4 émissions sur la chaîne de radio France Culture concernant les approches scientifiques de la pandémie Covid-19, qui ouvre des questions plus générales sur le fonctionnement de la science : traitement de l'incertitude, publications, communication publique, compétition, enjeux politiques, fraudes, jeux de pouvoir, ... | Public communication | Jacques van Helden | |
| 16 | Développement d'un kit de contrôle de qualité universel | Au stade actuel, seuls des fragments d'ARN déjà commercialisés sont utilisés, afin de garantir un développement rapide du produit ; une première évaluation des tests de qualité correspondants a déjà été réalisée au CHU de Bordeaux en septembre 2020. La prochaine étape concernera le développement d'un kit de contrôle de qualité universel et impliquera l'analyse d'éventuelles séquences combinatoires d'ARN ; les kits de test correspondants seront validés dans un centre de référence national | Sequence analysis | Alexis Groppi | |
| 17 | Docking sur grille | Installation de noeuds pour des opérations de docking sur la VO Biomed | Compute | Vincent Breton | Antoine Mahul |
| 18 | COVIDSIM-FR | combinaison d'analyse statistique des données hospitalières et de modélisation parcimonieuse non markovienne pour l'inférence et simulation de l'épidémie en France | Epidemiosurveillance, anticipation tool, NPI simulator | Mircea T. Sofonea | info via SoutGreen / IRD |
| 19 | Rt2-fr | estimer le nombre de reproduction des épidémies de COVID-19 dans différents pays et, pour la France, dans les régions et départements en utilisant les données d'incidence, d'hospitalisation et de mortalité. | Analysis | Samuel Alizon | info via SoutGreen / IRD |
| 20 | Covidix19 | Modélisation de certaines données COVID-19 | Tool, simulator | Marc Lavielle | info Victoria Dominguez Del Angel |
| 21 | COVIDici | Visualisation des indicateurs principaux de l'épidémie de COVID-19 en France (dépistage, données hospitalières) an niveaux département et régional, ainsi que prévisions sur 7 jours à partir d'un modèle compartimental en temps discret | Visualization, prevision | Samuel Alizon | Mircea Sofonea |
| 22 | COVimpact | Estime la charge hospitalière par classe d'age qu'engendrerait une future vague de l'épidémie de Covid19 en fonction de paramètres immunitaires et en fonction de l'ampleur de cette vague. | Simulator, prevision | Samuel Alizon | Mircea Sofonea |
| 23 | Plateforme numérique EMERGEN-Bioinfo | Depuis janvier 2021, le gouvernement français a démarré le projet EMERGEN, qui vise à déployer une infrastructure nationale de surveillance et de recherche génomique pour le COVID-19 et d'autres maladies infectieuses émergentes. L'Institut français de bioinformatique développe une plateforme bioinformatique qui comprend un cluster de calcul et de stockage, un serveur Galaxy spécialisé et une base de données pour collecter, analyser, gérer et donner accès aux données produites par le consortium EMERGEN. | Compute & Storage facility | Jacques van Helden & David Salgado | Jacques van Helden & David Salgado |
| 24 | EMERGEN-DB | Base de données pour la collecte, la gestion, l'analyse et l'accès aux données produites par le consortium EMERGEN pour la surveillance génomique et de la recherche sur le COVID-19. EMEGEN-DB est équipé d'interfaces humaines conviviales et programmatiques (API). Il inclut des fonctionnalités de courtage des données permettant la curation des métadonnées et leur soumission aux dépôts internationaux tels que GISAID ou l'ENA. | Database | Thomas Denecker | Thomas Denecker | 25 | covid19.usegalaxy.fr | Un serveur Galaxy équipé d'une batteries d'outils spécialisés pour l'analyse de données COVID-19, utilisé pour automatiser l'analyse des séquences génomiques de SARS-CoV-2 produits par le consortium EMERGEN. | Webserver | Gildas Le Corguillé & Naira Naouar | Gildas Le Corguillé & Naira Naouar |
