Le BioHackathon Europe 2024, organisé par ELIXIR Europe, s’est déroulé du 4 au 8 novembre 2024 au Campus Belloch, en Catalogne. Cet événement collaboratif international a rassemblé 180 personnes chercheurs, bioinformaticiens et développeurs sur place, 140 en virtuel, pour travailler sur 30 projets visant à relever des défis de recherche en Bioinformatique. Cet hackathon annuel est un lieu d’accélération de projet pour innover dans des domaines comme l'intégration des données, la science des données, et l'application des principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), où les participants mettent en œuvre leurs idées lors de sessions de codages intensives.

Des événements comme celui-ci permettent notamment aux projets de générer de nouveaux développement (intégration de prototypes, propositions de preuve de concept ou ébauches à la production), de tester de nouvelles versions, recueillir des informations pour les nouvelles fonctionnalités, atteindre de nouveaux utilisateurs, ou encore recevoir des avis d'experts dans différents domaines,...

L'édition 2024 s'articulait autour de divers projets stratégiques, dans lesquels plusieurs membres de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) ont été fortement impliqués. Bérénice Batut et Claire Rioualen ont notamment déposé deux projets. Ceux-ci ont été sélectionnés et ont fait partie des 30 projets de travail de ce Biohackaton :

• Projet 11 - Galaxy CoDex, par Bérénice Batut et Wendy Bacon (ELIXIR-UK) : Ce projet vise à améliorer la durabilité et la gestion des ressources des communautés Galaxy à travers le développement de Galaxy Communities Dock ("Galaxy Codex"). L'amélioration et la mise en œuvre de modèles de pages web et de fichiers qui permettent aux communautés de domaine de rassembler, d'organiser, d'intégrer et de déployer efficacement des outils pertinents, des flux de travail et du matériel de formation sur divers serveurs Galaxy. Parallèlement, de meilleures pratiques d'annotation des ressources seront développées et intégrées à différents niveaux de l'écosystème Galaxy. L'objectif est de rendre les ressources Galaxy plus accessibles et mieux organisées pour les utilisateurs et chercheurs travaillant avec des données microbiennes.​

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• Projet 27 - Intégration des packages Bioconductor dans l’écosystème ELIXIR, par Claire Rioualen et Maria Doyle (Irlande) : Ce projet a pour but d’améliorer l'écosystème des logiciels de recherche ELIXIR (RSEc) via l’annotation de plus de 2 000 packages Bioconductor en utilisant l'ontologie EDAM,  et leur synchronisation avec le catalogue d’outils ELIXIR bio.tools. Des processus d'intégration structurés et un développement centré sur la communauté sont utilisés pour atteindre ces objectifs. Il s'aligne sur les objectifs du programme ELIXIR 2024-26 à travers la standardisation des métadonnées du logiciel Bioconductor, leur inclusion dans l'infrastructure RSEc et l'amélioration communautaire d'EDAM (plateforme d'outils WP2 et WP3).

Le projet que nous avons proposé avec Maria cette année pour le BioHackathon fait suite à une conversation que nous avons eue, un peu par hasard, lors d’une pause café au BioHackathon 2023 ! Il s’est transformé en une collaboration entre le groupe EDAM et la communauté Bioconductor, basée sur une roadmap de 2 ans et un financement de Chan Zuckerberg Intiative (CZI) obtenu par ces derniers. Le BioHackathon 2024 nous a permis de donner un gros coup d’accélérateur au projet, grâce à la participation au total d’une douzaine personnes, aussi bien sur place que virtuellement ! L’enthousiasme et les nombreuses idées échangées présagent d’une collaboration très enrichissante sur la durée. 

Claire Rioualen (IFB-core), co-porteuse du projet 27

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