ifb services cloud

Outils mis à disposition par les plateformes IFB

  • Absynte

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Interfaces, portails web
    • Comparaison des génomes

    web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud.

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  • Absynte

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Interfaces, portails web
    • Comparaison des génomes

    web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud.

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    Valeur non renseignée
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  • ACD Tools 2.0

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biostatistiques

    Gratuit

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  • ActivCollector

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Aucun des termes ci-dessus ne convient

    Gratuit

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  • AGMIAL

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique (DNA-seq)
    • Analyse de génomes
    • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

    Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://genome.jouy.inra.fr/agmial. Il est également possible de demander l’installation d’une instance d’AGMIAL sur les machines de la plate-forme MIGALE.

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
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  • Ant-Motifs

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Bioinformatique structurale
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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
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  • ARNold

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    web server, http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/ Gratuit pour u-psud.

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  • Askomics

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Intégration de données hétérogènes
    • Représentation des connaissances
    • Ontologies
    • Web sémantique

    Free

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
  • Aureme

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Intégration de données hétérogènes
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des réseaux métaboliques
    • Analyse des réseaux métaboliques

    Free

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Autograph

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Génomique comparative
    • Comparaison des génomes

    Free access.

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
  • BCSearch

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    Service en ligne en accès libre.

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  • BioMAJ

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Données
    • Gestion et transfert de données

    Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj

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    Valeur non renseignée
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  • BioMAJ2Galaxy

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Gestion et transfert de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
    • Valeur non renseignée
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  • BioNJ

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
  • BioNJ

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • BioShaDock

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Outils
    • Intégration d'outils
    • Environnements de calcul
    • Cluster
    • Cloud
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  • Cadbiom

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des réseaux de régulation
    • Modélisation des systèmes

    Free

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  • Carnac

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Carnac peut être utilisé via une interface web ou être téléchargé pour être installé localement (un compilateur C est nécessaire). Une version exécutable sous Windows est également disponible.

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  • Carnac

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Carnac peut être utilisé via une interface web ou être téléchargé pour être installé localement (un compilateur C est nécessaire). Une version exécutable sous Windows est également disponible.

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  • Carnac

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Carnac peut être utilisé via une interface web ou être téléchargé pour être installé localement (un compilateur C est nécessaire). Une version exécutable sous Windows est également disponible.

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  • Carnac

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Carnac peut être utilisé via une interface web ou être téléchargé pour être installé localement (un compilateur C est nécessaire). Une version exécutable sous Windows est également disponible.

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Caspo

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des systèmes
    • Systèmes dynamiques

    Free

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    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CesGO

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Intégration d'outils
    • Interfaces, portails web
    • Intégration de données
    • Gestion et transfert de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
    Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Clust&See

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
    • Analyse et modélisation multi-échelle
    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Clust&See

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
    • Analyse et modélisation multi-échelle
    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CompPhy

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
  • CompPhy

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • CompPhy

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
  • CompPhy

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CRAC

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Gratuit via le site de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CRAC

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Gratuit via le site de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CRAC

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Gratuit via le site de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CRAC

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Gratuit via le site de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CRAC

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyses de transcrits et transcrits variants

    Gratuit via le site de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • CRAC

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyses de transcrits et transcrits variants

    Gratuit via le site de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
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  • CRISPRFinder

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    web sever, http://crispr.u-psud.fr/Server/CRISPRfinder.php/ Gratuit pour u-psud

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • DiNAMO

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Aucune

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • DiNAMO

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Aucune

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • DroPNet

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioimagerie
    • Protéomique
    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • e-BGO

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Accès public.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • ERPIN

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Algorithmique des séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • ESPript/ENDscript

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Recherche de motifs
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    http://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr

    Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • FastME

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • FastME

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • FITBAR

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    Web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • FITBAR

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    Web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud.

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • fpocket

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • fpocket

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Frog2

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • GalaxEast

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Accès ouvert à la communauté académique française.

    Accès facilité via les connexions rapides (ex : Osiris, Renater)

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • GalaxEast

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Accès ouvert à la communauté académique française.

    Accès facilité via les connexions rapides (ex : Osiris, Renater)

    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Galaxy (piloté par Sigenae)

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Génomique (DNA-seq)
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse de variants
    • Métagénomique, métatranscriptomique

    Available on a web site with login and password.

    • Valeur non renseignée
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    Valeur non renseignée
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  • Galaxy-LD

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Apprentissage automatique
    • Extraction de connaissances
    • Intégration de données hétérogènes
    • Web sémantique
    Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Galaxy-LD

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Apprentissage automatique
    • Extraction de connaissances
    • Intégration de données hétérogènes
    • Web sémantique
    Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    • Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Galaxy@BiRD

    13 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyse de variants
    • Panels (amplicons, captures)
    • Exomes
    • Génomes complets
    • Génomique : Puces
    • Biopuces ARN
    • Expression
    • Protéomique
    • Protéomique quantitative
    • Analyse différentielle statistique

    L'accès à Galaxy nécessite la création d'un compte sur le cluster : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/07074276/0/fiche___pagelibre/&RH=14425...

     

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Galaxy@BiRD

    13 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyse de variants
    • Panels (amplicons, captures)
    • Exomes
    • Génomes complets
    • Génomique : Puces
    • Biopuces ARN
    • Expression
    • Protéomique
    • Protéomique quantitative
    • Analyse différentielle statistique

    L'accès à Galaxy nécessite la création d'un compte sur le cluster : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/07074276/0/fiche___pagelibre/&RH=14425...

     

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • Galaxy@CBiB

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences

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    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Curation de collections de données
    • Comparaison des génomes

    Les utilisateurs demandent un compte puis peuvent charger de façon illimitée, des projets d’annotation de génomes.

    Gratuit.

    NB : Le nombre de nouveaux comptes ouverts par an est comptabilisé dans "visites uniques" mais chaque utilisateur a un accès illimité à son compte et à ses génomes chargés.

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  • JFlow

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    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

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  • KASpOD

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    • Analyse de séquences
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  • Kpax

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    • Modélisation comparative et de novo de structures

    No-cost licence for academic use.

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  • Logol

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    • Analyse de séquences
    • Recherche de motifs

    Utilisation interne.

    Accès libre.

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