Du 2 au 5 juin, l’équipe ELIXIR-FR était à Thessalonique (Grèce) pour participer au All Hands Meeting ELIXIR 2025, l’assemblée générale de l’infrastructure européenne ELIXIR. Cette 11e édition a rassemblé des représentants des différents nœuds ELIXIR, partenaires institutionnels et scientifiques. Le nœud français, fidèle au rendez-vous, était représenté par une équipe bien mobilisée, dont notre "Coordinators Triangle" accompagné de notre co-Head of Node, qui a pris part aux temps forts stratégiques. Quatre jours d’échanges, d’ateliers, de présentations et de rencontres pour faire le point sur les projets en cours… et imaginer ceux de demain.

Ateliers, mini-symposium, posters… de nombreuses contributions françaises

Parmi la délégation du nœuds français présente, plusieurs ont pris la parole lors d’ateliers et de sessions thématiques très suivis, mais également lors des grands rendez-vous traditionnels que sont les sessions posters.

• Côté biodiversité et microbiome, on retiendra :
  • un workshop sur les ressources Galaxy pour la recherche en biodiversité, animé par Bérénice Batut et Anthony Bretaudeau.

L’atelier "Evaluating and Enhancing Resources in Galaxy to Support Biodiversity Research" a réuni des experts pour améliorer le Galaxy Codex, une collection adaptée d’outils, workflows et tutoriels pour la biodiversité. Quatre groupes ont travaillé sur les outils, tutoriels, workflows et l’interface d’un futur Galaxy Lab dédié. Les résultats incluent l’ajout d’une catégorie métagénomique, la mise à jour de 30 tutoriels, l’évaluation de 38 workflows, et des avancées concrètes vers un Codex enrichi disponible prochainement.

• • Et un autre sur la mobilisation des données microbiennes, présenté par Erik Hjerde (ELIXIR-NR) et Bérénice Batut.

L’atelier "Mobilizing Microbial Data", animé par Bérénice Batut et Erik Hjerde, a réuni des experts d’ELIXIR pour améliorer le partage des données microbiennes. Les échanges ont porté sur l’harmonisation des pratiques d’annotation, des ontologies et des standards de métadonnées. Des cas d’usage, stratégies et recommandations ont été discutés, et un rapport sera publié sur F1000 pour en conserver une trace durable.

• Côté IA et ontologies, Claire Rioualen (ELIXIR-FR) a co-présenté avec Maria Doyle (Bioconductor / ELIXIR-IR) lors d’un mini-symposium relatif aux méthodologies pour rallier les données, les ontologies et les logiciels. Claire Rioualen est également intervenue dans un workshop sur l’usage des ontologies dans les communautés ELIXIR.

Bioconductor est un projet open source mondial fournissant plus de 2 000 packages pour la bioinformatique, mais sa structure de métadonnées (biocViews) limite l’interopérabilité avec d’autres outils. Ce projet vise à enrichir ces métadonnées en utilisant l’ontologie EDAM, standard clé pour rendre les ressources ELIXIR plus FAIR, et à automatiser l’intégration des packages Bioconductor dans le registre bio.tools. Initié lors du BioHackathon ELIXIR 2024, ce travail a permis d'établir une cartographie entre biocViews et EDAM, de développer un outil de suggestion automatique de termes EDAM, et de renforcer les liens entre Bioconductor et l’écosystème ELIXIR.

• Concernant le volet des ressources essentielles en bioinformatiques, Hervé Ménager présentait un poster sur le catalogue des outils Bio.tools.

Le registre bio.tools est devenu une ressource essentielle pour documenter et retrouver les logiciels en sciences de la vie, avec plus de 30 000 outils référencés par 12 000 contributeurs. Une nouvelle interface utilisateur, un éditeur de fonctions amélioré, et une meilleure intégration de l'ontologie EDAM facilitent désormais l’annotation des outils. Connecté à l’écosystème logiciel ELIXIR (RSEc), bio.tools bénéficie d’une interopérabilité accrue, et des améliorations futures viseront à affiner la qualité des métadonnées via des contrôles automatiques, la gestion des synonymes, et l’intégration de capacités d’IA générative pour la curation assistée.

• Sur les questions de sécurité alimentaire, biodiversité et pathogènes, Bérénice Batut a présenté le projet FAIRyMAGs lors d’un mini-symposium.

Talk “FAIRyMAGS - Optimising Metagenomics Assembled Genomes building: workflow finalisation, training material development, real data evaluation, and resource allocation tool creation” - Biodiversity Food Security and Pathogens  MiniSymposium - Slides

Lors du mini-symposium Biodiversity, Food Security and Pathogens (BFSP), une mise à jour du projet FAIRyMAGs a été présentée. Bérénice a exposé les avancées sur le développement et le partage du workflow Galaxy pour la construction de génomes assemblés à partir de métagénomique (MAGs). Les prochaines étapes incluent un hackathon, la création de supports de formation, l’évaluation sur données réelles et le développement d’un outil de répartition des ressources.

• En matière de formation, Olivier Sand a participé à un talk sur la Training Metrics Database, une initiative conjointe avec les nœuds suédois et slovène.

Lors de la session plénière "ELIXIR Nodes, Services and Connections" (4 juin après-midi), Nina Norgren d’ELIXIR-SE a présenté le service multi-Noeud de la « Training Metrics Database », un système pour le suivi, l'analyse et le reporting des métriques associées aux formations au sein d’ELIXIR. ELIXIR-SE est responsable de la maintenance du code, ELIXIR-FR du support aux utilisateurs et ELIXIR-SI de l’hébergement de la base de données. Les avantages et défis d’un service distribué sur plusieurs noeuds ont été mis en avant.

• Un autre poster, présenté par Bérénice Batut, a permis de mettre en lumière l’implication française dans le Galaxy Training Network.

Poster “Contributing to the ELIXIR Training Life-Cycle from the GTN perspective” - F1000

Le Galaxy Training Network (GTN) est une plateforme complète de formation en bioinformatique, complémentaire à celle d'ELIXIR. Le poster présente comment GTN s’inscrit dans le cycle de vie de la formation ELIXIR, en mettant en parallèle ses pratiques avec les recommandations Splash et les outils/services ELIXIR. Avec 34 thématiques, 464 tutoriels et des fonctionnalités innovantes, GTN se positionne comme une ressource essentielle pour la communauté.

• Sur les questions stratégiques, Anne-Françoise Adam-Blondom, head of node ELIXIR France, co-présentait un poster sur les réflexions relatives aux évolutions des communautés ELIXIR.

Le groupe de travail « ELIXIR Communities Future Focus Group » a été créé pour repenser le rôle à long terme des Communautés ELIXIR, en tenant compte de leur croissance, de l’émergence de nouvelles initiatives et des contraintes budgétaires. Ce groupe rassemble des parties prenantes clés afin de proposer un cadre stratégique durable pour guider la mission et la vision des Communautés. Cette affiche présente leur travail et invite chacun à partager ses idées pour améliorer le soutien, l’organisation et l’impact des Communautés au sein d’ELIXIR.

L’ensemble des présentations de l’IFB/ELIXIR-FR est à retrouver dans la collection HAL de l’IFB-core.

Un événement enrichissant et… une annonce pour 2026 !

Entre les sessions scientifiques et les moments plus informels, cette édition 2025 a permis de renforcer les liens avec les autres nœuds et de faire émerger de nouvelles pistes de collaborations.

Pour couronner et clôturer cette édition, Anne-Françoise Adam-Blondon, co-head of node ELIXIR France et directrice adjointe de l’IFB, a eu l’honneur d’annoncer la future destination du All-Hands Meeting 2026, qui se déroulera.... en France (plus précisément à Lyon) !! Une belle perspective pour les équipes du nœud français !