L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) offre une infrastructure pour déployer des environnements d'apprentissage et des cours dans les cursus de bioinformatique. En réponse aux besoins croissants de compétences de base en programmation Unix, R et Python, et à l'évolution des modalités de formation, nous explorons ce que l'e-learning a à offrir pour l'enseignement de la bioinformatique.
Qui sommes-nous ?
Nous sommes un groupe de travail composé de formateurs en bioinformatique de l'IFB et d'enseignants universitaires qui se réunissent depuis janvier 2020 pour créer des solutions innovantes pour la formation en ligne des concepts de base d'Unix, R et Python. Nos besoins communs étaient à l'origine de concevoir des activités préalables à la formation en bioinformatique destinée aux biologistes, comme la formation professionnelle EBAII ou les cursus universitaires.
Liste des membres du groupe
Hélène Chiapello, Ingénieure de Recherche - co-coordination Formations IFB/ELIXIR-FR, INRAE (Jouy-en-Josas)
Thomas Denecker, Ingénieur de Recherche - IFB, CNRS (Paris)
Lucie Khamvongsa Charbonnier, Ingénieure d’Études- IFB, CNRS (Marseille)
Pierre Poulain, Maître de conférences - Université Paris Cité (Paris)
Denis Puthier, Professeur - Aix Marseille Université (Marseille)
Olivier Sand, Ingénieur de Recherche - co-coordination Formations IFB/ELIXIR-FR, CNRS (Lille)
Claire Toffano-Nioche, Chercheure - CNRS (Gif-sur-Yvette)
Morgane Thomas-Chollier, Maître de conférences - PSL University - Ecole normale supérieure (Paris)
Nos objectifs
- Veille technique sur les environnements numériques dédiés aux ressources d'auto-formation avec des sessions pratiques adaptées à nos publics cibles. Nous faisons état des technologies disponibles permettant la création de scénarios en ligne pour apprendre et acquérir des compétences de base en ligne de commande et en programmation. Ce domaine évolue activement, notamment avec les approches in-browser (WebAssembly, Wasm). Notre objectif est de fournir une ressource d'autoformation sur laquelle les biologistes souhaitant apprendre la bioinformatique pourraient acquérir les bases d'Unix, R et Python.
- Conception de contenus pédagogiques axés sur les besoins des formateurs et enseignants en bioinformatique, idéalement basés sur les ressources déployées sur l'infrastructure de l'IFB. En 2021, nous avons produit un cours d'auto-formation sur les bases de la ligne de commande Unix, un besoin largement partagé par les utilisateurs des services IFB. Nous avons mis en place ce cours sur la plateforme Katacoda. Cette ressource composée de 3 scénarios a été utilisée avec succès comme pré-requis de plusieurs sessions de formation en bioinformatique de l'IFB et de modules d’enseignements universitaires. Des centaines d’apprenants ont déjà bénéficié de ce cours. Depuis l'arrêt de Katacoda à la mi-2022, nous expérimentons actuellement des solutions alternatives comme KillerCoda et Sandbox.bio.
Nos réalisations
- Cours Katacoda Unix : ce cours a été accessible en ligne jusqu'en juillet 2022, date à laquelle Katacoda a changé son modèle économique. Plus de 200 utilisateurs, 3 scénarios, contenu disponible sur https://github.com/IFB-ElixirFr/katacoda-scenarios
- Cours Killercoda Unix : les scénarios sont accessibles ici : https://github.com/IFB-ElixirFr/killercoda-scenarios
ce cours est actuellement disponible ici : https://killercoda.com/ifb-eformation-linux - Un résumé de notre travail a été présenté à la conférence nationale JOBIM 2021 sous forme de poster
Contact : ifb-gt-eformation@groupes.france-bioinformatique.fr
