ifb services cloud

Outils développés par les plateformes IFB

  • Absynte

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Interfaces, portails web
    • Comparaison des génomes

    web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud.

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  • ACNUC

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Données
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Freely downloadable software licensed under the GNU General Public License (http://doua.prabi.fr/databases/acnuc) or on-line access through a web interafce (http://doua.prabi.fr/search/query_fam).

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  • ActivCollector

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Aucun des termes ci-dessus ne convient

    Gratuit

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  • ADE-4

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biostatistiques
    • Analyses multivariées
    • Ecologie
    • Ecologie microbienne

    Freely available for download from any CRAN mirror.

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  • AGMIAL

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique (DNA-seq)
    • Analyse de génomes
    • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

    Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://genome.jouy.inra.fr/agmial. Il est également possible de demander l’installation d’une instance d’AGMIAL sur les machines de la plate-forme MIGALE.

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  • ARNold

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    web server, http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/ Gratuit pour u-psud.

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  • Askomics

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Intégration de données hétérogènes
    • Représentation des connaissances
    • Ontologies
    • Web sémantique

    Free

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  • Aureme

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Intégration de données hétérogènes
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des réseaux métaboliques
    • Analyse des réseaux métaboliques

    Free

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  • Autograph

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Génomique comparative
    • Comparaison des génomes

    Free access.

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  • BCSearch

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    Service en ligne en accès libre.

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  • BioMAJ

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Données
    • Gestion et transfert de données

    Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj

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  • BioMAJ2Galaxy

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Gestion et transfert de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
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  • BioNJ

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • BioShaDock

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Outils
    • Intégration d'outils
    • Environnements de calcul
    • Cluster
    • Cloud
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  • Cadbiom

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des réseaux de régulation
    • Modélisation des systèmes

    Free

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  • Caspo

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des systèmes
    • Systèmes dynamiques

    Free

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  • CesGO

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Intégration d'outils
    • Interfaces, portails web
    • Intégration de données
    • Gestion et transfert de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
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  • Clust&See

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
    • Analyse et modélisation multi-échelle
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  • CompPhy

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • CRAC

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyses de transcrits et transcrits variants

    Gratuit via le site de la plateforme.

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  • CRISPRFinder

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    web sever, http://crispr.u-psud.fr/Server/CRISPRfinder.php/ Gratuit pour u-psud

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  • e-BGO

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Accès public.

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  • ERPIN

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Algorithmique des séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
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  • ESPript/ENDscript

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Recherche de motifs
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    http://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr

    Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique.

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  • FastME

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • FITBAR

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    Web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud.

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  • fpocket

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

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  • Frog2

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

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  • GalaxEast

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Accès ouvert à la communauté académique française.

    Accès facilité via les connexions rapides (ex : Osiris, Renater)

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  • Galaxy (piloté par Sigenae)

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Génomique (DNA-seq)
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse de variants
    • Métagénomique, métatranscriptomique

    Available on a web site with login and password.

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  • Galaxy server@URGI

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences
    • Génomique comparative

    https://urgi.versailles.inra.fr/galaxy

    L'accès aux workflows, tutoriaux et outils est possible dans le cadre de projets en partenariat avec l'URGI ou via son Offre de service

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  • Galaxy-LD

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Apprentissage automatique
    • Extraction de connaissances
    • Intégration de données hétérogènes
    • Web sémantique
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  • Galaxy@BiRD

    13 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyse de variants
    • Panels (amplicons, captures)
    • Exomes
    • Génomes complets
    • Génomique : Puces
    • Biopuces ARN
    • Expression
    • Protéomique
    • Protéomique quantitative
    • Analyse différentielle statistique

    L'accès à Galaxy nécessite la création d'un compte sur le cluster : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/07074276/0/fiche___pagelibre/&RH=14425...

     

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  • Galaxy@CBiB

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences

    Libre sur le web, sur demande pour avoir un espace de travail plus conséquent.

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  • GATB

    10 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Méthodologie
    • Assemblage de génomes et transcriptomes
    • Alignements de lectures sur des génomes
    • Analyse de variants
    • Exomes
    • Génomes complets
    • Métagénomique, métatranscriptomique
    • Analyse de séquences
    • Algorithmique des séquences

    Freely available.

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  • Geno3D@

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
    • Prédictions des propriétés structurales
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    https://geno3d-prabi.ibcp.fr (depuis février 2001).

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  • GenRGenS

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Algorithmique des séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    Jar + tar.gz download, http://www.lri.fr/~genrgens/ Gratuit pour u-psud

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  • GO-Docker

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Environnements de calcul
    • Cluster
    • Cloud
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  • GO2Pub

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Intégration de données hétérogènes
    • Ontologies
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Données
    • Intégration de données
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Accès libre

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
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  • Hex

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Free licence for academic use

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  • HexServer

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Free service: no login or registration required

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  • HHalign-Kbest

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    Service en ligne en accès libre.

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  • IntegronFinder

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    Integron_Finder is released under the GPLv3 license  and is available here: https://github.com/gem-pasteur/Integron_Finder

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  • InterEvDock

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    Service en ligne en accès libre.

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  • Interface web blast

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Available on the web site.

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  • Interface web Emboss

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Site web

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  • ISsaga

    7 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Curation de collections de données
    • Comparaison des génomes

    Les utilisateurs demandent un compte puis peuvent charger de façon illimitée, des projets d’annotation de génomes.

    Gratuit.

    NB : Le nombre de nouveaux comptes ouverts par an est comptabilisé dans "visites uniques" mais chaque utilisateur a un accès illimité à son compte et à ses génomes chargés.

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  • JFlow

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développement de workflows
    • Cluster

    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

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  • Jvenn

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web

    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

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  • Kpax

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    No-cost licence for academic use.

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  • leBiBI

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Métagénomique, métatranscriptomique

    Free online access.

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  • Logol

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Recherche de motifs

    Utilisation interne.

    Accès libre.

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • LoRDEC

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Méthodologie
    • Alignements de lectures sur des génomes
    • Génomique (DNA-seq)
    • Transcriptomique (RNA-seq)

    Gratuit depuis le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
  • LSD

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Datation des spéciations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • MEMHDX

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biostatistiques
    • Interfaces, portails web

    MEMHDX is freely available as a web tool at http://memhdx.c3bi.pasteur.fr/

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  • MICADo

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
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  • Microscope

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    Accès libre aux données et à l'analyse des génomes publiques.

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  • MIX

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  • Mobyle

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    • Cluster

    The Mobyle framework is developped under the GPLv2 license.

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  • MPscan

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Méthodologie
    • Alignements de lectures sur des génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • MSDA

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Protéomique

    Accès libre web.

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  • MTiAutoDock/MTiOpenScreen

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Criblage virtuel
    • Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
    • Criblage basé sur la structure

    Service en ligne en accès libre.

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  • NG6

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web
    • Gestion et transfert de données

    The NG6 code is freely available on the mulcyber forge. To ease the installation, the package and all its dependencies are also available as a virtual machine. Installing and maintaining the system would require expertise in Linux system administration.
    Available by the web site for users

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  • NGS-QC Generator

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Accès libre Web pour la communauté académique. Un accès premium est également disponible sur demande

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  • NPS@

    8 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Algorithmique des séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    https://npsa-prabi.ibcp.fr (depuis avril 1998).

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  • OCG

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
    • Analyse et modélisation multi-échelle
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  • ORDO

    13 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Apprentissage automatique
    • Extraction de connaissances
    • Intégration de données hétérogènes
    • Représentation des connaissances
    • Ontologies
    • Web sémantique
    • Curation de collections de données
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Outils
    • Intégration d'outils
    • Données
    • Intégration de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
    Téléchargement en accès libre sur Orphadata.org,

    Téléchargement et utilisation possible à partir de Bioportal.

    Mise à disposition d’un sparql EndPoint.

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  • OrthoInspector

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Téléchargeable.

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  • PEP-FOLD

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    Service en ligne en accès libre.

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  • PepPSY

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
    • Protéogénomique

    Accès libre

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  • PepTeam

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Algorithmique des séquences
    • Recherche de motifs

    Public.

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  • phylogeny.fr

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • PhyML

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • PhySIC_IST

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • PipeAlign

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Accès web.

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  • Protomata

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie

    Free

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  • QOD

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique comparative
    • Comparaison des génomes

    Gratuit via le site de la plateforme.

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  • ReMap

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Curation de collections de données

    Libre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap

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  • REPET

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences
    • Evolution et phylogénie
    • Génomique comparative

    Disponible en téléchargement : https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET

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  • ReproGenomics Viewer

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique comparative
    • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
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  • RNAbrowse nouvelle version

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyses de transcrits et transcrits variants
    • Analyse de variants
    • Interfaces, portails web

    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.
    Available on web sites for users.

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  • RNAspace

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de la régulation de l’expression des gènes
    • Petits et longs ARN non-codants
    • Annotation de séquences

    RNAspace is an open source project. It is developed in Python. It is copyrighted with the GNU General Public License, and is free (in the GNU sense) for all to use, and is in constant development. RNAspace is hosted at Sourceforge. It is also available as a web server at rnaspace.org

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