Offre de services de l’IFB en soutien aux équipes luttant contre la COVID-19

    L’Institut Français de Bioinformatique met en place une collecte des besoins en matière d’informatique et d’analyse de données pour affronter la crise sanitaire COVID-19 et offre l’appui de ses ressources humaines et informatiques pour épauler les équipes directement impliquées.

    • Des compétences en informatique, analyse statistique, bases de données, traitement de données massives (big data), et bioinformatique. L’IFB fédère 30 plateformes de service réparties dans toutes les régions de France, qui rassemblent 400 experts des différents domaines de la bioinformatique.

    • Une infrastructure de calcul à haute performance.Le réseau national de ressources de calcul (National Network of Computing Resources, NNCR) fédère 22 000 coeurs de calcul et 115 To de RAM sur les  serveurs nationaux et régionaux (cluster HPC et cloud), incluant notamment des serveurs à très grosse mémoire (3 To de RAM) ou avec un grand nombre de coeurs de calcul (48 à 256 coeurs par serveur).

    • Des environnements logiciels modulaires adaptés aux besoins spécifiques de la biologie-santé: outils bioinformatiques, bases de données, packages, containers, machines virtuelles, une instance Galaxy nationale.

    • Un espace d'entraide et d’échange communautaire partagé entre utilisateurs et experts.

    • L'IFB  fait partie des efforts internationaux coordonnés par l'EBI dans la création du portail de données COVID19

    • Nos contributions ne se limitent pas à la bioinformatique, mais incluent la mobilisation de nos compétences génériques pour répondre à des besoins spécifiques exprimés par les équipes engagées dans le lutte contre le COVID-19: calcul intensif, programmation, bases de données, intégration de données, fouille de données, analyse statistique, apprentissage automatique, …

    En pratique 

    Nous engageons un dialogue avec les équipes concernées pour préciser la nature des besoins, et leur proposer une aide rapide et pragmatique. Nous ferons également le lien entre différentes actions contre le covid, au niveau national et international (ELIXIR, EBI).

     

    Nous contacter 

    Envoyez simplement un mail : contact@groupes.france-bioinformatique.fr

     

    Membres de la Task Force IFB vs COVID-19 : Alban Gaignard, Christophe Antoniewski, Christophe Blanchet, Claudine Médigue, David Salgado, Hervé Ménager, Ivan Moszer, Jacques van Helden, Julien Seiler, Gildas Le Corguillé, Olivier Collin, Olivier Sand, Patrick Guterl, Sowmya Raja, Victoria Dominguez Del Angel, Vincent Navratil. 

    Actions en cours ou accomplies par la Task Force IFB vs COVID-19

     
    NbActionDescriptionCatégorieDemandeurContact  task force  COVID-19
    1Docking sur le cluster bigmemAide à l'installation d'une outil de docking Java, encadrement pour l'usage du cluster et mise à disposition de node bigmem pour le criblage d'une librairie moléculaire afin d'identifier des ligands potentiellement utiles pour lutter contre l'infection par SARS-CoV-2.ComputeBaptiste MartinTask force NNCR Cluster
    2Criblage in vitro d'inhibiteurs SARS-CoV-2Support à l'équipe de virologie de Bruno Coutard pour l'analyse statistique de leurs résultats du criblage d'une librairie de 1520 molécules antivirales, afin d'identifier des inhibiteurs de SARS-CoV-2.StatisticsFranck Touret, Bruno Coutard & Etienne DecrolyJacques van Helden
    3Section SARS-CoV-2 de VirHostNetMise à jour de la base de connaissances VirHostNet (interactions protéine-protéine) dédiée à SARS-CoV-2 et à la recherche en biologie systémique contre Covid-19.DatabasesVincent Navratil, UCBL, PRABI-AMSBVincent Navratil
    4Analyse des protéines d'enveloppe de SARS-CoV-2Syndrome de détresse respiratoire aigu du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) enveloppe (E) proteine de type BH3Publication Vincent Navratil
    5COVIDScan: Base de données de résultats d'analyses de tomodensitométrie thoracique de patients suspectés COVIDCette resource a été développée pour faciliter la création de compte-rendus structurés concernant les scanners pour les patients suspects de pneumopathie COVID. L'outil est intégrable aux Systèmes d'Information Radiologique et donne la possible d’extraire des données.DatabasesPascal Béroud, Pole de radiologie et d'imagerie médicale du Grand Hôpital de l'Est FrancilienDavid Salgado
    6VirHostSeq : Analyse dual RNA-seq du métatranscriptome de patients atteints du Covid-19Dans le cadre du projet Vibraflu (PIA ECOFECT) et en collaboration avec Laurence Josset des HCL, nous avons développé VirHostSeq un pipeline bioinformatique pour l'analyse dual RNA-seq de transcriptomes/metatranscriptomes. Ce pipeline est appliqué en temps réel sur un chohore de patients Covid-19 des HCL.AnalysisLaurence Josset, Hopitaux civils de Lyon, Laboratoire VirpathVincent Navratil
    7Viromedb: une base de données de génomes viraux complet (release March 2020).Dans le cadre du projet Vibraflu (PIA ECOFECT) et en collaboration avec Laurence Josset des HCL, nous avons développé Viromedb une base de données de génomes complets de virus. Cette base de référence contient les génomes SARS-Cov-2 référencés dans Genbank, REFSEQ.DatabasesLaurence Josset, Hopitaux civils de Lyon, Laboratoire VirpathVincent Navratil
    8Home Learning (lessons about COVID-19)Ce projet, démarré pendant el Biohackathon Virtuel, vise à développer des cours d'introduction à la bioinformatique autour du COVID-19Training Victoria Dominguez Del Angel, Olivier Sand
    9COVID-19 Workflows HubWorkflowHub est un dépôt européen de workflows scientfiques financés par EOSC-Life, qui rassemble plusieurs noeuds du réseau ELIXIR: UK (coordinateur), NL, BE, FR, DE and ES. COVID-19 Workflows Hub est une instance spécifique, qui résulte du Biohackathon COVID-19 (du 5 au 11 avril 2020).Workflows Alban Gaignard, Hervé Ménager
    10Origines de SARS-CoV-2Analyse des séquences génomiques et protéiques des coronavirus afin d'inférer les événements évolutifs l'origine de SARS-CoV-2, et de comprendre les mécanismes moléculaires de sa virulence.PhylogenyEtienne Decroly (AFMB)Jacques van Helden
    11Serveur covidstress: Conséquences de COVID-19 sur la psychologie humaineDéploiement d'une application Shiny permettant de visualiser les résultats d'une édude des conséquences de la pandémie COVID-19 sur la psychologie humaine (stress, confiance, respect des règles sanitaires), menée par un consortium international de psychologues et neurobiologistes.Psychology and neurosciencesGuillaume Gautreau (LabGEM)NNCR task force
    12Enquête bioinformatique sur les origines de SARS-CoV-2Un cours d'introduction aux méthodes de bioinformatique dont les travaux pratiques sont intégralement basés sur les questions et données relatives à l'origine de SARS-CoV-2. Le cours s'adresse à des étudiants de 2ème année en sciences qui disposent d'un niveau de base en biologie. Les approches bioinformatiques incluent: exploration des annotations de séquences génomiques et protéiques; alignements par paires; profils de pourcent de positions identiques; recherches de séquences par similarités; alignements multiples; inférence phylogénétique.Training Jacques van Helden
    13PIPprofileR : un outil Web pour générer des profils de pourcentages de positions identiquesUn outil Web (basé sur une interface R Shiny) pour générer des profils de Pourcentages de Positions Identiques (PPI). Cette représentation graphique est largement utilisée pour comparer des génomes de coronavirus et pour détecter des régions recombinantes.Tools Thomas Denecker
    14Découverte de biomarqueurs dans l'air expiréMéthodes bioinformatiques et biostatistques de traitement et d'analyse de l'air expiré par spectrométrie de masse et nez électronique développées par le CEA en partenariat avec la plateforme Exhalomics de l'Hôpital Foch/Université Versailles Saint-Quentin. En particulier le package R ptairMS de traitement des données de spectrométrie PTR-TOF-MS, disponible sur github.Tools, Signal Processing, Statistics Camille Roquencourt, Stanislas Grassin Delyle, Etienne Thévenot
    15La grande aventure de la scienceUne série de 4 émissions sur la chaîne de radio France Culture concernant les approches scientifiques de la pandémie Covid-19, qui ouvre des questions plus générales sur le fonctionnement de la science : traitement de l'incertitude, publications, communication publique, compétition, enjeux politiques, fraudes, jeux de pouvoir, ...Public communication Jacques van Helden
    16Développement d'un kit de contrôle de qualité universelAu stade actuel, seuls des fragments d'ARN déjà commercialisés sont utilisés, afin de garantir un développement rapide du produit ; une première évaluation des tests de qualité correspondants a déjà été réalisée au CHU de Bordeaux en septembre 2020. La prochaine étape concernera le développement d'un kit de contrôle de qualité universel et impliquera l'analyse d'éventuelles séquences combinatoires d'ARN ; les kits de test correspondants seront validés dans un centre de référence nationalSequence analysis Alexis Groppi
    17Docking sur grille Installation de noeuds pour des opérations de docking sur la VO BiomedComputeVincent BretonAntoine Mahul
    18COVIDSIM-FRcombinaison d'analyse statistique des données hospitalières et de modélisation parcimonieuse non markovienne pour l'inférence et simulation de l'épidémie en FranceEpidemiosurveillance, anticipation tool, NPI simulatorMircea T. Sofoneainfo via SoutGreen / IRD
    19Rt2-frestimer le nombre de reproduction des épidémies de COVID-19 dans différents pays et, pour la France, dans les régions et départements en utilisant les données d'incidence, d'hospitalisation et de mortalité.AnalysisSamuel Alizoninfo via SoutGreen / IRD
    20Covidix19Modélisation de certaines données COVID-19Tool, simulatorMarc Lavielleinfo Victoria Dominguez Del Angel

    Quelques autres initiatives bioinformatiques contre le COVID-19

    En France

    • L’ANR lance un appel à projets avec un processus accéléré d’évaluation et de sélection sur COVID-19. Doté d’un budget initial de 3 M€ et ciblé sur quatre priorités identifiées par l’OMS, cet appel Flash vise à soutenir rapidement les communautés scientifiques mobilisées sur le COVID-19.

     

    En Europe

    • Meilleures pratiques pour l’analyse des données sur le SARS-CoV-2:  Génomique et Cheminformatique. Le but de cette ressource est de fournir une infrastructure et des flux de travail accessibles au public pour l’analyse des données sur le SARS-CoV-2.
    • Soutien d’ELIXIR pour la recherche sur le SARS-CoV-2 : en tant qu’infrastructure de recherche ESFRI pour les données sur les sciences de la vie, les noeuds d’ELIXIR fournissent une gamme de services pouvant être utilisés par les chercheurs et les consortiums travaillant sur la recherche du SARS-CoV-2.
    • COVID-19 Centre de Structure Moléculaire et de Thérapeutique.
    • COVID-19 Viral Beacon 

    A l'international

    • RDA - Research Data Alliance - Groupe de travail RDA COVID-19 de travail - Appel urgent à des contributions d’experts. L’objectif de ce groupe de travail est de définir clairement des lignes directrices détaillées sur le partage et la réutilisation des données dans les circonstances actuelles du COVID-19, afin d’aider les chercheurs à suivre les meilleures pratiques pour maximiser l’efficacité de leur travail. Les lignes directrices se concentreront sur la gestion des données provenant de différentes sources de données et sur le développement d’un système de partage des données dans les situations d’urgence de santé publique qui soutient la recherche scientifique. 
    • Initiative individuelle (USA, Japon, Allemagne) - COVID-19 Biohackathon du 5 au 11 avril 2020. L’objectif du COVID-19-BH20 est de créer un effort de cohésion et de travailler sur les outils d’analyse du COVID-19. Le biohackathon permettra d’accéder plus facilement à des données, des protocoles, des kits de détection, des prédictions sur les protéines, etc. Nous ferons également pression pour un changement politique en ce qui concerne les données non publiques ou difficiles d’accès, car nous sommes confrontés à de tels défis ! 
    • Outils Coronavirus 
    English
      IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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