L'IFB est le noeud français de l’infrastructure européenne de bioinformatique ELIXIR, soit ELIXIR-FR. L’IFB-core, en tant que noeud national de l’IFB, est en relation avec le hub européen d’ELIXIR à Hinxton. Organisation intergouvernementale qui développe une infrastructure Européenne distribuée, ELIXIR permet aux scientifiques dans le domaine des sciences de la vie d’accéder à des ressources telles que des bases de données, des outils logiciels, du matériel de formation, du stockage cloud et des clusters de calcul. Les expériences en Science de la vie génèrent un volume de données et un nombre important de logiciels et en augmentation exponentielle. Il est nécessaire de stocker les données, de les rendre accessibles, interopérables et sûres. L’objectif d’ELIXIR est de coordonner ces ressources pour former une infrastructure unique permettant aux scientifiques de trouver et de partager des données, d’échanger des compétences et de convenir des meilleures pratiques dans toute l’Europe.

La mission d'ELIXIR-FR est de doter la communauté bioinformatique française d'outils et d'expertise afin d'améliorer son offre de services auprès des chercheurs. Elixir-FR assure la pérennité des ressources bioinformatiques nationales, participe au développement d'une infrastructure durable de stockage, de traitement et d'analyse des données des sciences de la vie et donne accès à des outils et formations pour faciliter ces activités.

ELIXIR-FR contribue aux activités des plateformes et des communautés d’ELIXIR en s’assurant que les ressources bioinformatiques développées par la communauté française s’intègrent dans l’offre de service Européenne.

> Coordination des activités de ELIXIR-FR 

Direction du noeud : Claudine Médigue and Jacques van Helden
Chef adjoint du noeud:  Anne-Françoise Adam-Blondon
Coordinateurs techniques : Christophe Blanchet; Olivier Collin, Olivier Sallou 
Coordinateurs de formation : Victoria Dominguez Del Angel; Olivier Sand

• Orphadata, le portail public sur les maladies rares, a été labellisé Core Data Resource par Elixir en 2019. 

• ELIXIR-FR a eu un rôle très actif via la communauté ELIXIR « Plant Sciences » qu’elle co-anime, dans la coordination des activités d’ELIXIR avec l’infrastructure européenne de phénotypage chez les plantes EMPHASIS

• Le nœud français a été très actifs dans le recueil des besoins des utilisateurs en terme d’outils, leur déploiement dans des environnements adaptés tels que Galaxy, et l’organisation de formations, hackathons et workshops en lien avec ces besoins (ex : workshop « Bio.tools, Biocontainers and Galaxy »). ELIXIR-FR a ainsi développé des pipelines d’analyse pour les communautés ELIXIR « Proteomics » (Proline) et « Metabolomics » (Workflow4Metabolomics) et co-anime la communauté Galaxy.

Enfin, ELIXIR-FR a organisé le premier BioHackathon ELIXIR à Paris en 2018 et co-organisé le deuxième en 2019

Les services d’ELIXIR-FR comprennent des bases de données, des outils, des infrastructures informatiques et des services de formation qui sont importants pour la communauté française travaillant dans le bioinformatique pour les sciences de la vie. De plus, ces outils doivent être alignés sur les recommandations de bonnes pratiques des plateformes d’ELIXIR, dans une dynamique de science ouverte et raisonnablement durable.

Les communautés ELIXIR correspondent à des groupes d’utilisateurs des services d’ELIXIR formellement reconnus par l’infrastructure. Elles doivent guider les développements des services long terme des plateformes pour répondre aux besoins de leurs communautés de scientifiques. Cette collaboration avec ELIXIR permet d’apporter des solutions à leurs problèmes en terme de gestion de données, de calcul en cloud et de partage de données entre pays construites sur des bases technologiques stables et fiables.

ELIXIR-FR co-coordonne en particulier plusieurs communautés :

• Galaxy : Gildas Le Corguillé
• Microbial biotechnology: Vincent Fromion
• Human Copy Number Variation : Christophe Béroud & David Salgado
• Plant Science : Cyril Pommier

ELIXIR-FR a des points de contact français dans les autres communautés :

• • Marine metagenomics : Erwan Corre
  • Human data : David Salgado
  • Rare Diseases : Marc Hanauer ; David Salgado
  • Proteomics : Christophe Bruley
  • Metabolomics : Etienne Thevenot
  • Structural bioinformatics : Pierre Tuffery

Les activités de l’infrastructure ELIXIR sont organisées en 5 domaines appelés “plateformes”: Données (Data), Outils (Tools), Interopérabilité (Interoperability), Infrastructure (Compute) et formation (Training).

ELIXIR-FR a des représentants dans chacune de ces plateformes, dont le rôle est de coordonner les activités françaises:

• Tools : Hervé Menager, Olivier Sallou
• Data : David Salgado
• Compute : Christophe Blanchet, Olivier Collin, Olivier Sallou, Julien Seiler
• Interoperability : Marie-Dominique Desvignes, Alban Gaignard
• Training : Victoria Dominguez Del Angel, Olivier Sand

ELIXIR propose trois type de formations en lien avec le type de participant :

• Des formations dédiées aux chercheurs plutôt sous forme de workshops où les participants apportent leurs propres données

• Des formations dédiées aux développeurs et qui visent à partager les bonnes pratiques et les connaissances.

• Des formations dédiées aux formateurs et afin de leur donner des outils pédagogiques efficaces.