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Projets internationaux

      L’intégration européenne

      ELIXIR a la volonté de permettre à ses États membres d'intégrer les données et les services des sciences de la vie et de maximiser l'expertise des chacuns en matière de bioinformatique. À cette fin, une regroupement est fait entre les centres nationaux, les services et les ressources bioinformatiques de base de l'Europe en une seule infrastructure coordonnée et crée une communauté d'informaticiens dans toute l'Europe. 

      Jusqu'à présent, cela a donné lieu à un environnement puissant soutenant la contribution européenne au développement de normes et d'outils génériques pour la communauté dans le domaine des sciences de la vie : Bioschema, EDMA, FAIR : ensemble de normes et d'outils pour la normalisation des données de phénotypage des plantes, les flux de travail et les conteneurs, etc. Il apporte une voix européenne organisée dans les consortiums internationaux (par exemple, Breeding API, MIAPPE et GA4GH, dans lesquels ELIXIR-FR a été très actif) et une forte contribution au développement d'environnements durables d'analyse de données (BioTools, Galaxy.eu, etc.) et assure le renforcement des capacités et la formation dans toute l'Europe. 

      ELIXIR soutient les activités de codéveloppement par le biais de projets internes entre ses nœuds. Sur la période 2015-2018, ELIXIR-FR a participé à 19 Implementation Studies (IS), à des échanges de personnel, mais aussi à des hackathons. La dernière a été organisée en France (Paris, novembre 2018) et 150 experts et informaticiens/ingénieurs des nœuds d'ELIXIR mais aussi, et c’était inédit, du secteur privé, ont été accueillis pendant une semaine pour développer ensemble des codes ou "FAIRifier" leurs ressources. L’infrastructure permet aussi à ses membres de participer à des projets européens structurants, tels que le projet H2020 (2019-2023) EUCANcan qui vise à aligner et à interconnecter les infrastructures européennes et canadiennes existantes pour l'analyse et la gestion des données génomiques en oncologie. L'action de coordination et de soutien H2020 GenRes est l'occasion de positionner le rôle d'ELIXIR dans le domaine de la biodiversité. ELIXIR est une véritable opportunité pour l'IFB de s'aligner sur les objectifs du Cloud scientifique ouvert européen (EOSC).

      Interactions avec d’autres ESFRis

      Au cours des cinq dernières années, ELIXIR a soutenu les coordinations avec d'autres ESFRI, en particulier par le biais de ses communautés (par exemple, EMPHASIS et ELIXIR, où le nœud français a été à l'initiative), ce qui a également été utile en interne pour mieux définir les aspects de l'e-infrastructure à mutualiser et les aspects spécifiques. Il a également été utile de s'assurer que les objets clés permettent l'interopérabilité entre les données de phénotypage produites par EMPHASIS et les données de polymorphisme (stockées dans les archives d'ELIXIR à l'EMBL-EBI). Un autre exemple est la communauté de métagénomique marine ELIXIR, qui travaille en étroite collaboration avec l'EMBRC Eric dans plusieurs domaines : promotion de la meilleure stratégie en termes d'e-infrastructure, de plans de gestion des données et d'OTAN et de flux d'analyse en relation avec les projets d'observatoires génomiques. Dans la période à venir, les collaborations avec les autres ESFRI dans le domaine des sciences de la vie seront soutenues par le projet H2020 EOSC-Life, coordonné par ELIXIR Hub. Le nœud français est impliqué dans des activités comme ECRAN, MIRRI, EMBRC et EMPHASIS. 

      Voir les projets implicants l'IFB
      IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UAR 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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