Le cluster de l’IFB-core est en production depuis novembre 2018. Il est composé de 4300 cœurs (hyperthreadés) et de 2Po de stockage. Son but est de donner accès à des ressources bioinformatiques générales et spécialisées à des utilisateurs de différents domaines (biologistes et bioinformaticiens) et niveaux d’expertise (du novice à l’expert).
L’administration du cluster IFB-core se fait en collaboration. Plus de six ingénieurs de cinq plateformes IFB construisent et contribuent quotidiennement au projet. Afin de gérer les multiples contributions, celles-ci sont gérées par des mécanismes CI (Ansible + Gitlab runner) connectés à un dépôt de code commun (Gitlab).
Documentation utilisateur (N’hésitez pas à nous proposer des ajouts ou modifications) https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/
Vous avez des compétences en outils de bioinformatique ou en administration systèmes, rejoignez la TaskForce Cluster de l’IFB pour déployer vos outils ou contribuer à la gestion de l’infrastructure IFB. N’hésitez pas à prendre contact en envoyant un mail à contact-nncr-cluster@groupes.france-bioinformatique.fr. Dans le cas contraire si vous souhaitez vous former aux technologies utilisées sur l’infrastructure, des sessions de formations/tutorats sont proposées régulièrement.
> Intégration continue (CI) & Travail collaboratif. L’administration des ressources se fait de façon collaborative. Afin de maîtriser les contributions multiples, celles ci sont gérées par un mécanisme d’intégration continue branché sur un dépôt de code commun.
> La traçabilité. Toutes les actions d’installation, de paramétrage et de maintenance doivent être tracées au maximum. Ceci afin de :
Nous avons choisi d’utiliser un répertoire Git hébergé sur un GitLab. Git remplit tous nos besoins en traçabilité. L’interface GitLab quant à elle, nous offre un lieu d’échange et offre la possibilité de fonctionner par Merge Request (Pull Request). Ces MR nous obligent à insérer un phase de review de code avant la mise en production. Chaque modification ou ajout est ainsi validé par un pair pour éviter les erreurs et pour garantir qu’au moins 2 personnes sont au courant.
> Les membres de la TaskForce: