Le Core Cluster est l'infrastructure nationale de calcul de l'IFB. Il vise à répondre aux besoins de calcul de toutes les communautés dans les domaines de la santé et de la biologie, en mettant l'accent sur les utilisateurs qui ne disposent pas de ressources de calcul locales.
L'infrastructure est ouverte à tous les utilisateurs ayant une adresse e-mail académique en France ou dans l'un des pays membres d'ELIXIR.
Le Core Cluster est accessible via trois modalités :
L'administration du Core Cluster est réalisée en collaboration. Plus de six ingénieurs de cinq plateformes IFB construisent et contribuent au projet quotidiennement. Afin de gérer les multiples contributions, elles sont supervisés par des mécanismes CI (Ansible + Gitlab runner) connectés à un dépôt de code commun (Gitlab).
Documentation complète du Cluster : https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/
Conditions d'utilisation : https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/terms-of-usage/
Gestion des comptes
Tout utilisateur·rice académique peut demander un compte pour le Core Cluster via notre portail de gestion et d'enregistrement des comptes : https://my.cluster.france-bioinformatique.fr
Soumission de tâches informatiques
L'utilisation principale du cluster se fait à partir d'une console SSH via SLURM.
Si vous êtes débutant·e avec SLURM, veuillez lire la documentation et le tutoriel du Core Cluster pour apprendre à soumettre vos premières tâches :
https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/slurm/slurm_user_guide/
Portail web interactif
Le portail web Open Ondemand vous permet d'exécuter des outils interactifs comme RStudio ou Jupyterlab sur les ressources du cluster via une interface web simple. Trouvez la page de présentation, la documentation et la vidéo dédiée.
Galaxy
Le Cluster IFB Core fournit les ressources informatiques de l'instance française de Galaxy : usegalaxy.fr
usegalaxy.fr offre une large gamme d'outils de bioinformatique accessibles en ligne. Certains outils sont également accessibles via des sous-domaines thématiques tels que métabolomique, cellule unique, covid19, etc.
Support technique
Le portail support.cluster.france-bioinformatique.fr permet aux utilisateur·rices du cluster de contacter notre équipe de support pour toute demande technique, y compris:
* Le support pour usegalaxy.fr est disponible sur le forum communautaire IFB
Soutien à la communauté de bioinformatique
Un forum communautaire vous permet d'échanger des idées avec des biologistes et des bioinformaticien·nes sur la bioinformatique : utilisations et options d'un outil, mise en place d'un flux de travail autour d'un thème spécifique, etc.
Hébergement de formations
Le Cluster IFB Core peut fournir des ressources informatiques pour votre session de formation. De nombreuses modalités sont proposées par notre équipe de support (création de comptes génériques temporaires, réservation de ressources du cluster, etc.).
Pour demander des ressources du cluster pour votre formation, remplissez le formulaire de demande.
Si vous avez des compétences en outils bioinformatiques ou en administration système, rejoignez la TaskForce du Core Cluster IFB pour déployer vos outils ou contribuez à la gestion de l'infrastructure IFB et entrez dans la légende. N'hésitez pas à nous contacter en envoyant un e-mail à : contact-nncr-cluster@groupes.france-bioinformatique.fr. Sinon, si vous souhaitez être formé aux technologies utilisées sur l'infrastructure, des sessions de formation/tutorat sont régulièrement proposées.
Intégration continue (CI) & Travail collaboratif
L'administration des ressources est réalisée de manière collaborative. Afin de gérer plusieurs contributions, celles-ci sont gérées par un mécanisme d'intégration continue connecté à un dépôt de code commun.
Traçabilité & Contributions sécurisées
Toutes les actions d'installation, de paramétrage et de maintenance doivent être traçables autant que possible. Cela afin de :
Nous avons choisi d'utiliser un dépôt Git hébergé sur GitLab. Git répond à tous nos besoins en matière de traçabilité. Quant à l'interface GitLab, elle nous fournit un espace pour échanger des informations et offre la possibilité de travailler avec des Merge Request (Pull Request) et d'héberger nos propres runners de jobs CI. Ces MR nécessitent l'insertion d'une phase de révision de code avant la mise en production. Chaque modification ou ajout est ainsi validé par une révision par les pairs afin d'éviter les erreurs et de s'assurer qu'au moins deux personnes en ont connaissance.
Membres de la TaskForce :
