L’IFB est une Unité Mixte de Service (UMS), sous la tutelle de cinq organismes de recherche nationaux: 

• CNRS: Centre National de la Recherche Scientifique
• INRAE: Institut National de Recherche sur l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement
• Inserm: Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
• CEA: Commission des énergies alternatives et de l'énergie atomique
• INRIA: Institut National d'Informatique et de Contrôle

L’organisation est basée sur une interaction continue avec les autorités de contrôle (= comité des tutelles), les autres infrastructures nationales '-omiques' et les grands plans nationaux. Elle sépare la stratégie scientifique (= organe de gouvernance) des tâches opérationnelles (cellules opérationnelles).

D’autres établissements-partenaires sont aussi liés à l’IFB car ils sont les tutelles de certaines plateformes constitutives de l’IFB, c’est le cas pour: 

• Institut Pasteur
• Institut Curie
• ICM: Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
• Cirad: La recherche agronomique pour le développement
• IRD: Institut de Recherche pour le Développement
• Et quelques universités françaises

L’IFB est l'une des infrastructures nationales de support à la recherche, spécialisées en Biologie et Santé (INBS- Infrastructure nationale en biologie et santé). Les INBS ont de fortes interactions mutuelles, renforcées par l’IFB qui se situe au carrefour de l’utilisation de données de différents types faisant toutes appel à la bioinformatique. Le grand enjeu de la biologie est d’intégrer les données de natures diverses et d’avoir une vision systémique des organismes. L’IFB y participe en collaborant étroitement avec:

• France Génomique: infrastructure nationale en génomique (séquençage)
• MetaboHub: infrastructure nationale en métabolomique et fluxomique
• ProFi: infrastructure nationale en protéomique
• FBI: France BioImaging
• FLI: France Life Imaging
• FRISBI: infrastructure nationale en bioinformatique structurale
• EMBRC-FR: infrastructure nationale en ressources biologiques marines

WP1. Environnement national distribué de services en bioinformatique

• Action 1.1 - Réseau National de Ressources Informatiques (NNCR, National Network of Computational Resources)
   Direction: Julien Seiler & Christophe Blanchet
  
• Action 1.2 - Environnement des logiciels et des données: intergiciels, outils et flux de travail
  Direction: Gildas Le Corguilé & Olivier Collin
  
• Action 1.3 - Soutien aux bases de données
  Direction: Claudine Médigue & Guy Perrière
  
• Action 1.4 - Catalogue des ressources françaises en bioinformatique
  Direction: Hervé Ménager & Jacques van Helden
  
• Action 1.5 - Accès aux utilisateurs finaux
  Direction: Christine Gaspin & Erwan Corre
  
• Action 1.6 - Partage de services avec d’autres infrastructures nationales de soutien à la recherche
  Direction: Christophe Bruley & Jean-françois Dufayard
  
• Action 1.7 - Guichet de conseil et d’orientation
  Direction: Vincent Lefort & Ivan Moszer
  

WP2. Innovation: vers la bioinformatique intégrative

• Action 2.1 - Projets pilotes en collaboration avec les infrastructures et les plans de recherche nationaux
  Direction: Claudine Médigue, Etienne Thévenot & Olivier Sand
  
• Action 2.2 - Appel aux défis et au déblocage des barrières technologiques et scientifiques
  Direction: Ivan Moszer & Jacques van Helden
  
• Action 2.3 - Catalyser l’interopérabilité et l’intégration entre les ressources bioinformatiques
  Direction: Alban Gaignard & Marie-Dominique Devignes
  

WP3. Liens avec les réseaux internationaux et l’industrie

• Action 3.1 - L’IFB comme noeud français du réseau européen ELIXIR
  Direction: Anne-Françoise Adam-Blondon & Claudine Médigue
  
• Action 3.2 - Partenariat avec les industries
  Direction: Patrick Durand & Yves Vandenbrouck
  

WP4. Formation et sensibilisation

• Action 4.1 - Formation
  Direction: Hélène Chiapello & Jacques van Helden
  
• Action 4.2 - Co-organisation des activités scientifiques avec la SFBI et le GDR BIM
  Direction: Morgane Thomas-Chollier (présidente SFBI) & Hélène Touzet (coordinatrice GDR BIM)
  
• Action 4.3 - Communication & Valorisation
  Direction:  Claudine Médigue & Victoria Dominguez Del Angel
  

WP5. Management et gouvernance

• Action 5.1 - Organes de gouvernance et de coordination
  Direction: Claudine Médigue & Jacques van Helden
  
• Action 5.2 - Système de gestion de la qualité
  Direction: Claudine Médigue
  
• Action 5.3 - Modèle économique de l’IFB
  Direction: Claudine Médigue