Noeud français d'ELIXIR

L'IFB est le noeud français de l’infrastructure européenne de bioinformatique ELIXIR, soit ELIXIR-FR. L’IFB-core, en tant que noeud national de l’IFB, est en relation avec le hub européen d’ELIXIR à Hinxton. Organisation intergouvernementale qui développe une infrastructure Européenne distribuée, ELIXIR permet aux scientifiques dans le domaine des sciences de la vie d’accéder à des ressources telles que des bases de données, des outils logiciels, du matériel de formation, du stockage cloud et des clusters de calcul. Les expériences en Science de la vie génèrent un volume de données et un nombre de logiciels immenses et en augmentation exponentielle. Il est nécessaire de stocker les données, de les rendre accessibles, interopérables et sûres. L’objectif d’ELIXIR est de coordonner ces ressources pour former une infrastructure unique permettant aux scientifiques de trouver et de partager des données, d’échanger des compétences et de convenir des meilleures pratiques dans toute l’Europe.

ELIXIR-FR

La mission d'ELIXIR-FR est de doter la communauté bioinformatique française d'outils et d'expertise afin d'améliorer son offre de services auprès des chercheurs. Elixir-FR assure la pérennité des ressources bioinformatiques nationales, participe au développement d'une infrastructure durable de stockage, de traitement et d'analyse des données des sciences de la vie et donne accès à des outils et formations pour faciliter ces activités.

ELIXIR-FR contribue aux activités des plateformes et des communautés d’ELIXIR en s’assurant que les ressources bioinformatiques développées par la communauté française s’intègrent dans l’offre de service Européenne.

> Coordination des activités de ELIXIR-FR 

Direction du noeud : Claudine Médigue and Jacques van Helden
Chef adjoint du noeud:  Anne-Françoise Adam-Blondon
Coordinateurs techniques : Christophe Blanchet; Olivier Collin
Coordinateur de formation : Victoria Dominguez del Angel

Réalisations clés d’ELIXIR-FR

 

  • Orphadata, le portail public sur les maladies rares, a été labellisé Core Data Resource par Elixir en 2019. 
  • ELIXIR-FR a eu un rôle très actif via la communauté ELIXIR « Plant Sciences » qu’elle co-anime, dans la coordination des activités d’ELIXIR avec l’infrastructure européenne de phénotypage chez les plantes EMPHASIS
  • Le nœud français a été très actifs dans le recueil des besoins des utilisateurs en terme d’outils, leur déploiement dans des environnements adaptés tels que Galaxy, et l’organisation de formations, hackathons et workshops en lien avec ces besoins (ex : workshop « Bio.tools, Biocontainers and Galaxy »). ELIXIR-FR a ainsi développé des pipelines d’analyse pour les communautés ELIXIR « Proteomics » (Proline) et « Metabolomics » (Workflow4Metabolomics) et co-anime la communauté Galaxy.

 

Enfin, ELIXIR-FR a organisé le premier BioHackathon ELIXIR à Paris en 2018

Service ELIXIR-FR

Les services d’ELIXIR-FR comprennent des bases de données, des outils, des infrastructures informatiques et des services de formation qui sont importants pour la communauté française travaillant dans le bioinformatique pour les sciences de la vie. De plus, ces outils doivent être alignés sur les recommandations de bonnes pratiques des plateformes d’ELIXIR, dans une dynamique de science ouverte et raisonnablement durable.

IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UMS 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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