L’organisation de l’IFB est centrée sur des interactions continues avec les organismes de tutelles qui supervisent l’infrastructure (comité des tutelles), et avec d’autres infrastructures nationales “omics” et les communautés d’utilisateurs au sens large. Avec l’aide des recommandations d’un comité scientifique international (SAB), d’un comité des industriels (IAC) et d’un comité d'éthique (EC), ces instances de gouvernance guident la stratégie et les grandes orientations scientifiques de l’IFB. Les actions permettant de réaliser cette stratégie sont déclinées dans une feuille de route (révisée annuellement) et mises en œuvre par les cellules opérationnelles de l’IFB.