Vous êtes formateur et vous cherchez une solution pour héberger vos sessions de formation pour des durées variables ?
L’IFB soutient les formations (cursus universitaires, écoles scientifiques, formations permanentes, workshops, hackathons…) par la fourniture d'une infrastructure bio-informatique et informatique avec des outils adaptés. Que ce soit par la mise en place de machines virtuelles dédiées sur Biosphère (la fédération de clouds de l'IFB) ou par la création d'espaces de travail partagés sur le Core-cluster de l'IFB, les formateurs peuvent accéder à des ressources de calculs et des environnements spécifiques de la bioinformatique pour leurs étudiants.
Les procédures de demande sont les suivantes :
Le cluster de l’IFB peut héberger des sessions de formation pour des durées variables (allant du TP sur une journée, à des formations sur plusieurs mois)
La formation peut s'effectuer :
Nous déconseillons l’utilisation de l’instance https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr pour les formations car les ressources de ce serveur sont limitées.
Nous vous recommandons à la place d'utiliser Rstudio de Jupyterhub parce qu'il lance les jobs sur le cluster et vous bénéficiez ainsi des puissances de calcul de tout le cluster plutôt que celle d’un seul serveur.
Pour https://usegalaxy.fr veuillez vous référer directement au point #5.
Nous devons avoir toutes les informations relatives à la formation (outils à installer, comptes étudiants à créer, réservation à créer etc ..) au moins 15 jours avant le début de la formation.
Afin de garantir la meilleure expérience possible, nous demandons aux formateurs de nous contacter par email.
Nous demandons alors aux formateurs de remplir un formulaire, “la demande de service”, qui nous permet de recueillir les besoins des enseignants en matière d’outils, de banques et de comptes d’étudiants.
Des dossiers de projets partagés sont créés pour permettre aux formateurs, aux tuteurs et aux stagiaires de travailler dans des espaces de travail identiques et privés.
Nous suivons une nomenclature de type yynn_acromyme-de-la-formation pour les projets de formations.
Le projet est alors accessible sur le cluster dans /shared/projects/, par exemple /shared/projects/2301_etbii
Enfin, un environnement logiciel personnalisé est créé (environnement Conda), ce qui garantit la reproductibilité des résultats, la réutilisation du matériel pédagogique pour d’autres formations et la portabilité de l’ensemble de l’environnement logiciel.
La demande de service vous permet de demander l’installation de banques ou d’outils particuliers s’ils ne sont pas encore disponibles sur le cluster.
Nous demandons aux formateurs d’avoir un compte nominatif
Pour les comptes étudiants nous recommandons:
L'équipe IFB Core Cluster peut vous créer les comptes génériques.
Pour les comptes nominatifs, les étudiants peuvent faire leur demande de compte sur https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/ en spécifiant le nom du projet utilisé pour la formation. Les comptes nominatifs permettent de plus aux étudiants de continuer à utiliser le cluster au terme de la formation.
Le formateur en tant que propriétaire du projet peut ensuite ajouter les étudiants au projet. Si cette solution n’est pas possible, nous pouvons également créer les comptes étudiants nominatifs en batch à partir d’une liste.
Notez que nous demandons à tous nos utilisateurs de fournir une adresse académique et non de type gmail, outlook ….
Si vous avez besoin de sous dossiers particuliers dans le projet, vous devez alors expliquer vos besoins dans la demande de service.
Vous pouvez par exemple avoir un sous dossier data, qui sera en lecture seule pour les étudiants. Ou bien un sous projet par étudiant, qui sera en lecture seule pour les autres étudiants mais en écriture pour l'étudiant et le formateur.
Une fois vos besoins expliqués dans la demande de service, nous mettrons en place ces sous dossiers pour vous.
Nous pouvons vous réserver des noeuds de calcul pour votre formation. Une réservation est utile dans le cas de formations courtes comme un TP, où il est crucial de ne pas avoir de problèmes de latence ou de performance.
Pour utiliser la réservation l'apprenant devra exécuter la commande: module load training/<nom de la formation>
L'instance https://usegalaxy.fr utilise son propre système d'authentification, distinct du cluster.
Il n'est pas actuellement possible d'y créer des comptes anonymes mais notez que les ouvertures de compte sont rapides sur usegalaxy.fr et ne demande pas d’étape de validation.
Les demandes de formation se font directement sur https://usegalaxy.fr/tiaas
