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Axes majeurs d'innovation

      La science ouverte à l'IFB

      L’IFB et ses plateformes régionales œuvrent à la science ouverte sur de nombreux plans : que cela soit par la mise à disposition de ressources de calculs et stockages mutualisés, la complétion de ses ressources par des solutions de gestion de workflows, ou la démocratisation des containers ou des environnements virtuels, ou encore des formations proposées à différents publiques, ou finalement le développement d’outils et services pour accompagner les scientifiques aux différentes étapes du cycle de vie des données.

      L’IFB comme Centre de Référence Thématique

      L’IFB a été nommé Centre de Référence Thématique pour la biologie et santé, par le ministère de la recherche et de l’enseignement supérieur (MESR), pour l’écosystème Recherche Data Gouv. 

      Recherche Data Gouv est un écosystème national, destiné à accompagner la communauté scientifique dans une gestion vertueuse de leurs données de la recherche. L’ouverture des données de la recherche y est fortement incitée, dans le cadre du plan national pour la science ouverte (PNSO). À ce titre, l’IFB participe à l’ensemble des actions et des initiatives de l’écosystème, en particulier en interaction avec les ateliers de la donnée en région.

      L’IFB, comme centre de référence thématique, doit animer les communautés en science de la vie et santé pour définir les référentiels de bonnes pratiques en gestion des données. Cela nécessite l’implication d’acteurs variés, représentatifs de la grande hétérogénéité des données du domaine. Dans ce sens, un groupe données de la recherche travaille au sein du club des infrastructures nationales en biologie et santé. 

      Les différentes initiatives de développement d’outils et service à l’IFB, en science ouverte, pourront consolider à terme les recommandations proposées par le centre de référence.

      Des outils pour faciliter l'interopérabilité

      • FAIR-Checker (https://fair-checker.france-bioinformatique.fr/)
        FAIR-Checker est un outil générique destiné à évaluer les principes FAIR. Il permet aux développeurs et aux fournisseurs de données d'améliorer la qualité de leurs ressources numériques grâce à une interface web et une API. Les développeurs peuvent ainsi explorer et obtenir des informations sur la qualité des métadonnées exposées par les ressources webCeci . FAIR-Checker a été massivement utilisé au cours des six derniers mois, avec une moyenne de 163 000 évaluations par mois.

        FAIR-Checker s'appuie technologies du web sémantique W3C, ce qui est essentiel pour l'interopérabilité. FAIR-Checker s'appuie également sur les recommandations des initiatives GO-FAIR et RDA FAIR. FAIR-Checker a été récemment publié dans le Journal of Biomedical Semantics (https://doi.org/10.1186/s13326-023-00289-5 ). Par rapport à l'état de l'art (F-UJI ou FAIR Evaluator) son originalité réside dans i) des métriques fines visant à promouvoir l'utilisation de termes d'ontologies déjà déposés et ii) l'utilisation de profils Bioschemas pilotés par la communauté visant à aider les développeurs à prioriser leur travail sur des métadonnées identifiées comme minimales, recommandées ou facultatives..

        FAIR-Checker est une des ressources clés de la feuille de route de la mission Science ouverte et Interopérabilité d'ELIXIR-FR, scientifiquement reconnue par les pairs,  et servant en production des milliers d'évaluations chaque mois.

      • Data Stewardship Wizard (https://dsw.france-bioinformatique.fr/)
        Différentes infrastructures nationales partenaires, en biologie et santé, ont exprimé le souhait de concevoir avec l’appui de l’IFB des plans de gestion de données thématiques pour définir les stratégies de leurs différentes plateformes. L’objectif est de pouvoir à terme faire bénéficier l’ensemble de leurs utilisateurs de PGD dits machine actionable, afin de faciliter le travail à la fois des scientifiques en charge des données que des administrateurs de plateformes. Dans ce but, l’IFB maintient un service Data Stewardship Wizard. DSW est un système en ligne dédié aux plans de gestion des données (PGD). DSW est développé dans le cadre d’ELIXIR, et diverses instances sont accessibles en Europe. 

        L’instance IFB est dédiée principalement à l’élaboration collaborative de modèles de plan de gestion des données thématiques, en collaboration avec des infrastructures nationales partenaires (FBI, France Génomique, ProFI, MetaboHUB, ChemBioFrance…). Différents modèles thématiques sont accessibles: bioimagerie, génomique, protéomique, métabolomique et cytométrie. Ces trames sont utilisées par de nombreuses plateformes pour élaborer leurs plans de gestion de données entités. 

        Un travail sur l’interopérabilité avec DMP-OPIDOR est en cours, afin de pouvoir disposer sur l’outil développé par l’INIST des modèles et PGDs remplis sur DSW.

      • Madbot (https://gitlab.com/ifb-elixirfr/madbot)
        Madbot (Metadata And Data Brokering Online Tool) est une application web qui fournit un tableau de bord pour la gestion des données et des métadonnées de recherche. Sa philosophie est d'agréger des métadonnées autour de projets scientifiques en créant des liens, par le biais de connecteurs, vers l'endroit où les données sont stockées sans stocker les ensembles de données en tant que tels.

        Ces connecteurs rendent Madbot très flexible et adaptable à de nombreux environnements de recherche. Il s'interface déjà avec de nombreux outils de gestion et d'analyse de données utilisés quotidiennement par les chercheurs, tels que les carnets de laboratoire électroniques (Labguru, eLabFTW), les systèmes de stockage de fichiers (NAS, Seafile), les entrepôts de données de recherche (Zenodo, très prochainement ENA), les plateformes d'analyse basées sur le web (Omero, Galaxy) et les infrastructures de clusters accessibles via SSH. L’architecture de l’application est basée sur le standard ISA (Investigation, Study, Assay) permettant de créer des connecteurs avec pratiquement tous les outils.

        Madbot offre ainsi une vision transversale des données et des métadonnées pour chaque projet de recherche. Il permet aux chercheurs et à leurs équipes d'adopter progressivement une approche vertueuse de la gestion de leurs données, tout en les accompagnant vers une publication FAIR.
        Tous les développements et résultats de ce projet seront mis à la disposition de l'ensemble de la communauté scientifique sur la plateforme collaborative GitLab sous licence libre.
      IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UAR 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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