Depuis le début du siècle, chaque décennie a vu le développement de nouvelles technologies à haut débit pour surveiller diverses couches de processus biologiques (par exemple le génome, le transcriptome, le protéome, l'interactome, le métabolome). Chacune de ces technologies a motivé le développement de nouvelles approches et de nouveaux outils bioinformatiques pour extraire les informations pertinentes des données brutes. Cependant, une approche intégrée est encore à la traîne pour traduire cette diversité de données complexes et hétérogènes en connaissances utiles.
L’axe innovation de l’IFB vise à construire une vision stratégique pour assurer la consistance et la relevance des développements et services nationaux en bioinformatique, ainsi que leurs liens avec les initiatives européennes. Un défi majeur est de développer des outils et des services permettant d’adresser un très important challenge de la biologie actuelle: l’intégration de données à haut-débit hétérogènes, de manière à approcher la complexité des systèmes biologiques à une échelle holistique. Un certain nombre de réseaux et de projets nationaux dédiés à la production, la gestion et l'interprétation de types de données spécifiques (génomique, protéomique, métabolomique, imagerie, modèles animaux, cohorte, médecine personnalisée, etc. ) ont été mis en place en France. Afin d'avoir une vision globale des systèmes étudiés, il est nécessaire d'intégrer ces informations hétérogènes.
Nous avons donc proposé de relever le défi de la bioinformatique intégrative par le biais de trois actions du nouveau plan d'action :
En septembre 2018, Aviesan ITMO Genetics, Genomics and Bioinformatics (GGB) et IFB ont coorganisé un atelier d'une journée intitulé Challenges and Perspectives in Integrative Bioinformatics, qui a réuni 80 participants. Une série de conférences a présenté les approches de pointe en bioinformatique intégrative (méthodes de factorisation matricielle à plusieurs niveaux et analyse de réseaux multicouches). Dans l'ensemble, la réunion a couvert toutes les étapes entre la production de données, le traitement informatique, l'analyse statistique, la visualisation et l'interprétation, illustrées par des exemples pertinents tirés de divers domaines des sciences de la vie et de leurs applications. Les séances de discussion ont été suivies d'une table ronde où tous les participants ont discuté de leur expérience personnelle, des besoins actuels et des problèmes rencontrés, ce qui a donné lieu à une discussion animée sur les défis actuels, les perspectives et les stratégies pour développer davantage la bioinformatique intégrative. Au-delà de l'intérêt scientifique des exposés et du débat, cet atelier d'une journée nous a également permis d'identifier des experts dans le domaine, qui ont ensuite été invités, et acceptés, pour contribuer au Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative.
