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La formation EBAii / 11ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM

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Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell RNA-Seq, niveau 1.

Demande d'inscription terminée

Veuillez noter que les demandes d'inscription sont maintenant terminées. La liste d'attente est également pleine. Nous espérons faire une prochaine session l'année prochaine...

Objectifs

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), auxquels nous ajoutons un nouvel atelier, single-cell RNA-Seq, qui abordera les premières étapes de l'analyse. L'école inclura également une introduction aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

Durée

La formation se tiendra du 13 au 18 novembre 2022

Langue

Les cours seront prodigués uniquement en français.

Environnement de travail

L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R.

Prérequis

Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.

Modalités d’inscription

Date limite de pré-inscription : 31 mai 2022 (sélection des participants : mi-juin 2022). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

Renseignements

ecole-bioinfo@aviesan.fr

Inscription

https://sondages.inrae.fr/index.php/42796?lang=fr

Compte twitter

https://twitter.com/EBAI_Roscoff

Plaquette

Lien vers la plaquette.

Frais d’inscription

1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique

Erwan Corre (CNRS), Jacques van Helden (IFB), Matthias Zytnicki (INRAE), Rachel Legendre (Institut Pasteur).

Formateurs et tuteurs

Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université de Lille. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d'AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).

Plateformes

IFB core (Evry), ABiMS (CNRS/Sorbonne Université, Roscoff), IGBMC (CNRS Strasbourg), Migale (INRA Jouy en Josas).

Gestion

Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.

Numéro de déclaration de l’Inserm - organisme de formation : 11754553375

Support de cours

À venir

Programme

Adresses

Cours

Les cours auront lieu à l’Hôtel de France :

Hôtels

La réservation des hôtels est faite par l'équipe organisatrice. L'hôtel qui vous sera attribué vous sera communiqué environ une semaine avant le début de la formation.

Plans

 

Questions générales

Q. Reviendrai-je de la formation avec des données analysées ?

R. Non. Le tutorat a pour vocation d'appliquer sur vos données vues en cours.
Il n'est toutefois en général pas possible d'analyser vos données dans le temps imparti, car :

  • les cas présentés en cours sont simples et "idéaux", alors que les cas réels sont en général différents ;
  • il faut nécessairement appliquer à votre cas particulier les notions (très générales) vues en cours ;
  • il y a de nombreuses étapes à réaliser, et elles prennent du temps ;
  • il faut valider chaque étape soigneusement avant de passer à la suivante.

Q. Serai-je autonome dans l'analyse de données après la formation ?

R. Non. Il faut plus d'une semaine pour maîtriser les nombreux concepts vus en cours (ligne de commande, informatique, statistique, et recul sur l'analyse). En revanche, nous organisons, un an sur deux, des formations de niveau plus avancé. Toutefois, vous disposerez de l'intégralité des supports pédagogique (incluant le code) vus en cours, que vous pourrez adapter à vos données.

Q. Puis-je choisir 2 ateliers, comme "variants" et "ChIP-Seq" ?

R. Non, les ateliers sont parallèles. Vous devrez choisir le cours qui correspond aux données que vous amenez.

Q. Puis-je avoir une idée du contenu des cours ?

R. Avant le jour J, le plus simple est de se référer aux cours des années précédentes. Celui de l'année précédente est disponible à cette adresse.

Après acceptation

Q. Comment dois-je partager mes données brutes ?

R. Des informations complémentaires vous seront données par votre tuteur, qui vous dira comment téléverser les données.

Q. Dois-je réserver mon hôtel ?

R. Non, nous nous en occupons. Le prix de la formation inclut le logement ainsi que les repas.

Q. Dois-je réserver mon transport ?

R. Oui, nous ne prenons pas cet aspect en charge.

Q. Dois-je amener mon ordinateur ?

R. Oui, vous utiliserez votre ordinateur portable. Il vous faudra installer quelques outils, dont la liste vous parviendra quelques temps avant la formation.

Q. Aurai-je un support écrit ?

R. Oui, vous aurez accès à tous nos supports. Ils seront accessibles au moment de la formation sur le site du contenu de la formation.

Archives des versions précédentes de l'école AVIESAN-IFB-INSERM

Vous pouvez consulter l'ensemble des archives des versions précédentes de l'école :

Du 13-11-2022 au 18-11-2022 à la Station biologique de Roscoff
Date limite d'inscription: 31-05-2022
IFB - Institut Français de Bioinformatique ♦ CNRS UAR 3601 ♦ IFB-Core, Génoscope - 2 rue Gaston Crémieux, 91057 - ÉVRY – CEDEX ANR-11-INBS-0013236
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