RTrainer est un outil pédagogique innovant, pensé pour développer les compétences essentielles en analyse bioinformatique, à l’usage du langage R dans la communauté scientifique. Biologiste, étudiant, bioinformaticien, cette application est un outil d’auto-formation adéquat pour développer des compétences essentielles en analyse bioinformatique.
Développée en 2023 par Denis Puthier du TAGC à Marseille (équipe associée de l’Institut Français de Bioinformatique - IFB), RTrainer est disponible depuis mars 2025 pour l’auto-formation grâce à une collaboration avec les équipes de l’IFB-core. En effet, Julien Seiler du NNCR cluster et Lucie Khamvongsa de l’équipe formation ont porté conjointement cette solution sur le portail Open OnDemand du cluster IFB.
Cette application propose un parcours progressif pour s’initier au langage R, en mettant l’accent sur la pratique.
Cette nouvelle application rend ainsi l’apprentissage du langage R plus accessible, progressif et interactif, même pour les débutants (sans installation). En effet, cette application étant installée sur l’infrastructure numérique de l’IFB, elle permet une utilisation sereine sur tout type de machine, en termes de droits d’administration ou des capacités de ressources de celle-ci.
En complément de la collection de tutoriels dynamiques disponible sur l’application, l’équipe formation de l’IFB prépare une documentation pour utiliser facilement ce nouvel outil.
Pourquoi utiliser Rtrainer plutôt que RStudio ?
RTrainer couvre des notions clefs du langage R et permet ainsi d’apprendre en auto-formation. RStudio est l’environnement de travail (IDE) qui permet de réaliser et de faciliter les analyses et le développement en R.
Pour qui est conçu R-Trainer ?
RTrainer s’adresse en priorité aux biologistes sans expérience préalable en programmation, aux étudiants en bioinformatique et en sciences de la vie, mais également aux chercheurs souhaitant monter en compétences en analyse de données en utilisant R.
Disponible gratuitement sous condition d’avoir un compte sur le cluster IFB, pour en savoir plus et tester RTrainer, rendez-vous sur le portail d’Open OnDemand du cluster IFB.
Vous n’avez pas encore de compte sur le cluster IFB-core pour utiliser l’infrastructure numérique de l’IFB ? Vous souhaitez faciliter vos analyses et ayant accès à de nombreuses ressources gratuites : calcul, espace de stockage, support technique et communautaire ? N’hésitez plus et créez votre compte sur le cluster.
