L’IFB épaule les équipes en lutte contre le COVID-19

L’Institut Français de Bioinformatique met en place une collecte des besoins en matière d’informatique et d’analyse de données pour affronter la crise sanitaire COVID-19 et offre l’appui de ses ressources humaines et informatiques pour épauler les équipes directement impliquées.Bioinformatics against COVID-19

  • Des compétences en informatique, analyse statistique, bases de données, traitement de données massives (big data), et bioinformatique.  L’IFB fédère 30 plateformes de service réparties dans toutes les régions de France, qui rassemblent 400 experts des différents domaines de la bioinformatique.

  •  Une infrastructure de calcul à haute performance. Le réseau national de ressources de calcul (National Network of Computing Resources, NNCR) fédère 22 000 coeurs de calcul et 115 To de RAM sur les  serveurs nationaux et régionaux (cluster HPC et cloud, https://www.france-bioinformatique.fr/fr/infrastructure-0), incluant notamment des serveurs à très grosse mémoire (3 To de RAM) ou avec un grand nombre de coeurs de calcul (48 à 256 coeurs par serveur).

  • Des environnements logiciels modulaires adaptés aux besoins spécifiques de la biologie-santé: outils bioinformatiques, bases de données, packages, containers, machines virtuelles, une instance Galaxy nationale (https://usegalaxy.fr).

  • Un espace d'entraide et d’échange communautaire partagé entre utilisateurs et experts (https://community.france-bioinformatique.fr/).

Nous engageons un dialogue avec les équipes concernées pour préciser la nature des besoins, et leur proposer une aide  rapide et pragmatique. Nous ferons également le lien entre différentes actions contre le covid, au niveau national et international (ELIXIR).

Nous contacter : contact@groupes.france-bioinformatique.fr

IFB vs COVID-19 Task Force : Alban Gaignard, Christophe Antoniewski, Christophe Blanchet, Claudine Médigue, David Salgado, Hervé Ménager, Ivan Moszer, Jacques van Helden, Julien Seiler, Gildas Le Corguillé, Olivier Collin, Olivier Sand, Patrick Guterl, Vincent Navratil

Figure: Cracking COVID-19, by Alice van Helden, adapted from Alissa Eckert COVID-19 original (source: CDC), Banner and logo: Nicolas Geysse

 

Quelques autres initiatives Bioinformatique contre le COVID-19

En France

  • l’ANR lance un appel à projets avec un processus accéléré d’évaluation et de sélection sur COVID-19. Doté d’un budget initial de 3 M€ et ciblé sur quatre priorités identifiées par l’OMS, cet appel Flash vise à soutenir rapidement les communautés scientifiques mobilisées sur le COVID-19.(https://anr.fr/fr/detail/call/appel-a-projets-flash-covid-19/)

En Europe via ELIXIR

  • Best practices for the analysis of SARS-CoV-2 data: Genomics and Cheminformatics :
    The goal of this resource is to provide publicly accessible infrastructure and workflows for SARS-CoV-2 data analyses. (https://covid19.galaxyproject.org/)
  • ELIXIR support for SARS-CoV-2 research :
    As the ESFRI Research Infrastructure for life science data, ELIXIR Nodes provide a range of services that can be used by researchers and consortia working on SARS-CoV-2 research. (https://elixir-europe.org/covid-19-resources)

A l'international

  • RDA - Research Data Alliance - RDA COVID-19 Working Group - Urgent Call for Expert Contributions :
    The objective of this Working Group is to clearly define detailed guidelines on data sharing and re-use under the present COVID-19 circumstances to help researchers follow best practices to maximize the efficiency of their work. The guidelines will focus on the management of data originating from different data sources and the development of a system for data sharing in public health emergencies that supports scientific research (https://www.rd-alliance.org/rda-covid-19-working-group-urgent-call-expert-contributions).
  • Individual initiave (USA, Japan, Germany) - COVID-19 Biohackathon April 5-11 2020 :
    The goal of COVID-19-BH20 is to create a cohesive effort and work on tooling for COVID-19 analysis. The biohackathon will lead to more readily accessible data, protocols, detection kits, protein predictions etc. We will also push for policy change where it comes to non-public or hard to access data because we are facing such challenges! (https://github.com/virtual-biohackathons/covid-19-bh20)
 
 
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