La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre l’épidémie à l’échelle nationale et mondiale. Depuis le mois de janvier 2021, les ministères chargés de la Santé et de la Recherche ont confia à Santé publique France et à l’ANRS│Maladies infectieuses émergentes, la création et le pilotage du consortium EMERGEN pour déployer sur le territoire national un système de surveillance génomique du SARS-CoV-2 à des fins de santé publique et de recherche.
EMERGEN intègre des activités de surveillance conduites sous l’égide de Santé publique France et du CNRS, et des activités de recherche conduites sous l’égide de l’ANRS│Maladies infectieuses émergentes (MIE). Le projet s’articule en trois grands axes :
Un consortium pluridisciplinaire
Un programme de séquençage efficace s’appuie sur la coordination de différentes étapes qui nécessitent des expertises complémentaires: prélèvements d’échantillons, préparation des échantillons pour le séquençage et séquençage, analyse bioinformatique des génomes, publication des données dans les bases de données nationales et internationales, suivi des variants d’intérêt, découverte éventuelle et caractérisation de nouveaux variants, et recherches approfondies sur leur impact épidémiologique et fonctionnel.
Le consortium EMERGEN associe de nombreux partenaires, dont en particulier quatre plateformes de séquençage (CNR Institut Pasteur, CNR Hospices Civils de Lyon, CNR- Laboratoires experts pour l’appui au séquençage du SARS-CoV-2: APHP Mondor (Créteil) et APHM Marseille), le réseau de laboratoires de virologie de l’ANRS│MIE, l'Institut Français de BIoinformatique (IFB), l’Inserm, et une quinzaine d’équipes de recherche affiliées à différents organismes et instituts (Inserm, CNRS, CEA, …), le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH/CEA) à Evry, et l’ANSES.
EMERGEN: quand la recherche et la surveillance sont étroitement associées
Le projet a pour objectif un suivi de l’évolution génétique des pathogènes pour identifier l’émergence et la distribution spatio-temporelle de virus présentant des mutations susceptibles d’avoir des conséquences fonctionnelles. Inscrit dans la stratégie globale de surveillance des variants, EMERGEN permet de renforcer les capacités françaises pour la lutte contre les variants et demain contre d’autres maladies infectieuses émergentes.
EMERGEN-DB
