Services

Portefeuille de services

L’objectif de l’IFB est de déployer une infrastructure nationale de bioinformatique accessible aux communautés de la recherche médicale et des sciences de la vie. L’IFB offre un portefeuille de services intégrant à la fois une infrastructure physique (stockage & informatique), des environnements logiciels génériques et spécialisés, des bases de données biologiques, une assistance aux utilisateurs, du conseil pour la conception et la réalisation de projets scientifiques et enfin des formations

Les services de l'IFB ont deux objectifs principaux : le déploiement d'un service de haute performance en bioinformatique optimisé pour les besoins des communautés des sciences de la vie (laboratoires universitaires et industries) et le développement de ressources bioinformatiques innovantes pour répondre aux défis stratégiques en matière de santé, d'environnement et d'agriculture.

NNCR (Réseau national de ressources informatiques)

Les services aux communautés sont assurés par le NNCR, il comprend tout le matériel (IFB-core + plateformes régionales) contribuant à assurer l’offre de services. Le NNCR s’appuie sur une infrastructure distribuée constituée des serveurs de l'IFB-core (Cloud à Lyon et Cluster à Orsay) et de neuf plateformes de calcul haute performance localisées dans différentes régions. Ce réseau est ouvert aux communautés de recherche française et internationale, publiques et privées, dans le domaine des sciences du vivant. 

Par rapport au traitement des données dans d’autres domaines scientifiques, les caractéristiques particulières des données biologiques les rendent dépendantes d’une architecture matérielle, d’un environnement logiciel et de collections de données très spécifiques qui ne sont actuellement pas disponibles dans les centres de calcul nationaux. Pour faire face à ces défis, l’IFB a organisé ses services en décentralisant les ressources physiques, logistiques et humaines.

Une telle décentralisation des ressources offre au moins quatre avantages principaux :

  1. La sécurité du service en cas de panne locale
  2. La répartition des flux de transfert de données
  3. La proximité géographique
  4. Le développement conjoint de bonnes pratiques et d’une expertise technique avancée pour le calcul, le traitement et le stockage des données.

Le NNCR fournit des ressources (informatique, stockage) ainsi que des services (support, ouverture de compte, installation de logiciels et de bases de données, hébergement de sites web et de machines virtuelles (VM), développement de logiciels/bases de données/systèmes d'information et bioanalyse de données). 

L’IFB propose en parallèle de la solution Cloud, des solutions de type Cluster HPC (High Performance Computer), soit  deux types d’infrastructures destinées au stockage, calcul de données, support à la formation et apprentissage. Cet environnement modulaire aide les développeurs à garantir les meilleurs pratiques en matière de développement et de déploiement de logiciels et aide les utilisateurs à trouver, accéder et déployer ces ressources. L’IFB est également l’un des principaux contributeurs du registre d’outils européen ELIXIR, bio.tools.

Le Cloud, un service proposant des environnements logiciels préconfigurés dont l'utilisateur est administrateur, dédiés à des analyses bioinformatiques spécifiques.

Les Clusters, proposant un ensemble d'outils préinstallés directement exploitables sur de gros volumes de processeurs et de mémoire. 

Catalogue des ressources françaises en bioinformatique

Le paysage des infrastructures nationales en biologie et santé (INBS) est extrêmement complexe et inégal. Il existe de fortes différences entre ces infrastructures en ce qui concerne leurs moyens, le nombre d'utilisateurs et leurs propres ressources de stockage et de calcul, le cas échéant. Dans un tel contexte, l'IFB travaille sur la mutualisation des ressources avec les autres infrastructures nationale pour les Sciences de la vie et de la santé. Ce travail est réparti entre plusieurs actions concomitantes.

L'IFB assure la trouvabilité et la visibilité des ressources bioinformatiques (outils, bases de données, expertise individuelle, plateformes, événements et matériel de formation), qui seront synchronisées avec les catalogues internationaux correspondants. Ce catalogue contribuera également à identifier facilement les ressources les plus adaptées et leur disponibilité pour répondre aux besoins des utilisateurs finaux (quel outil fait quoi et où est-il installé ? Qui est compétent pour une question donnée)

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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