ifb services cloud

Outils mis à disposition par les plateformes IFB

  • Absynte

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Interfaces, portails web
    • Comparaison des génomes

    web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud.

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  • ACNUC

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Données
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Freely downloadable software licensed under the GNU General Public License (http://doua.prabi.fr/databases/acnuc) or on-line access through a web interafce (http://doua.prabi.fr/search/query_fam).

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  • ActivCollector

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Aucun des termes ci-dessus ne convient

    Gratuit

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  • ADE-4

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biostatistiques
    • Analyses multivariées
    • Ecologie
    • Ecologie microbienne

    Freely available for download from any CRAN mirror.

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  • AGMIAL

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique (DNA-seq)
    • Analyse de génomes
    • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

    Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://genome.jouy.inra.fr/agmial. Il est également possible de demander l’installation d’une instance d’AGMIAL sur les machines de la plate-forme MIGALE.

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  • ARNold

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    web server, http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/ Gratuit pour u-psud.

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  • Askomics

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Intégration de données hétérogènes
    • Représentation des connaissances
    • Ontologies
    • Web sémantique

    Free

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  • Aureme

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Intégration de données hétérogènes
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des réseaux métaboliques
    • Analyse des réseaux métaboliques

    Free

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  • Autograph

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Génomique comparative
    • Comparaison des génomes

    Free access.

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  • BCSearch

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    Service en ligne en accès libre.

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  • BioMAJ

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Données
    • Gestion et transfert de données

    Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj

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  • BioMAJ2Galaxy

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Gestion et transfert de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
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  • BioNJ

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • BioShaDock

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Outils
    • Intégration d'outils
    • Environnements de calcul
    • Cluster
    • Cloud
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  • Cadbiom

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des réseaux de régulation
    • Modélisation des systèmes

    Free

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  • Caspo

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Modélisation des systèmes
    • Systèmes dynamiques

    Free

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  • CesGO

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Intégration d'outils
    • Interfaces, portails web
    • Intégration de données
    • Gestion et transfert de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
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  • Clust&See

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biologie des systèmes
    • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
    • Analyse et modélisation multi-échelle
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  • CompPhy

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • CRAC

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyses de transcrits et transcrits variants

    Gratuit via le site de la plateforme.

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  • CRISPRFinder

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    web sever, http://crispr.u-psud.fr/Server/CRISPRfinder.php/ Gratuit pour u-psud

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  • e-BGO

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Accès public.

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  • ERPIN

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Algorithmique des séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
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  • ESPript/ENDscript

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Recherche de motifs
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    http://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr

    Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique.

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  • FastME

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • FITBAR

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    Web server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud.

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  • fpocket

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

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  • Frog2

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Service en ligne en accès libre.

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  • GalaxEast

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Accès ouvert à la communauté académique française.

    Accès facilité via les connexions rapides (ex : Osiris, Renater)

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  • Galaxy (piloté par Sigenae)

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Génomique (DNA-seq)
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse de variants
    • Métagénomique, métatranscriptomique

    Available on a web site with login and password.

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  • Galaxy server@URGI

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences
    • Génomique comparative

    https://urgi.versailles.inra.fr/galaxy

    L'accès aux workflows, tutoriaux et outils est possible dans le cadre de projets en partenariat avec l'URGI ou via son Offre de service

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  • Galaxy-LD

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Apprentissage automatique
    • Extraction de connaissances
    • Intégration de données hétérogènes
    • Web sémantique
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  • Galaxy@BiRD

    13 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Transcriptomique (RNA-seq)
    • Analyse différentielle de l’expression des gènes
    • Analyse de variants
    • Panels (amplicons, captures)
    • Exomes
    • Génomes complets
    • Génomique : Puces
    • Biopuces ARN
    • Expression
    • Protéomique
    • Protéomique quantitative
    • Analyse différentielle statistique

    L'accès à Galaxy nécessite la création d'un compte sur le cluster : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr/07074276/0/fiche___pagelibre/&RH=14425...

     

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  • Galaxy@CBiB

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences

    Libre sur le web, sur demande pour avoir un espace de travail plus conséquent.

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  • GATB

    10 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Méthodologie
    • Assemblage de génomes et transcriptomes
    • Alignements de lectures sur des génomes
    • Analyse de variants
    • Exomes
    • Génomes complets
    • Métagénomique, métatranscriptomique
    • Analyse de séquences
    • Algorithmique des séquences

    Freely available.

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  • Geno3D@

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
    • Prédictions des propriétés structurales
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    https://geno3d-prabi.ibcp.fr (depuis février 2001).

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  • GenRGenS

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Algorithmique des séquences
    • Recherche de motifs
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

    Jar + tar.gz download, http://www.lri.fr/~genrgens/ Gratuit pour u-psud

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  • GO-Docker

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Environnements de calcul
    • Cluster
    • Cloud
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  • GO2Pub

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Intégration de données hétérogènes
    • Ontologies
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Données
    • Intégration de données
    • Bases de données et systèmes d’informations

    Accès libre

    • Valeur non renseignée
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  • Hex

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Free licence for academic use

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  • HexServer

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    Free service: no login or registration required

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  • HHalign-Kbest

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    Service en ligne en accès libre.

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  • IntegronFinder

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs

    Integron_Finder is released under the GPLv3 license  and is available here: https://github.com/gem-pasteur/Integron_Finder

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  • InterEvDock

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    Service en ligne en accès libre.

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  • Interface web blast

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Available on the web site.

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  • Interface web Emboss

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Site web

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  • ISsaga

    7 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Curation de collections de données
    • Comparaison des génomes

    Les utilisateurs demandent un compte puis peuvent charger de façon illimitée, des projets d’annotation de génomes.

    Gratuit.

    NB : Le nombre de nouveaux comptes ouverts par an est comptabilisé dans "visites uniques" mais chaque utilisateur a un accès illimité à son compte et à ses génomes chargés.

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  • JFlow

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Développement de workflows
    • Cluster

    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

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  • Jvenn

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web

    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.

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  • Kpax

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    No-cost licence for academic use.

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  • leBiBI

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Métagénomique, métatranscriptomique

    Free online access.

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  • Logol

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Recherche de motifs

    Utilisation interne.

    Accès libre.

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • LoRDEC

    5 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Méthodologie
    • Alignements de lectures sur des génomes
    • Génomique (DNA-seq)
    • Transcriptomique (RNA-seq)

    Gratuit depuis le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
    Valeur non renseignée
  • LSD

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Datation des spéciations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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    Valeur non renseignée
  • MEMHDX

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Biostatistiques
    • Interfaces, portails web

    MEMHDX is freely available as a web tool at http://memhdx.c3bi.pasteur.fr/

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  • MICADo

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
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  • Microscope

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    Accès libre aux données et à l'analyse des génomes publiques.

    Accès sécurisé aux données des génomes en cours d'analyse.

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  • Minia

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    • Algorithmique des séquences

    Free

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  • MIX

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  • Mobyle

    9 Mot(s)-clef(s) associé(s)
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    • Interopérabilité
    • Interfaces, portails web
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    • Cluster

    The Mobyle framework is developped under the GPLv2 license.

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  • MPscan

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Méthodologie
    • Alignements de lectures sur des génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • MSDA

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Protéomique

    Accès libre web.

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  • MTiAutoDock/MTiOpenScreen

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Criblage virtuel
    • Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
    • Criblage basé sur la structure

    Service en ligne en accès libre.

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  • NG6

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Interfaces, portails web
    • Gestion et transfert de données

    The NG6 code is freely available on the mulcyber forge. To ease the installation, the package and all its dependencies are also available as a virtual machine. Installing and maintaining the system would require expertise in Linux system administration.
    Available by the web site for users

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  • NGS-QC Generator

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS

    Accès libre Web pour la communauté académique. Un accès premium est également disponible sur demande

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  • NPS@

    8 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Algorithmique des séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Annotation de séquences
    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Bioinformatique structurale
    • Prédictions des propriétés structurales

    https://npsa-prabi.ibcp.fr (depuis avril 1998).

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  • OCG

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
    • Analyse et modélisation multi-échelle
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  • ORDO

    13 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Apprentissage automatique
    • Extraction de connaissances
    • Intégration de données hétérogènes
    • Représentation des connaissances
    • Ontologies
    • Web sémantique
    • Curation de collections de données
    • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
    • Outils
    • Intégration d'outils
    • Données
    • Intégration de données
    • Bases de données et systèmes d’informations
    Téléchargement en accès libre sur Orphadata.org,

    Téléchargement et utilisation possible à partir de Bioportal.

    Mise à disposition d’un sparql EndPoint.

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  • OrthoInspector

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Téléchargeable.

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  • PEP-FOLD

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Bioinformatique structurale
    • Modélisation comparative et de novo de structures

    Service en ligne en accès libre.

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  • PepPSY

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Prédiction d'homologie/orthologie
    • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
    • Protéogénomique

    Accès libre

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  • PepTeam

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Algorithmique des séquences
    • Recherche de motifs

    Public.

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  • phylogeny.fr

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • PhyML

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Evolution moléculaire
    • Gènes et génomes

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • PhySIC_IST

    3 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Evolution et phylogénie
    • Phylogénomique
    • Super-arbres et réconciliations

    Gratuit via le site web de la plateforme.

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  • PipeAlign

    1 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences

    Accès web.

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  • Protomata

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de séquences
    • Alignement (multiple) de séquences
    • Recherche de motifs
    • Prédiction d'homologie/orthologie

    Free

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  • QOD

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique comparative
    • Comparaison des génomes

    Gratuit via le site de la plateforme.

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  • Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT)

    6 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Génomique (DNA-seq)
    • Chip-seq
    • Algorithmique des séquences
    • Recherche de motifs
    • Tests statistiques
    • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices

    Accès libre sous cinq modalités:

    • Interface Web RSAT (http://www.rsat.eu) et NeAt (htpp://neat.rsat.eu)
    • En ligne de commandes (suite téléchargeable localement)
    • Services Web (SOAP/WSDL)
    • Machines virtuelles accessibles à partir du cloud IFB (Web + ligne de commande + web service)
    • En développement interface Galaxy pour certains outils spécialisés dans l'analyse des données ChIP-Seq
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  • ReMap

    2 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Curation de collections de données

    Libre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap

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  • REPET

    4 Mot(s)-clef(s) associé(s)
    • Analyse de données de séquençage NGS
    • Analyse de séquences
    • Evolution et phylogénie
    • Génomique comparative

    Disponible en téléchargement : https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET

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  • ReproGenomics Viewer

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    • Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
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  • RNAbrowse nouvelle version

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    • Transcriptomique (RNA-seq)
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    • Analyses de transcrits et transcrits variants
    • Analyse de variants
    • Interfaces, portails web

    The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the mulcyber forge.
    Available on web sites for users.